(Thèse partie 1)
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Conclusion générale et Perspectives<br />
L’analyse de la diversité des communautés microbiennes d’environnements extrêmes<br />
peut présenter un intérêt économique et aussi une valeur fondamentale. De telles études<br />
contribuent d’une part à un inventaire des espèces vivantes tel que cela a été proposé par Pace<br />
(1997), et d’autre part à mieux définir quelles pourraient être les frontières géographiques et<br />
physico-chimiques du vivant. Elles permettent aussi la recherche de potentialités<br />
biotechnologiques chez ces microorganismes. On peut voir une valeur pécuniaire au travers<br />
des processus métaboliques que l’on peut détecter, cloner et exprimer à une échelle<br />
industrielle.<br />
Les conditions extrêmes de salinité font de la sebkha Ezzemoul située à Ain M’Lila un<br />
modèle intéressant pour l’étude de la diversité microbienne. L’objectif principal de ce travail<br />
était l’analyse de la diversité microbienne des échantillons de saumures prélevés sur cette<br />
sebkha par une approche culturale et moléculaire. Pour remplir cet objectif, il convenait dans<br />
un premier temps de procéder à l’isolement de la microflore sur plusieurs milieux spécifiques<br />
pour les halophiles. Quarante souches ont été isolées et purifiées. Pour les identifier, nous<br />
avons donc dû nous baser sur le principe de la taxinomie polyphasique qui intègre des<br />
informations de nature phénotypique, génotypique et phylogénétique puisque aucune de ces<br />
souches n’aurait pu être identifiée correctement par l’utilisation d’un seul de ces outils.<br />
Ces approches ont permis d’accéder à une diversité phylogénétique incluant des espèces<br />
archéennes et bactériennes et de mettre en évidence une nette prédominance du domaine<br />
Archaea. Ces résultats suggèrent donc une forte représentativité des archaea halophiles<br />
extrêmes dans la sebkha, qui corroborent avec tous les travaux déjà réalisés (Antón et al.,<br />
1999, 2000 ; Benlloch et al., 2001, 2002 ; Grant, 2004 ; Oren, 2002b). En effet, elles sont<br />
considérées comme les organismes les plus halophiles connus sur Terre. Elles représentent<br />
l’essentiel des formes vivantes de ces environnements, principalement lorsque la salinité<br />
dépasse 25 % (p/v) (Oren, 1990 ; Benlloch et al., 1995 ; Ochsenreiter et al., 2002 ; Caton et<br />
al., 2004). La plupart d’entre elles contiennent des pigments qui donnent à l’eau une couleur<br />
rose, orangé ou pourpre caractéristique (Oren, 2002c). Cette capacité de survie requiert de la<br />
cellule entière (les membranes, les ribosomes, les protéines, etc.) une adaptation tout à fait<br />
spéciale. D’autre part cet environnement permet à l’haloarchaea un mode de vie à l’abri des<br />
pressions compétitives car peu de microorganismes supportent ces conditions.<br />
L’étude de la physiologie et de la biochimie n’a pas permis une réelle distinction entre les