(Thèse partie 1)

4. 3. Hybridation ADN-ADN de la souche B2
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Chapitre 2 : Résultats et discussion
La souche B2 est phylogénétiquement plus liée à Salicola marasensis CECT 7107 T
(Tableau 37). Afin de connaître sa position taxinomique, l’ADN extrait a été doublement
marqué par la digoxigénine et la biotine puis des études d’homologies ADN-ADN ont été
effectuées avec les quatre espèces proches, Salicola marasensis CECT 7107 T , Pseudomonas
halophila DSM 3050 T , Halovibrio denitrificans DSM 15503 T et Halospina denitrificans DSM
15505 T .
La figure 40 (Annexe 10) montre une courbe étalon classiquement réalisée. D’après cette
courbe, Y = 0,0002 x + 0,5096 où Y représente la D.O. et x la concentration d’ADN.
D’après les résultats d’homologie ADN-ADN (Tableau 39), les taux d’hybridations obtenus
avec la sonde sont inférieurs à 70 % et sont compris entre 17,6 et 52,11 %. La plus grande
valeur a été notée avec la souche type de Salicola marasensis CECT 7107 T . En effet, les deux
séquences sont similaires à 99 % et la distance calculée selon Tamura-Nei est également
faible. Mais selon Stackebrandt et Liesak (1993), le degré de similitude des ADNr ne peut être
utilisé pour détecter de légères différences entre deux espèces très voisines, car les ribosomes
sont des structures cellulaires hautement conservées. Mais un environnement comme les lacs
hypersalés possédant des conditions physico-chimiques très variables peut amener une
évolution rapide des voies métaboliques sans toutefois modifier celle des macromolécules
plus stables. Les bactéries qui s’y trouvent doivent donc posséder un métabolisme très
variable dans le temps. Ces facteurs environnementaux peuvent mener à des adaptations
particulières et à des changements au niveau de certains gènes spécialisés tout en conservant
l’ADN ribosomal. Les principales différences entre la souche B2 et Salicola marasensis
CECT 7107 T se manifestent essentiellement par des différences dans la distribution des acides
gras membranaires, la physiologie et un taux d’hybridation ADN-ADN de 52,11 % justifiant
à lui seul la création d’une nouvelle espèce. Le nom de Salicola salis a été attribué à cette
souche.