(Thèse partie 1)
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Revue bibliographique<br />
depuis celle de l’eau de mer jusqu’à la saturation en NaCl et parfois au-delà, dans le cas où<br />
on cherche à précipiter les chlorures de potassium, magnésium, lithium et bore.<br />
La diversité moléculaire des salines, déterminée par une culture classique combinée à une<br />
analyse phylogénétique des ADNr 16S a montré que les clones majeurs d’archaea<br />
halophiles extrêmes et des bactéries halophiles présents dans cet habitat, n’ont aucun<br />
représentant cultivable (Benlloch et al., 1995, 2001 ; Ochsenreiter et al., 2002). Elles ont<br />
également révélé une énorme diversité, jusqu’alors inédite, car non représentée dans les<br />
seuls organismes cultivés.<br />
Par la suite, d’autres études ont montré que la biodiversité des Bacteria des bassins<br />
diminuait lorsque la salinité augmentait (Rodriguez-Valera et al., 1985 ; Benlloch et al.,<br />
1995 ; Casamayor et al., 2002) et que les communautés bactériennes des bassins de<br />
moindre densité (< 14 % (p/v) de sel) n’avaient que 30 % de similarité avec celles des<br />
bassins de concentration (21 % (p/v) de sel), les communautés de ces derniers ne<br />
présentent aucune similarité avec celles des bassins de cristallisation (30 % (p/v) de sel)<br />
(Benlloch et al., 1996, 2002). Cependant ces remarques sont à nuancer au vu des résultats<br />
sur les communautés Archaea qui sont hautement similaires entre les bassins de<br />
concentration et les bassins de cristallisation, et qui par ailleurs se révèlent stables dans le<br />
temps. Par ailleurs, aucune Archaea n’a pu être amplifiée à des salinités inférieures à 13 %<br />
(p/v) de NaCl et les communautés microbiennes ne présentent que 50 % de similarité entre<br />
les bassins de cristallisation espagnol et un autre situé en Israël (Benlloch et al., 2002).<br />
Dans les bassins de cristallisation, la diversité des Archaea apparaît très faible, avec un<br />
phylotype SphT non cultivable (pour Susana phylotype) (Antón et al., 1999 ; Benlloch et<br />
al., 2002) et par un procaryote carré pourvu de vésicules à gaz, décrit par Walsby en 1980<br />
après une observation microscopique des saumures collectées au niveau de la sebkha du<br />
golfe Eilat de la péninsule de Sinaï. Ils semblaient également être la composante<br />
majoritaire de la microflore présente dans de nombreux environnements thalassohalins et<br />
athalassohalins en Australie (Burns et al., 2004a), au Chili (Demergasso, 2004), au Pérou<br />
(Maturrano et al., 2006a) et des lacs natronés en Afrique (Grant et al., 1999). La<br />
combinaison de différentes techniques telles que la réaction de polymérisation en chaîne<br />
(Oren, 1994), la FISH (Benlloch et al., 1995), l’analyse des lipides membranaires (Oren et<br />
al., 1996) et l’observation microscopique (Stoeckenius, 1981 ; Kessel & Cohen, 1982) ont<br />
reconnu le procaryote carré comme une haloarchaea, classé dans le groupe SHOW (pour<br />
« Square Haloarchaea of Walsby ») (Bolhuis et al., 2004 ; Burns et al., 2004b).