(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
depuis celle de l’eau de mer jusqu’à la saturation en NaCl et parfois au-delà, dans le cas où
on cherche à précipiter les chlorures de potassium, magnésium, lithium et bore.
La diversité moléculaire des salines, déterminée par une culture classique combinée à une
analyse phylogénétique des ADNr 16S a montré que les clones majeurs d’archaea
halophiles extrêmes et des bactéries halophiles présents dans cet habitat, n’ont aucun
représentant cultivable (Benlloch et al., 1995, 2001 ; Ochsenreiter et al., 2002). Elles ont
également révélé une énorme diversité, jusqu’alors inédite, car non représentée dans les
seuls organismes cultivés.
Par la suite, d’autres études ont montré que la biodiversité des Bacteria des bassins
diminuait lorsque la salinité augmentait (Rodriguez-Valera et al., 1985 ; Benlloch et al.,
1995 ; Casamayor et al., 2002) et que les communautés bactériennes des bassins de
moindre densité (< 14 % (p/v) de sel) n’avaient que 30 % de similarité avec celles des
bassins de concentration (21 % (p/v) de sel), les communautés de ces derniers ne
présentent aucune similarité avec celles des bassins de cristallisation (30 % (p/v) de sel)
(Benlloch et al., 1996, 2002). Cependant ces remarques sont à nuancer au vu des résultats
sur les communautés Archaea qui sont hautement similaires entre les bassins de
concentration et les bassins de cristallisation, et qui par ailleurs se révèlent stables dans le
temps. Par ailleurs, aucune Archaea n’a pu être amplifiée à des salinités inférieures à 13 %
(p/v) de NaCl et les communautés microbiennes ne présentent que 50 % de similarité entre
les bassins de cristallisation espagnol et un autre situé en Israël (Benlloch et al., 2002).
Dans les bassins de cristallisation, la diversité des Archaea apparaît très faible, avec un
phylotype SphT non cultivable (pour Susana phylotype) (Antón et al., 1999 ; Benlloch et
al., 2002) et par un procaryote carré pourvu de vésicules à gaz, décrit par Walsby en 1980
après une observation microscopique des saumures collectées au niveau de la sebkha du
golfe Eilat de la péninsule de Sinaï. Ils semblaient également être la composante
majoritaire de la microflore présente dans de nombreux environnements thalassohalins et
athalassohalins en Australie (Burns et al., 2004a), au Chili (Demergasso, 2004), au Pérou
(Maturrano et al., 2006a) et des lacs natronés en Afrique (Grant et al., 1999). La
combinaison de différentes techniques telles que la réaction de polymérisation en chaîne
(Oren, 1994), la FISH (Benlloch et al., 1995), l’analyse des lipides membranaires (Oren et
al., 1996) et l’observation microscopique (Stoeckenius, 1981 ; Kessel & Cohen, 1982) ont
reconnu le procaryote carré comme une haloarchaea, classé dans le groupe SHOW (pour
« Square Haloarchaea of Walsby ») (Bolhuis et al., 2004 ; Burns et al., 2004b).