(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
Antón et al. (2000) ont par la suite identifié un nouveau genre halophile extrême dénommé<br />
Salinibacter affilié au groupe des Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroïdes et pouvant<br />
constituer jusqu’à 25 % de la biomasse des bassins les plus concentrés des marais salants<br />
en Espagne. Il est responsable de 5 % dans le développement de la couleur rouge des<br />
saumures (Oren & Rodriguez-Valera, 2001), dû à la présence d’un pigment de type<br />
caroténoïde C40, la salinixanthine (Oren, 2002c).<br />
Les lacs alcalins ont aussi fait l’objet d’analyses multiples. Il s’agit d’un type particulier de<br />
lac salé, contenant entre autres sels une grande quantité de carbonates et bicarbonates de<br />
sodium (Sorokin & Kuenen, 2005). Duckworth et al. (1996), ont ainsi mis en évidence des<br />
-Proteobacteria du genre Halomonas ainsi que des Actinobacteria et des Firmicutes au<br />
sein de six lacs situés au Kenya et en Tanzanie. Des archaea haloalcalophiles appartenant<br />
aux genres Natronobacterium, Natronococcus, Natrialba, Natrinema, Natronomonas,<br />
Natronorubrum et Halalkalicoccus ont aussi été mises en évidence dans ces mêmes lacs.<br />
Ces derniers présentent une faible diversité qui peut s’expliquer par la difficulté<br />
d’adaptation des microorganismes à la double contrainte du sel et du pH alcalin.<br />
2. Adaptation moléculaire à l’halophilisme<br />
Dans la nature il est extrêmement rare de trouver un habitat composé d’une seule<br />
espèce ou lignée cellulaire. Différents microorganismes coexistent, interagissent entre eux<br />
et avec l’environnement qui les entoure et de ce fait même définissent la communauté.<br />
Cette dernière forme un système en constante évolution mais qui en même temps possède<br />
une certaine homéostasie qui reflète les interactions entre tous les membres de cette<br />
communauté et l’habitat qu’ils occupent (Alexander, 1997).<br />
Aussi, la vie dans les lacs hypersalés n’est possible qu’aux prix d’une forte spécialisation<br />
qui n’est atteinte que par quelques microorganismes, capables de maintenir une pression<br />
osmotique égale à celle de l’environnement. Deux stratégies sont utilisées pour s’adapter<br />
au milieu hypersalé et donc à une faible activité d’eau (Aw).<br />
2. 1. Adaptation à la salinité par production d’osmoprotecteurs<br />
L’exclusion du sodium et la synthèse ou l’accumulation de solutés compatibles est<br />
une réponse au stress hyperosmotique adoptée par les microorganismes Eucarya halophiles