(Thèse partie 1)

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Introduction générale
En dehors des conditions physico-chimiques « normales » la vie existe. Les
organismes qui se développent dans ces biotopes « hostiles » sont globalement qualifiés
d’extrêmophiles. Ils ont dû s’adapter à des valeurs extrêmes d’un ou de plusieurs
paramètres physico-chimiques. On peut citer par exemple la température pour les
hyperthermophiles qui croissent de manière optimale au-dessus de 80 °C, près des geysers
ou près des cheminées volcaniques. A l’inverse, les psychrophiles préfèrent des
températures inférieures à 15 °C. Les barophiles peuvent supporter des pressions allant
jusqu’à 1000 atmosphères dans les grands fonds marins. Les halophiles se développent
dans des environnements où la concentration en sels approche de la saturation. Les
méthanogènes qui sont des anaérobies se rencontrent dans les aires de décomposition. Les
autres paramètres physico-chimiques sont le pH, l’absence d’eau, les radiations ou un
environnement chimique particulier (forte concentration en métaux, atmosphère de CO2,
etc.). Mais parmi les domaines les plus étudiés de l’exrêmophilie se trouvent les hautes
températures (thermophilie) ainsi que les fortes salinités (halophilie).
Les habitats hypersalés formés depuis une longue période de l’histoire de la Terre sont
caractérisés par une faible diversité microbienne (Rodriguez-Valera, 1993 ; Ventosa &
Nieto, 1995). Des exemples de tels environnements sont représentés par les grands lacs
salés de l’Ouest américain, la Mer Morte, le Lac Rose au Sénégal, les sebkhas au Nord de
l’Afrique, ou encore les marais salants en Espagne, en France, etc. La variété de
microorganismes qui vivent dans ces biotopes dépend principalement de la salinité, de la
solubilité de l’oxygène, de la composition ionique et, dans certains cas, de la température
et du pH.
En 1878, Farlow observa la coloration rouge des conserves de poissons salés, il envisagea
l’intervention probable de bactéries mais ne put les mettre en évidence. Il a fallu attendre
les années 1886 puis 1891 pour que Dantee et ses collaborateurs isolèrent l’agent
responsable de l’altération des poissons salés (Brisou, 1980) qui porte actuellement le nom
de Halobacterium salinarum. Mais l’étude réelle n’a débuté qu’avec les travaux de Larsen
(1962), Lanyi (1974) et Kushner (1978). Leurs publications pionnières ont été à l’origine
de travaux de plus en plus nombreux qui ont permis l’isolement et la caractérisation de
nouveaux genres et espèces. Cet intérêt croissant pour les microorganismes halophiles est
dû au désir de connaître les limites des possibilités de la vie et ainsi d’élargir les
connaissances dans le domaine de la vie dans les milieux extrêmes, de la biodiversité et de