(Thèse partie 1)

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Revue bibliographique
Au sein des Archaea, la famille des Halobacteriaceae comprend les halophiles extrêmes
aérobies. On les trouve dans la Mer Morte, les marais salants et les lacs alcalins
hypersalins. Aux fortes salinités, les halobactéries dominantes colorent les lacs hypersalés
en rouge. Cette couleur est due à un pigment de type caroténoïde ( -bactériorubérine C50),
localisé au niveau de la membrane cellulaire. Ce pigment protège la cellule de la
photooxydation (Wu et al., 1983 ; Litchfield, 1998) et augmente la température ambiante
par absorption des radiations lumineuses et donc l’évaporation (Jones et al., 1981). Les
haloarchaea sont considérées comme des thermophiles modérées (Juez, 2004). En 1969,
Lefond a noté que lors de la précipitation de NaCl, la majorité des haloarchaea piégées à
l’intérieur des inclusions de fluides sont restées mobiles pendant quelques semaines et
viables pendant quelques mois (McGenity et al., 2000). Ce phénomène a été également
observé dans d’autres marais salants (Norton & Grant, 1988 ; Castanier et al., 1999). Par
ailleurs, il est trouvé que la présence des haloarchaea affecte la cristallisation en
augmentant la taille et le nombre des cristaux (Lopez-Cortes et al., 1994) et accélère aussi
leur formation (Norton & Grant, 1988).
Egalement, la branche méthanogène des Euryarchaeota contient des halophiles dont
l’activité méthanogène est possible à des seuils proches de la saturation en NaCl :
Methanohalophilus, Methanohalobium et Methanospirillum (Kamekura, 1998 ; DasSarma,
2001).
1. 4. Diversité moléculaire des halophiles
L’analyse de la distribution des microorganismes au sein des environnements
hypersalés par les techniques de la biologie moléculaires disponibles comme celles
utilisant des sondes oligonucléotidiques fluorescentes (Fluorescent In Situ Hybridization :
FISH) (Amann et al., 1992, 1997 ; Antón et al., 1999) ou encore l’isolement direct de
gènes de l’habitat ont permis aussi d’identifier et de décrire phylogénétiquement les
procaryotes halophiles qui ne peuvent être isolés ou cultivés au laboratoire (Rodriguez-
Valera et al., 1999 ; Gabor et al., 2003).
Les marais salants ou salines, dans lesquels l’énergie solaire est employée afin d’évaporer
l’eau de mer et de récolter le sel, représentent un écosystème passionnant pour l’étude des
halophiles. En effet la salinité dans les marais salants recouvre toute la gamme de salinités,