(Thèse partie 1)
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Chapitre 2 : Résultats et discussion<br />
Les résultats de l’analyse par «bootstrap» permettent de vérifier la constance de la répartition<br />
des souches à l’intérieur d’un même groupement. Une valeur de «bootstrap» de 100 est<br />
trouvée entre la séquence de B2 et celle de Salicola marasensis CECT 7107 T . Il en ait de<br />
même de la souche 5-3 avec la souche Halomonas halmophila ATCC 19717 T . Cette valeur<br />
indique que 100 % des répétitions ont fourni une répartition identique à l’intérieur d’un clade.<br />
Le Tableau 38 représente les distances de Tamura-Nei, prenant en compte les transitions et les<br />
transversions, calculées à partir des séquences d’ADNr 16S. Les distances sont comprises<br />
entre 0,0025 et 1,0449. la distance minimale (0,0025) est trouvée pour la comparaison de la<br />
séquence B2 à celle de Salicola marasensis CECT 7107 T et la séquence de la souche 5-3 à<br />
celle de Halomonas halmophila ATCC 19717 T . C’est un résultat attendu vu le pourcentage de<br />
similitude élevé observé entre les séquences de la petite sous unité ribosomale. La séquence<br />
de Bacillus subtilis ATCC 6633 T est celle présentant les distances les plus élevées par rapport<br />
aux autres séquences.<br />
En outre, la même distance a été obtenue entre deux souches décrites comme des espèces<br />
différentes, Halomonas salina ATCC 49509 T et Halomonas ventosae DSM 15911 T (Tableau<br />
38). Mais cette étroite parentée ne peut confirmer l’inclusion de ces souches dans les espèces<br />
déjà décrites. Il est connu que des espèces peuvent avoir des équences des ARNr 16S très<br />
proches et être différentes par hybridation ADN-ADN (Dijkshoorn et al., 2000). Ils serait<br />
donc nécessaire d’effectuer une étude d’homologie ADN-ADN afin d’établir la position<br />
taxinomique exacte de ces souches.