(Thèse partie 1)

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Annexe 6 :Tableau 10. Origine des séquences utilisées. Groupe Espèces N°d’accès Références Archaea halophiles extrêmes Annexes Halobacterium salinarum AJ496185 (Elazari-Volcani, 1957) Halobacterium noricense AJ548827 (Gruber et al., 2004) Halorubrum coriense S70829 (Oren & Ventosa, 1996) Halorubrum sodomense X82169 (Oren et al., 1983) Halorubrum trapanicum X82168 (Elazari-Volcani, 1957) Halorubrum xinjiangense AY510707 (Feng et al., 2004) Halorubrum tebenquichense AJ276887 (Lizama et al., 2002) Halorubrum terrestre AB090169 (Ventosa et al., 2004) Halorubrum vacuolatum D87972 (Kamekura et al., 1997) Halorubrum alkaliphilum AY510708 (Feng et al., 2005) Halorubrum tibetense AY149598 (Fan et al., 2004) Halorubrum saccharovorum U17364 (Tomlinson & Hochstein, 1977) Halorubrum lacusprofundi U17365 (Franzmann et al., 1989) Halorubrum distributum D63572 (Oren & ventosa, 1996) Haloferax volcanii K00421 (Mullakhanbhai & Larsen, 1975) Haloarcula vallismortis U17593 et U68451 (Gonzàlez et al., 1978) Haloarcula argentinensis D50849 (Ihara et al., 1997) Haloarcula marismortui X61688 et X61689 (Oren et al., 1990) Halobaculum gomorrense AF333760 (Oren et al., 1995) Halosimplex carlsbadense AF320478 (Vreeland et al., 2003) Halomicrobium mukohataei D50850 (Ihara et al., 1997 ; Oren et al., 2002) Haloterrigena thermotolerans AF115478 (Montalvo-Rodriguez et al., 2000) Methanospirillum hungatei M60880 (Harmsen et al., 1996, 2002) Bactéries halophiles Halovibrio denitrificans DQ072718 (Sorokin et al., 2006) Halospina denitrificans DQ072719 (Sorokin et al., 2006) Salicola marasensis DQ019934-5 (Maturrano et al, 2006b) Pseudomonas halophila AB021383 (Fendrich, 1988) Alcanivorax venustensis AF328762 (Liu & Shao, 2005) Alcanivorax borkumensis Y12579 (Yakimov et al., 1998) Halomonas elongata AJ295147 (Vreeland et al., 1980) Halomonas salina AJ243448 (Valderrama et al., 1991) Halomonas halmophila AJ306889 (Dobson et al., 1990) Halomonas organivorans AJ616910 (Garcia et al., 2004) Halomonas eurihalina X87218 (Quesada et al., 1990) Halomonas ventosea AY268080 (Martinez-Cánovas et al., 2004b)
Tableau 10. Origine des séquences utilisées (suite). Groupe Espèces N°d’accès Références Annexes Chromohalobacter canadensis AJ295143 (Arahal et al, 2001a) Chromohalobacter israelensis AJ295144 (Arahal et al, 2001a) Marinobacter lutaoensis AF288157 (Shieh et al., 2003) Marinobacter sedimentalis AJ609270 (Romanenko et al., 2005) Zymobacter palmae D14555 (Okamoto et al., 1993) Microbulbifer maritimus AY377986 (Yoon et al., 2004b) Microbulbifer elongata AF500006 (Yoon et al., 2003b) Bactérie Bacillus subtils AF200210 Annexe 7. Solutions utilisées au cours de l’hybridation ADN-ADN Tampon phosphate (1 M): Na2HPO4 142 g NaH2PO4 120 g Tampon 1 (0,15 M NaCl et 0,1 M acide maléique à pH 7,5) : NaCl 4,3 g Acide maléique 5,8 g NaOH 4,015 g Eau MilliQ 500 ml Solution de détection : Tampon 1,5 ml Albumine 0,5 % Anti-digoxygénine-AP (Boehringer, cat 1093274) 1 l Solution de révélation : Tampon 2 5 ml Eau MilliQ 5 ml MgCl2. 6H2O (0,1 mg/ml) 3,5 l Para-nitrophénylephosphate (Sigma, cat N-9389) 10 mg Tampon 2 (pH 9,6): Na2CO3 1,59 g NaHCO3 2,93 g MgCl2. 6H2O 0,203 g Eau MilliQ 1000 ml
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