(Thèse partie 1)

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4. 2. Amplification et séquençage du gène de l’ARN ribosomal 16S 156 Chapitre 2 : Résultats et discussion Les gènes de l’ARNr 16S des souches B2 et 5-3 ont été amplifiés par utilisation de primers 16F27 et 1525R, décrits par (Saiki et al., 1988). Une électrophorèse des produits de la PCR est effectuée sur gel d’agarose-TAE. Après migration, le gel est photographié sur table UV. Les bandes d’ADN ont migré dans la région 1 500 paires de bases (Figure 38). 8 7 6 5 4 3 2 1 1500 2000 1501 1500 1502 1000 1503 700 1504 600 1505 400 1506 300 1507 200 1508 150 1509 50 Figure 38. Résultats de l’amplification de l’ADN ribosomal 16S des souches archéennes et bactériennes. Ladder (canal 1) ; souche B2 (canal 2) ; souche 5-3 (canal 3) ; souche S6 (canal 4) ; souche S7 (canal 5) ; souche B3 (canal 6) et souche 5-2(canal 7). (Souches S6, S7, B3 et 5-2 sont archéennes).
157 Chapitre 2 : Résultats et discussion Les séquences des gènes de l’ARN ribosomal 16S des souches B2 et 5-3 obtenues ont été comparées à celles d’autres organismes de la base de données GenBank. Les analyses de similitude (BLAST) effectuées ont indiqué leur affiliation aux Gamma-Proteobacteria. La séquence de la petite sous unité ribosomale de la souche B2 présente jusqu’à 99 % d’identité avec celle de Salicola marasensis CECT 7107 T . Elle présente aussi des homologies de 96 % avec celles de Pseudomonas halophila DSM 3050 T et Halovibrio denitrificans DSM 15503 T et 95 % avec celle de Halospina denitrificans DSM 15505 T (Tableau 37). A l’exception de Pseudomonas halophila, les autres espèces sont des bactéries halophiles extrêmes isolées respectivement de lacs hypersalés du Pérou et de la Sibérie. Quant à la souche 5-3, elle est étroitement liée aux membres de la famille des Halomonadaceae, 99 % de similitude avec le gène d’ARNr 16S de Halomonas halmophila ATCC 19717 T et 97 % avec celui de Halomonas eurihalina ATCC 49336 T (Tableau 37) Tableau 37. Affiliation phylogénétique des souches bactériennes étudiées. Groupe taxinomique Souche Identité -Proteobcteria Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas -Proteobcteria Oceanospirillales Halomonadaceae Halomonas *, Résultats de BLAST. (%)* B2 99 5-3 96 95 96 99 97 97 96 95 Espèces proches Numéro Salicola marasensis Halovibrio denitrificans Halospina denitrificans Pseudomonas halophila Halomonas halmophila Halomonas eurihalina Halomonas almeriensis Halomonas elongata Halomonas ventosae d’accession DQ19934 DQ072718 DQ072719 AB021383 AJ306869 X87218 AY858696 M93355 A4268080
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