(Thèse partie 1)

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2 Introduction générale la physiologie adaptative particulière. Outre l’aspect fondamental présenté par les nouvelles souches halophiles, ces microorganismes sont susceptibles de contenir des molécules d’intérêt biotechnologique comme les enzymes halophiles, les pigments et les solutés compatibles. La découverte de la « membrane pourpre » chez les archaea halophiles en tant que convertisseur d’énergie peut aussi avoir un intérêt industriel considérable. L’application des microorganismes dans la biodégradation des composés aromatiques et des hydrocarbures aromatiques polycycliques peut être envisagée. La caractérisation de la microflore halophile est aussi motivée par l’acquisition de connaissances sur leur écologie car on pense que les premières formes de vie sur Mars étaient similaires aux archaea halophiles (Litchfield, 1998 ; Stan-Lotter et al., 2001 ; Fendrihan et al., 2006). Ces dernières années, les études relevant, à des degrés divers, du concept de biodiversité se sont multipliées. Les analyses de diversité microbienne, sensu inventaire des espèces d’environnements hypersalins comme la Mer Morte, le Grand Lac salé Utah (USA), les salines et les lacs natronés, se sont notamment considérablement développées. Malheureusement peu d’études existent sur celles de nos sebkhas mise à part celle effectuée par Hacène et al. visant à caractériser la physiologie et la biochimie de la microflore du lac salé situé à El Goléa. C’est donc dans le but d’améliorer nos connaissances sur la biodiversité d’un écosystème extrême Algérien qu’il nous a paru nécessaire d’entreprendre cette étude. L’ensemble des études entreprises au cours de ce travail a été mené avec des objectifs multiples : • Caractériser les isolats taxinomiquement • Appréhender la diversité microbienne de la sebkha Ezzemoul dont la microflore n’est pas connue. • Constituer une collection d’isolats microbiens à partir des saumures de la sebkha. Pour répondre à ces objectifs, nous devons, essentiellement, isoler en culture pure les bactéries d’échantillons de saumures et caractériser complètement leurs morphologies, leurs physiologies, leurs caractères biochimiques, notamment la détermination du type de lipides polaires et la quantification d’acides gras membranaires. Nous effectuerons également une analyse phylogénétique par une détermination de la séquence de l’ADNr 16S, du contenu en GC et par des tests d’homologies ADN-ADN pour déterminer leur
3 Introduction générale position taxinomique exacte. Cette approche polyphasique devrait aboutir à une meilleure connaissance de la diversité microbienne de la sebkha. La première partie de notre travail est consacrée à la description des données bibliographiques relatives à l’environnement hypersalin et aux microorganismes halophiles. Elle comprend aussi une revue de quelques techniques d’écologie microbiennes culturales et moléculaires couramment utilisées pour accéder à la diversité des écosystèmes microbiens. La deuxième partie, se focalisera sur les différentes techniques utilisées qui ont été mises en œuvre pour étudier la diversité microbienne et donc de caractériser les souches isolées. Les résultats obtenus avec ces différentes méthodes sont comparés et discutés dans la troisième partie. Enfin la dernière partie rassemblera la conclusion finale et mettra en évidence les perspectives de recherche.
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