(Thèse partie 1)

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Conclusion générale et Perspectives
L’analyse de la diversité des communautés microbiennes d’environnements extrêmes
peut présenter un intérêt économique et aussi une valeur fondamentale. De telles études
contribuent d’une part à un inventaire des espèces vivantes tel que cela a été proposé par Pace
(1997), et d’autre part à mieux définir quelles pourraient être les frontières géographiques et
physico-chimiques du vivant. Elles permettent aussi la recherche de potentialités
biotechnologiques chez ces microorganismes. On peut voir une valeur pécuniaire au travers
des processus métaboliques que l’on peut détecter, cloner et exprimer à une échelle
industrielle.
Les conditions extrêmes de salinité font de la sebkha Ezzemoul située à Ain M’Lila un
modèle intéressant pour l’étude de la diversité microbienne. L’objectif principal de ce travail
était l’analyse de la diversité microbienne des échantillons de saumures prélevés sur cette
sebkha par une approche culturale et moléculaire. Pour remplir cet objectif, il convenait dans
un premier temps de procéder à l’isolement de la microflore sur plusieurs milieux spécifiques
pour les halophiles. Quarante souches ont été isolées et purifiées. Pour les identifier, nous
avons donc dû nous baser sur le principe de la taxinomie polyphasique qui intègre des
informations de nature phénotypique, génotypique et phylogénétique puisque aucune de ces
souches n’aurait pu être identifiée correctement par l’utilisation d’un seul de ces outils.
Ces approches ont permis d’accéder à une diversité phylogénétique incluant des espèces
archéennes et bactériennes et de mettre en évidence une nette prédominance du domaine
Archaea. Ces résultats suggèrent donc une forte représentativité des archaea halophiles
extrêmes dans la sebkha, qui corroborent avec tous les travaux déjà réalisés (Antón et al.,
1999, 2000 ; Benlloch et al., 2001, 2002 ; Grant, 2004 ; Oren, 2002b). En effet, elles sont
considérées comme les organismes les plus halophiles connus sur Terre. Elles représentent
l’essentiel des formes vivantes de ces environnements, principalement lorsque la salinité
dépasse 25 % (p/v) (Oren, 1990 ; Benlloch et al., 1995 ; Ochsenreiter et al., 2002 ; Caton et
al., 2004). La plupart d’entre elles contiennent des pigments qui donnent à l’eau une couleur
rose, orangé ou pourpre caractéristique (Oren, 2002c). Cette capacité de survie requiert de la
cellule entière (les membranes, les ribosomes, les protéines, etc.) une adaptation tout à fait
spéciale. D’autre part cet environnement permet à l’haloarchaea un mode de vie à l’abri des
pressions compétitives car peu de microorganismes supportent ces conditions.
L’étude de la physiologie et de la biochimie n’a pas permis une réelle distinction entre les