(Thèse partie 1)

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4. 3. Hybridation ADN-ADN de la souche B2 162 Chapitre 2 : Résultats et discussion La souche B2 est phylogénétiquement plus liée à Salicola marasensis CECT 7107 T (Tableau 37). Afin de connaître sa position taxinomique, l’ADN extrait a été doublement marqué par la digoxigénine et la biotine puis des études d’homologies ADN-ADN ont été effectuées avec les quatre espèces proches, Salicola marasensis CECT 7107 T , Pseudomonas halophila DSM 3050 T , Halovibrio denitrificans DSM 15503 T et Halospina denitrificans DSM 15505 T . La figure 40 (Annexe 10) montre une courbe étalon classiquement réalisée. D’après cette courbe, Y = 0,0002 x + 0,5096 où Y représente la D.O. et x la concentration d’ADN. D’après les résultats d’homologie ADN-ADN (Tableau 39), les taux d’hybridations obtenus avec la sonde sont inférieurs à 70 % et sont compris entre 17,6 et 52,11 %. La plus grande valeur a été notée avec la souche type de Salicola marasensis CECT 7107 T . En effet, les deux séquences sont similaires à 99 % et la distance calculée selon Tamura-Nei est également faible. Mais selon Stackebrandt et Liesak (1993), le degré de similitude des ADNr ne peut être utilisé pour détecter de légères différences entre deux espèces très voisines, car les ribosomes sont des structures cellulaires hautement conservées. Mais un environnement comme les lacs hypersalés possédant des conditions physico-chimiques très variables peut amener une évolution rapide des voies métaboliques sans toutefois modifier celle des macromolécules plus stables. Les bactéries qui s’y trouvent doivent donc posséder un métabolisme très variable dans le temps. Ces facteurs environnementaux peuvent mener à des adaptations particulières et à des changements au niveau de certains gènes spécialisés tout en conservant l’ADN ribosomal. Les principales différences entre la souche B2 et Salicola marasensis CECT 7107 T se manifestent essentiellement par des différences dans la distribution des acides gras membranaires, la physiologie et un taux d’hybridation ADN-ADN de 52,11 % justifiant à lui seul la création d’une nouvelle espèce. Le nom de Salicola salis a été attribué à cette souche.
163 Chapitre 2 : Résultats et discussion Tableau 40. Caractéristiques de la souche B2 T et des bactéries hétérotrophes halophiles extrêmes proches. Propriétés Souche B2 T 1 a Morphologie cellulaire bâtonnet bâtonnet 2 b 3 b 4 b Spirille court bâtonnet long bâtonnet incurvé Flagellation polaire polaire polaire absence polaire Catalase + + nd nd nd Oxydase + + nd nd + Gamme de NaCl (M) Optimum (M) Temp optimale (ºC) Intervalle de pH Hydrolyse de: Gélatine Amidon Esculine Tween 80 Croissance sur : Sucres Acétate Citrate Pyruvate Succinate Réduction du nitrate Contenu G+C (mol %) 1,7-4,3 2,5-3,5 37 1,7-5,2 2,5 35 2,0-5,0 2,0-2,5 nd 6,0-9,0 6,0-8,0 6,7-8,5 + + - + - + - - - + - + nd + + + + + nd nd nd nd 2,0-5,0 2,5-3,0 nd 6,7-8,5 faible - + + - + - - + nd nd nd nd - + - + + 1,5-4,5 nd nd 6,7-8,5 56,0 (Tm) 61,6-61,9 (Tm) 61,7 (Tm) 60,1 (Tm) 61,6 (Tm) 1, Salicola marasensis CECT 7107 T ; 2, Halovibrio denitrificans DSM 15503 T ; 3, Halospina denitrificans DSM 15505 T ; 4, Pseudomonas halophila DSM 3050 T . a , données sont obtenues de Maturrano et al. (2006b) et b , données sont obtenues de Sorokin et al. (2006). nd, non déterminé ; +, réaction positive ; -, réaction négative. - - + nd - + - - - +
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