(Thèse partie 1)

More documents

Recommendations

Info

NaH2PO4 Na2HPO4 NaOH NCBI NH4Cl PA PCR PG PGP PGP-Me PGS p/v S-DGD SDS S2-DGD SSC: S-TeGD S-TGD “ T ” T TAE TBP TeGD TFIIB TGD Tm Tris v/v : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : : sodium dihydrogénophosphate di- sodium hydrogénophosphate hydroxyle de sodium National Center for Biotechnology Information chlorure d’ammonium acide phosphatidique Polymerase Chain Reaction phosphatidylglycérol phosphatidylglycérol phosphate phosphatidylglycérol phosphate méthyle ester phosphatidylglycérol sulfate poids par volume diglycosyl sulfate Sodium Dodecyl Sulfate diglycosyl bisulfate sodium saline citraté tétraglycosyl sulfate triglycosyl sulfate souche type Thymine Tris-Acétate EDTA TATA-box binding protein tétraglycosyl transcription factor B (facteur de transcription B de type II) triglycosyl température de fusion 2-amino-2-hydroxyméthyl-1, 3-propanediol volume par volume
1 Introduction générale En dehors des conditions physico-chimiques « normales » la vie existe. Les organismes qui se développent dans ces biotopes « hostiles » sont globalement qualifiés d’extrêmophiles. Ils ont dû s’adapter à des valeurs extrêmes d’un ou de plusieurs paramètres physico-chimiques. On peut citer par exemple la température pour les hyperthermophiles qui croissent de manière optimale au-dessus de 80 °C, près des geysers ou près des cheminées volcaniques. A l’inverse, les psychrophiles préfèrent des températures inférieures à 15 °C. Les barophiles peuvent supporter des pressions allant jusqu’à 1000 atmosphères dans les grands fonds marins. Les halophiles se développent dans des environnements où la concentration en sels approche de la saturation. Les méthanogènes qui sont des anaérobies se rencontrent dans les aires de décomposition. Les autres paramètres physico-chimiques sont le pH, l’absence d’eau, les radiations ou un environnement chimique particulier (forte concentration en métaux, atmosphère de CO2, etc.). Mais parmi les domaines les plus étudiés de l’exrêmophilie se trouvent les hautes températures (thermophilie) ainsi que les fortes salinités (halophilie). Les habitats hypersalés formés depuis une longue période de l’histoire de la Terre sont caractérisés par une faible diversité microbienne (Rodriguez-Valera, 1993 ; Ventosa & Nieto, 1995). Des exemples de tels environnements sont représentés par les grands lacs salés de l’Ouest américain, la Mer Morte, le Lac Rose au Sénégal, les sebkhas au Nord de l’Afrique, ou encore les marais salants en Espagne, en France, etc. La variété de microorganismes qui vivent dans ces biotopes dépend principalement de la salinité, de la solubilité de l’oxygène, de la composition ionique et, dans certains cas, de la température et du pH. En 1878, Farlow observa la coloration rouge des conserves de poissons salés, il envisagea l’intervention probable de bactéries mais ne put les mettre en évidence. Il a fallu attendre les années 1886 puis 1891 pour que Dantee et ses collaborateurs isolèrent l’agent responsable de l’altération des poissons salés (Brisou, 1980) qui porte actuellement le nom de Halobacterium salinarum. Mais l’étude réelle n’a débuté qu’avec les travaux de Larsen (1962), Lanyi (1974) et Kushner (1978). Leurs publications pionnières ont été à l’origine de travaux de plus en plus nombreux qui ont permis l’isolement et la caractérisation de nouveaux genres et espèces. Cet intérêt croissant pour les microorganismes halophiles est dû au désir de connaître les limites des possibilités de la vie et ainsi d’élargir les connaissances dans le domaine de la vie dans les milieux extrêmes, de la biodiversité et de
Page 1 and 2: N° d’ordre : 79 / T.E / 2007 Sé
Page 3 and 4: 3. 3. 8. Gènes et biologie molécu
Page 5 and 6: Résultats et discussion 1. Analyse
Page 7 and 8: Nom : KHARROUB Date de soutenanace
Page 9 and 10: Remerciements Avant toute chose, je
Page 11 and 12: Listes des figures Figure 1. Habita
Page 13 and 14: Figure 36. Photomicrographies élec
Page 15 and 16: Tableau 31. Taux d’hybridations A
Page 17: A ADN ADNr 16S ARN ARNr ARNt ATP Aw
Page 21 and 22: 3 Introduction générale position
Page 23 and 24: 5 Revue bibliographique Figure 2. L
Page 25 and 26: 7 Revue bibliographique majorité d
Page 27 and 28: 9 Revue bibliographique De nombreus
Page 29 and 30: 11 Revue bibliographique Au sein de
Page 31 and 32: 13 Revue bibliographique Antón et
Page 33 and 34: 15 Revue bibliographique La seconde
Page 35 and 36: 17 Revue bibliographique C’est un
Page 37 and 38: 19 Revue bibliographique L’organi
Page 39 and 40: 21 Revue bibliographique essentiell
Page 41 and 42: 23 Revue bibliographique mannosyl-6
Page 43 and 44: 25 Revue bibliographique tandis que
Page 45 and 46: 27 Revue bibliographique La présen
Page 47 and 48: 29 Revue bibliographique c’est la
Page 49 and 50: 3. 3. 8. Gènes et biologie molécu
Page 51 and 52: 33 Revue bibliographique génome d
Page 53 and 54: 35 Revue bibliographique de transpo
Page 55 and 56: 4. 3. Physiologie 37 Revue bibliogr
Page 57 and 58: 39 Revue bibliographique A l’exce
Page 59 and 60: 41 Revue bibliographique nucléotid
Page 61 and 62: 43 Revue bibliographique famille de
Page 63 and 64: 5. Biotechnologies des procaryotes
Page 65 and 66: 47 Revue bibliographique trouvé un
Page 67 and 68: 49 Revue bibliographique siècle po
Page 69 and 70:
51 Revue bibliographique classifica
Page 71 and 72:
53 Revue bibliographique culture re
Page 73 and 74:
55 Revue bibliographique hypothèse
Page 75 and 76:
57 Revue bibliographique Figure 12.
Page 77 and 78:
1. Echantillonnage 59 Matériel et
Page 79 and 80:
Figure 15. Photographies in situ de
Page 81 and 82:
Tableau 6. Souches de référence u
Page 83 and 84:
65 Matériel et Méthodes Les milie
Page 85 and 86:
67 Matériel et Méthodes 20 ml de
Page 87 and 88:
Technique 1 (Marmur, 1961) 69 Maté
Page 89 and 90:
3. 7. 3. Détermination du contenu
Page 91 and 92:
Tableau 9. Cycles employés. Paires
Page 93 and 94:
75 Matériel et Méthodes Les align
Page 95 and 96:
77 Matériel et Méthodes * : la so
Page 97 and 98:
79 Matériel et Méthodes doubles b
Page 99 and 100:
81 Résultats et discussion Le but
Page 101 and 102:
1. Morphologie des souches d’halo
Page 103 and 104:
85 Chapitre 1 : Résultats et discu
Page 105 and 106:
Page 107 and 108:
Tableau 14. Croissance à différen
Page 109 and 110:
Tableau 15. Croissance à différen
Page 111 and 112:
Tableau 16. Spectre de température
Page 113 and 114:
Tableau 18. Utilisation des sucres.
Page 115 and 116:
Tableau 19. Utilisation des alcools
Page 117 and 118:
Page 119 and 120:
Tableau 22. Production d’acides
Page 121 and 122:
Tableau 23. Caractérisation biochi
Page 123 and 124:
Tableau 24. Résultats de la sensib
Page 125 and 126:
5. Chimiotaxinomie 5. 1. Analyse de
Page 127 and 128:
109 Chapitre 1 : Résultats et disc
Page 129 and 130:
Page 131 and 132:
Absorbance (D.O.) 0,095 0,085 0,075
Page 133 and 134:
Page 135 and 136:
Page 137 and 138:
Tableau 28. Affiliation phylogéné
Page 139 and 140:
Page 141 and 142:
Page 143 and 144:
Page 145 and 146:
0,02 26 37 31 85 55 100 127 Chapitr
Page 147 and 148:
Page 149 and 150:
Page 151 and 152:
Page 153 and 154:
Page 155 and 156:
Page 157 and 158:
Description de Halorubrum ezzemoule
Page 159 and 160:
Page 161 and 162:
Page 163 and 164:
0,02 145 Chapitre 1 : Résultats et
Page 165 and 166:
Page 167 and 168:
Page 169 and 170:
Page 171 and 172:
Page 173 and 174:
Page 175 and 176:
Page 177 and 178:
Page 179 and 180:
Page 181 and 182:
Page 183 and 184:
165 Conclusion générale et Perspe
Page 185 and 186:
167 Conclusion générale et Perspe
Page 187 and 188:
169 Références bibliographiques A
Page 189 and 190:
171 Références bibliographiques C
Page 191 and 192:
173 Références bibliographiques g
Page 193 and 194:
175 Références bibliographiques G
Page 195 and 196:
177 Références bibliographiques I
Page 197 and 198:
179 Références bibliographiques K
Page 199 and 200:
181 Références bibliographiques L
Page 201 and 202:
183 Références bibliographiques M
Page 203 and 204:
185 Références bibliographiques O
Page 205 and 206:
187 Références bibliographiques R
Page 207 and 208:
189 Références bibliographiques g
Page 209 and 210:
191 Références bibliographiques V
Page 211 and 212:
193 Références bibliographiques X
Page 213 and 214:
Annexe2 : Tableau 4. Bactéries hal
Page 215 and 216:
Tableau 4. Bactéries halophiles as
Page 217 and 218:
80 ml de la solution A 40 ml d’ac
Page 219 and 220:
Tableau 10. Origine des séquences
Page 221 and 222:
Annexes CGTCCGGTGAAAACCACGTGGCTTGGG
Page 223 and 224:
Séquence de l’ADNr 16S de la sou
Page 225 and 226:
Annexes CATCGGGAAATCCGCGCGCTTATCTCT
Page 227 and 228:
Tableau 27. Caractéristiques diff
Page 229:
Annexe 10. Courbes de quantificatio
show all

(Thèse partie 1)

Create successful ePaper yourself

Delete template?

Save as template?