(Thèse partie 1)

6. 4. Hybridation ADN-ADN
134
Chapitre 1 : Résultats et discussion
Avec l’ensemble des résultats des analyses phénotypiques et génotypiques et
spécialement ceux des lipides polaires membranaires, il est possible de classifier les
souches isolées de la sebkha Ezzemoul mais la détermination de l’homologie ADN-ADN
permet encore de regrouper sans ambiguïté les souches dans leur taxon respectif. En effet,
selon Stackebrandt et al. (2002), les hybridations ADN-ADN se sont révélées essentielles
pour la définition d’une espèce bactérienne.
Le critère d’homologie pouvant exister entre l’ADN de la souche 5.1 et ceux des souches
types d’espèces proches d’Halorubrum selon la technique décrite par Ziemke et al. (1998).
6. 4. 1. Hybridation de la souche 5.1
La séquence de l’ADN ribosomal 16S de la souche 5.1 a été comparée avec les
souches provenant de la banque de gènes dont douze souches de Halorubrum. La
comparaison phylogénétique par analyse de Neighbor-Joining avec positionnement d’une
séquence de Methanospirillum hungatei DSM 864 T comme souche ancestrale
(positionnement non théorique) est représentée dans la figure 31.
L’ADN extrait de la souche 5.1 a été doublement marqué par la digoxigénine et la biotine.
La sonde a été ensuite hybridée avec des ADN provenant d’espèces proches de
Halorubrum (Halorubrum coriense DSM 10284 T , Halorubrum sodomense DSM 3755 T ,
Halorubrum distributum JCM 9100 T , Halorubrum trapanicum NRC 34021 T , Halorubrum
xinjiangense JCM 12388 T , Halorubrum tebenquichense CECT 5317 T , Halorubrum
terrestre DSM 10247 T , Halorubrum saccharovorum DSM 1137 T , Halorubrum
lacusprofundi DSM 5036 T ).
La quantification des concentrations de la sonde double et simple brin est réalisée par
rapport à la droite étalon. Le tableau 31 résume les concentrations des sondes simples et
doubles brins (BR % et RBR %).