(Thèse partie 1)

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Chapitre 1 : Résultats et discussion
La diversité archéenne des saumures de la sebkha Ezzemoul est discutée ci-dessous, en
s’appuyant également sur les arbres phylogénétiques (Figures 29 et 30) et le calcul des
distances génétiques (Tableau 30) représentent une vision synthétique de la diversité des
haloarchaea isolées de la sebkha Ezzemoul et identifiées par les différentes approches
culturales et moléculaires durant cette étude. La diversité des séquences archéennes
obtenues est représentée dans l’arbre phylogénétique (Figure 29) qui inclut également les
séquences proches d’haloarchaea. Cet arbre permet mieux de visualiser les affiliations des
souches. Les alignements des séquences d’ADNr sont réalisés par Clustal W (Thompson et
al., 1994). L’arbre est construit à partir de Neighbor-Joining en utilisant le test de
« bootstrap » (nombres sur les branches) de 100 réplications en utilisant les distances de
Tamura-Nei qui prend en compte les transitions et les transversions du programme Mega 3
(Kumar et al., 2004). L’enracinement a été réalisé en utilisant la séquence ribosomale de
l’archéobactérie Methanospirillum hungatei DSM 864 T .
Encore pour mieux cerner l’affiliation des souches étudiées aux espèces connues
d’halobactéries, des calculs de distance génétique entre les séquences des gènes d’ARN
ribosomaux ont été entrepris selon le test de Tamura-Nei. Le résultat de cette étude est
représenté dans le tableau 30. Les distances génétiques qui les séparent des souches de
références sont variables. La souche 5.1 par exemple semble plus liée à Halorubrum
coriense DSM 10284 T qu’à Halorubrum sodomense ATCC 33755 T et dont la distance
génétique a été estimée à 0,0078 et ceci malgré le fait que la séquence du gène d’ARNr soit
similaire à 97 % avec celles des deux espèces précédentes. Il en ait de même avec les
souches 5-1, 5’RB, S6, 5-2 et B1 affiliées au genre Halorubrum où les plus faibles
distances sont notées avec l’espèce Halorubrum coriense DSM 10284 T . En outre de faibles
distances génétiques sont notées entre certaines souches affiliées au genre Halorubrum
(Tableau 30). Le calcul des distances a donné un résultat nul entre la souche 2a et la souche
type de l’espèce Halobacterium salinarum DSM 3757 T , qui est le reflet d’une étroite
parenté entre elles mais n’inclut pas nécessairement la souche 2a dans cette espèce. La
souche S3 forme un clade avec