(Thèse partie 1)

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Chapitre 2 : Résultats et discussion
Les résultats de l’analyse par «bootstrap» permettent de vérifier la constance de la répartition
des souches à l’intérieur d’un même groupement. Une valeur de «bootstrap» de 100 est
trouvée entre la séquence de B2 et celle de Salicola marasensis CECT 7107 T . Il en ait de
même de la souche 5-3 avec la souche Halomonas halmophila ATCC 19717 T . Cette valeur
indique que 100 % des répétitions ont fourni une répartition identique à l’intérieur d’un clade.
Le Tableau 38 représente les distances de Tamura-Nei, prenant en compte les transitions et les
transversions, calculées à partir des séquences d’ADNr 16S. Les distances sont comprises
entre 0,0025 et 1,0449. la distance minimale (0,0025) est trouvée pour la comparaison de la
séquence B2 à celle de Salicola marasensis CECT 7107 T et la séquence de la souche 5-3 à
celle de Halomonas halmophila ATCC 19717 T . C’est un résultat attendu vu le pourcentage de
similitude élevé observé entre les séquences de la petite sous unité ribosomale. La séquence
de Bacillus subtilis ATCC 6633 T est celle présentant les distances les plus élevées par rapport
aux autres séquences.
En outre, la même distance a été obtenue entre deux souches décrites comme des espèces
différentes, Halomonas salina ATCC 49509 T et Halomonas ventosae DSM 15911 T (Tableau
38). Mais cette étroite parentée ne peut confirmer l’inclusion de ces souches dans les espèces
déjà décrites. Il est connu que des espèces peuvent avoir des équences des ARNr 16S très
proches et être différentes par hybridation ADN-ADN (Dijkshoorn et al., 2000). Ils serait
donc nécessaire d’effectuer une étude d’homologie ADN-ADN afin d’établir la position
taxinomique exacte de ces souches.