(Thèse partie 1)

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6. 4. Hybridation ADN-ADN 134 Chapitre 1 : Résultats et discussion Avec l’ensemble des résultats des analyses phénotypiques et génotypiques et spécialement ceux des lipides polaires membranaires, il est possible de classifier les souches isolées de la sebkha Ezzemoul mais la détermination de l’homologie ADN-ADN permet encore de regrouper sans ambiguïté les souches dans leur taxon respectif. En effet, selon Stackebrandt et al. (2002), les hybridations ADN-ADN se sont révélées essentielles pour la définition d’une espèce bactérienne. Le critère d’homologie pouvant exister entre l’ADN de la souche 5.1 et ceux des souches types d’espèces proches d’Halorubrum selon la technique décrite par Ziemke et al. (1998). 6. 4. 1. Hybridation de la souche 5.1 La séquence de l’ADN ribosomal 16S de la souche 5.1 a été comparée avec les souches provenant de la banque de gènes dont douze souches de Halorubrum. La comparaison phylogénétique par analyse de Neighbor-Joining avec positionnement d’une séquence de Methanospirillum hungatei DSM 864 T comme souche ancestrale (positionnement non théorique) est représentée dans la figure 31. L’ADN extrait de la souche 5.1 a été doublement marqué par la digoxigénine et la biotine. La sonde a été ensuite hybridée avec des ADN provenant d’espèces proches de Halorubrum (Halorubrum coriense DSM 10284 T , Halorubrum sodomense DSM 3755 T , Halorubrum distributum JCM 9100 T , Halorubrum trapanicum NRC 34021 T , Halorubrum xinjiangense JCM 12388 T , Halorubrum tebenquichense CECT 5317 T , Halorubrum terrestre DSM 10247 T , Halorubrum saccharovorum DSM 1137 T , Halorubrum lacusprofundi DSM 5036 T ). La quantification des concentrations de la sonde double et simple brin est réalisée par rapport à la droite étalon. Le tableau 31 résume les concentrations des sondes simples et doubles brins (BR % et RBR %).
135 Chapitre 1 : Résultats et discussion Tableau 31. Taux d’hybridations ADN-ADN de la souche 5.1 et espèces proches d’Halorubrum. Souches Absorbance ADN (pg) S = s × 5 D = d × 2 5.1 1s 0,394 388,66 1943,3 5.1 1d 0,832 1118,66 2234,32 5.1 2s 0,436 458,66 2293,33 5.1 2d 0,723 937 1874 1 1s 0,562 668,66 3343,32 1 1d 0,2686 179,66 359,32 1 2s 0,53 615,33 3076,65 1 2d 0,244 138,66 277,33 2 1s 0,5977 728,33 3641,66 2 1d 0,3889 380,33 760,66 2 2s 0,5835 704,5 3522,5 2 2d 0,35 315,33 630,66 3 1s 0,6126 753 ?1 3765,5 3 1d 0,306 242,25 484,5 3 2s 0,6350 790,33 3951,65 3 2d 0,2890 213,66 427,33 4 1s 0,5520 652 3260 4 1d 0,2626 169,66 339,33 4 2s 0,6300 782 3910 4 2d 0,2800 198,66 397,33 5 1s 0,5265 609,5 3047,5 5 1d 0,2505 149,5 299 5 2s 0,4795 531,16 2955,8 5 2d 0,2489 146,83 293,66 6 1s 0,5310 617 3085 6 1d 0,2313 117,5 235 S + D BR (%) RBR (%) 4180,62 53,51 100 4167,39 44,97 3702,62 9,7 18,2 3353,98 8,27 15,45 4402,32 17,3 32,4 4153,16 15,8 29,53 4250 11,4 21,3 4290,98 9,95 18,59 3599,33 9,4 17,5 4307,33 9,2 17,19 3346,5 8,93 16,69 3249,46 9,04 16,9 3320 7,08 13,25
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