(Thèse partie 1)

158
Chapitre 2 : Résultats et discussion
Les séquences du gène de l’ARNr 16S de la souche B2 et 5-3 ont été alignées avec les
espèces proches des -Proteobacteria extraites de la base de données par le logiciel
CLUSTAL W 1.8 (Thompson et al., 1994). L’arbre phylogénétique a été construit comme
précédemment en utilisant le programme Mega 3 (Kumar et al., 2004). L’enracinement a été
réalisé en utilisant la séquence ribosomale de Bacillus subtilis ATCC 6633 T (Figure 39).
0,1
Figure 39. Positions phylogénétiques des séquences d’ADNr 16S des souches B2 et 5-3. La
topologie ci-dessus a été obtenue avec la méthode du Neighbor-Joining, en utilisant Bacillus
subtilis ATCC 6633 T comme outgroup. Les numéros d’accession dans la base de données
GenBank sont reportés en face de chaque souche. Barre représente 10 substitutions par 100
nucléotides.
68
40
100
43
100
71
100
98
100
100
93
74 55
100
Pseudomonas halophila DSM 3050 T (AB021383)
Halovibrio denitrificans DSM 15503 T (DQ072718)
Halospina denitrificans DSM 15505 T (DQ072719)
Souche B2
Salicola marasensis CECT 7107 T (DQ019934)
Marinobacter lutaoensis JCM 11179 T (AF288157)
Marinobacter sedimentalis DSM 15400 T (AJ609270)
Microbulbifer maritimus TF-17 T (AY377986)
Microbulbifer elongata DSM 6810 T (AF500006)
Alcanivorax venustensis DSM 13974 T (AF328762)
Alcanivorax borkumensis DSM 11573 T (Y12579)
Zymobacter palmae T109 T (D14555)
Souche 5-3
Halomonas halmophila ATCC 19717 T (AJ306889)
Halomonas eurihalina ATCC 49336 T (X87218)
Halomonas organivorans G-16.1 T (AJ616910)
Halomonas salina ATCC 49509 T (X87217)
Halomonas ventosae DSM 15911 T 87 100
(AY268080)
12
Chromohalobacter canadensis ATCC 43984 T (AJ295143)
Chromohalobacter israelensis ATCC 43985 T (AJ295144)
Halomonas elongata ATCC 33174 T 100
100
(AJ295147)
Bacillus subtilis ATCC 6633 T (AF200210)