(Thèse partie 1)
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Chapitre 1 : Résultats et discussion<br />
La diversité archéenne des saumures de la sebkha Ezzemoul est discutée ci-dessous, en<br />
s’appuyant également sur les arbres phylogénétiques (Figures 29 et 30) et le calcul des<br />
distances génétiques (Tableau 30) représentent une vision synthétique de la diversité des<br />
haloarchaea isolées de la sebkha Ezzemoul et identifiées par les différentes approches<br />
culturales et moléculaires durant cette étude. La diversité des séquences archéennes<br />
obtenues est représentée dans l’arbre phylogénétique (Figure 29) qui inclut également les<br />
séquences proches d’haloarchaea. Cet arbre permet mieux de visualiser les affiliations des<br />
souches. Les alignements des séquences d’ADNr sont réalisés par Clustal W (Thompson et<br />
al., 1994). L’arbre est construit à partir de Neighbor-Joining en utilisant le test de<br />
« bootstrap » (nombres sur les branches) de 100 réplications en utilisant les distances de<br />
Tamura-Nei qui prend en compte les transitions et les transversions du programme Mega 3<br />
(Kumar et al., 2004). L’enracinement a été réalisé en utilisant la séquence ribosomale de<br />
l’archéobactérie Methanospirillum hungatei DSM 864 T .<br />
Encore pour mieux cerner l’affiliation des souches étudiées aux espèces connues<br />
d’halobactéries, des calculs de distance génétique entre les séquences des gènes d’ARN<br />
ribosomaux ont été entrepris selon le test de Tamura-Nei. Le résultat de cette étude est<br />
représenté dans le tableau 30. Les distances génétiques qui les séparent des souches de<br />
références sont variables. La souche 5.1 par exemple semble plus liée à Halorubrum<br />
coriense DSM 10284 T qu’à Halorubrum sodomense ATCC 33755 T et dont la distance<br />
génétique a été estimée à 0,0078 et ceci malgré le fait que la séquence du gène d’ARNr soit<br />
similaire à 97 % avec celles des deux espèces précédentes. Il en ait de même avec les<br />
souches 5-1, 5’RB, S6, 5-2 et B1 affiliées au genre Halorubrum où les plus faibles<br />
distances sont notées avec l’espèce Halorubrum coriense DSM 10284 T . En outre de faibles<br />
distances génétiques sont notées entre certaines souches affiliées au genre Halorubrum<br />
(Tableau 30). Le calcul des distances a donné un résultat nul entre la souche 2a et la souche<br />
type de l’espèce Halobacterium salinarum DSM 3757 T , qui est le reflet d’une étroite<br />
parenté entre elles mais n’inclut pas nécessairement la souche 2a dans cette espèce. La<br />
souche S3 forme un clade avec