(Thèse partie 1)

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144 Chapitre 1 : Résultats et discussion La sonde a été hybridée avec les ADN des souches types de Haloarcula marismortui DSM 3752 T , Haloarcula vallismortis DSM 3756 T , Haloarcula hispanica ATCC 33960 T et Haloarcula argentinensis JCM 9737 T . La courbe étalon est représentée par la figure 34 en Annexe 10. D’après cette représentation, Y = 0,0002 x + 0,1996. Les résultats d’homologie ADN-ADN sont rassemblés dans le tableau 33. Les pourcentages d’homologies obtenus entre la sonde et les ADN de Haloarcula marismortui DSM 3752 T , Haloarcula vallismortis DSM 3756 T , Haloarcula hispanica ATCC 33960 T et Haloarcula argentinensis JCM 9737 T varient de 28,32 à 59,0. Le pourcentage le plus élevé a été obtenu avec la dernière espèce mais il reste inférieur à 70 %. En accord avec les recommandations du comité Ad Hoc, la souche S1 ne peut être incluse dans aucune des espèces déjà décrites de Haloarcula. 6. 4. 3. Hybridation de la souche S3 L a séquence 16S de l’ADNr de la souche S3 présente 96 % de similitude avec la séquence la plus proche celle de Haloalcaliphilum atacamensis, une haloarchaea non décrite et moins de 93 % d’identité avec les autres membres de la famille des Halobacteriaceae. Comme il a été mis en évidence que des séquences d’ADN ribosomaux 16S ayant des similarités inférieures à 97 % ne correspondent jamais à des pourcentages de réassociations ADN-ADN supérieures à 60 % (Devereux et al., 1990). Pour cette raison le test d’homologie ADN-ADN a été réalisé uniquement avec la souche Haloalcaliphilum atacamensis Alt-5 T . La position phylogénétique de la souche S3 est indiquée par l’arbre (Figure 35) qui a montré une relation de parenté très proche entre la souche S3 et Haloalcalophilium atacamensis ALT-5 T .
0,02 145 Chapitre 1 : Résultats et discussion Figure 35. Arbre phylogénétique basé sur le gène codant l’ARNr 16S montrant la position de la souche S3. La séquence du gène codant l’ARNr 16S de Methanospirillum hungatei DSM 864 T est utilisée comme outgroup. La barre représente 2 substitutions par 100 nucléotides. Tableau 34. Taux d’hybridations ADN-ADN de la souche S3 avec Haloalcaliphilum atacamensis. 30 18 16 80 Souche S3 Souches Absorbance ADN (pg) S = s × 5 D = d × 2 S3 1s 0,323 2226 11130 S3 1d 0,590 7566 15131 S3 2s 0,308 3006 15030 S3 2d 0,562 7006 14012 Alt-5 1s 0,350 2766 13830 Alt-5 1d 0,493 5626 11252 Alt-5 2s 0,360 2966 14830 Alt-5 2d 0,511 5986 11972 70 77 95 84 100 100 Haloalcalophilium atacamensis ALT-5 T (AJ277204) Halomicrobium mukohataei Arg-2 T (D50850) Haloarcula marismortui HC8 (X61688) Halosimplex carlsbadense ATCC BAA-75 T (AF320480) Halorhabdus utahensis AX-2 T (AF071880) 100 Halobacterium salinarum DSM 3754 T (AJ496185) Haloterrigena thermotolerans PR 5 T (AF115478) Halorubrum saccharovorum JCM 8865 T (U17364) Halogeometricum borinquense PR 3 T (AF002984) Haloferax volcanii NCIMB 2012 T (AY425724) Haloferax mediterranei ATCC 33500 T (D11107) Halococcus morrhuae NRC 16008 T (D11106) Methanospirillum hungatei DSM 864 T (M60880) S + D BR (%) RBR (%) 26261 57,6 100 29042 48,25 25082 44,86 77,88 26802 44,66 77,53
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