(Thèse partie 1)

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132 Chapitre 1 : Résultats et discussion Les analyses phylogénétiques ont indiqué l’affiliation de neuf souches au genre Halorubrum. L’arbre phylogénétique construit avec les séquences des ADNr 16S de ces souches et espèces proches possède une topologie avec deux clades (Figure 30). Le premier clade regroupe les séquences de Halorubrum saccharovorum JCM 8865 T , Halorubrum lacusprofundi ACAM34 T et la souche 1’2, tandis que le deuxième clade regroupe les séquences des autres souches affilées au genre Halorubrum avec celles de Halorubrum coriense DSM 10284 T , Halorubrum distributum JCM 9100 T , Halorubrum sodomense ATCC 33755 T , Halorubrum trapanicum NRC 34021 T et Halorubrum xinjiangense AS 1.3527 T . Les résultats de l’analyse des lipides polaires obtenus concordent dans l’ensemble avec ceux de l’étude phylogénétique basée sur la comparaison des séquences de l’ADNr 16S à celles de la base de données (Tableau 28). Ainsi, la souche 2a possède les glycolipides, S- TGD-1 et S-TeGD-1, caractéristiques du genre Halobacterium. De même, le séquençage a confirmé son apparenté aux deux seules espèces décrites du genre Halobacterium (Halobacterium salinarum et Halobacterium noricense). Il en ait de même des autres souches où le résultat du type de glycolipide corrobore avec celui du séquençage. La seule exception à cette règle est représentée par la souche S3 dont la composition des lipides polaires membranaires est similaire à celle des membres du genre Haloferax. Mais, malgré cette similitude, l’analyse phylogénétique a démontré que la souche S3 est apparentée à un degré moindre aux séquences du gène d’ADNr des espèces du genre Haloferax (92 %) et ne présente que 96 % d’identité avec la séquence la plus proche en banque celle de Haloalcaliphilum atacamensis, une haloarchaea non décrite. En outre, toute deux possèdent la même composition de lipides polaires.
133 Chapitre 1 : Résultats et discussion Figure 31. Arbre phylogénétique basé sur le gène codant l’ARNr 16S montrant la position de la souche 5.1. La séquence du gène codant l’ARNr 16S de Methanospirillum hungatei DSM 864 T est utilisée comme outgroup. La barre représente 5 substitutions par 100 nucléotides. 0,05 100 43 97 90 100 100 80 19 48 51 36 85 Halorubrum coriense DSM 10284 T (S70839) Halorubrum distributum JCM 9100 T (D63572) Souche 5.1 T Halorubrum trapanicum NRC 34021 T (X82168) Halorubrum xinjiangense JCM 12388 T (AY510707) Halorubrum sodomense ATCC 33755 T (X82169) Halorubrum tebenquichense CECT 5317 T (AJ276887) Halorubrum terrestre JCM 10247 T (AB090169) Halorubrum saccharovorum DSM 1137 T (U17364) Halorubrum lacusprofundi DSM 5036 T (X82170) Halorubrum alkaliphilum JCM 12358 T (AY510708) Halorubrum tibetense JCM 11889 T (AY149598) Halorubrum vacuolatum JCM 9060 T (D87972) Halobacterium salinarum DSM 3754 T (AJ496185) Methanospirillum hungatei DSM 864 T (M60880)
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