(Thèse partie 1)

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3. Lipides membranaires 154 Chapitre 2 : Résultats et discussion L’analyse des acides gras membranaires de la souche B2 a été effectuée par l’équipe du Prof. Reiner M. Kroppenstedt du DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen). Cette analyse par chromatographie en phase gazeuse a démontré une prédominance des acides gras essentiellement à 16 et à 18 atomes de carbones (Tableau 36). La composition en acides gras de la membrane de la souche B2 a été comparée à celles de bactéries halophiles modérées et extrêmes proches. Tableau 36. Composition en acides gras membranaires de la souche B2 et espèces proches. Acides gras Souche B2 1 a 2 b 3 b 4 b C10:0 5,23 3,26 1,92 1,62 2,09 C12:0 2,30 1,53 1,17 0,65 C12:0 3-OH 7,73 5,77 3,35 3,36 3,61 C14:1 0,84 1,23 1,51 C14:1 3-OH 1,06 C14:0 3-OH C14:0 Sum feature2 4,51 C16: 0 N alcohol 3,80 C16:1 9c 7,45 2,26 3,20 4,79 C16:1 7c 5,22 C16:1 5c 3,14 C16:1 1,47 0,45 C16:0 25,70 15,81 15,40 7,98 15,36 Non identifié 8,02 6,82 8,10 C18:3 6c 1,66 C18:1 9c 25,79 33,41 46,56 65,52 55,23 C18:1 7c 0,21 10,18 0,91 C18:0 3,33 8,50 3,32 5,45 3,13 C18:0Me10 7,91 21,55 2,01 3,46 a , données sont prises de Maturrano et al. (2006b) et b , de Sorokin et al. (2006). Somme 2 contient C16:1 iso I et / ou C14: 0 3-OH 1, Salicola marasensis CECT 7107 T ; 2, Halovibrio denitrificans DSM 15503 T ; 3, Halospina denitrificans DSM 15505 T ; 4, Pseudomonas halophilaDSM 3050 T .
155 Chapitre 2 : Résultats et discussion La distribution des acides gras saturés est caractérisée par la prédominance des composés à nombre pairs d’atomes de carbones avec un maximum à C16 : 0 (acide palmitique, 25,70 %) et une très faible contribution des acides gras ramifiés iso. Le C12: 03-OH est le -hydroxy acide dominant retrouvé chez la souche B2. C’est aussi l’acide gras majoritaire chez d’autres bactéries halophiles modérées et extrêmes à Gram négatif appartenant aux genres Marinobacter (Nguyen et al., 1999), Alcanivorax (Yakimov et al., 1998), Saccharospirillum (Labrenz et al., 2003), Halomonas (Yoon et al., 2002), Halovibrio, Halospina et Pseudomonas (Sorokin et al., 2006). Parmi les acides gras identifiés dans le chromatogramme de la souche B2, on a retrouvé jusqu’à 3,80 % d’un nouvel acide gras, l’acide C16 : 0 N alcool qui n’a jamais été identifié chez d’autres membres déjà décrits. Les acides gras insaturés présents sont caractérisés par une distribution simple avec prédominance des composés C16 :1 9c et C18 :1 9c (environ 81,4 % d’acides gras insaturés). Mentionnons que Gorskhova et al. (2003) et Sorokin et al. (2006), ont rapporté que ces deux acides gras prédominent aussi chez Marinobacter, Pseudomonas halophila, Halovibrio et Halospina. De plus, lors de l’analyse des acides gras de la souche B2, on a noté la présence de C18:3 6c (6, 9, 12). La fraction lipidique est également caractérisée par la présence d’un acide gras ramifié en position 10, le C18 : 0Me10 (7,91 %), plus abondant que chez les espèces décrites par Sorokin et al. (2006) mais moins que celle de Salicola marasensis (Maturrano et al., 2006b) (Tableau 36). 4. Caractérisation des acides nucléiques 4. 1. Détermination du contenu en guanine et cytosine de l’ADN génomique Le contenu en GC de l’ADN de la souche B2 déterminé selon la technique de dénaturation thermique est de 56,0 mol%. Il est inférieur à ceux des espèces halophiles proches (Tableau 40). Alors que celui de la souche 5-3 est de 57,8 mol % (Tableau 35) qui se trouve à l’intérieur de la gamme trouvée pour le genre Halomonas (50-68 mol%) (.Franzmann et al., 1988 ; Ventosa et al., 1998 ; Martinez-Cánovas et al., 2004c).
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