(Thèse partie 1)

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118 Chapitre 1 : Résultats et discussion 4’1 est aussi apparentée à Haloferax mediterranei ATCC 33500 T , Haloferax gibbonsii ATCC 33959 T et Haloferax sulfurifontis DSM 16227 T avec une homologie de 96 %. Genre Halorubrum Les séquences des souches 1’2, B1, 5.1, 5’RB, 5-1, 5-2, S2, S6 et S7 sont affiliées aux espèces neutrophiles du genre Halorubrum. Il s’agit de Halorubrum coriense DSM 10284 T , Halorubrum trapanicum NRC 34021 T , Halorubrum distributum JCM 9100 T , Halorubrum xinjiangense JCM 12388 T , Halorubrum sodomense DSM 3755 T , Halorubrum terrestre DSM 10247 T , Halorubrum saccharovorum DSM 1137 T et Halorubrum lacusprofundi DSM 5036 T . Les similarités basées sur la comparaison des séquences varient entre 93 et 98 % (Tableau 28). Genre Haloterrigena La séquence 16S de l’ADNr de la souche B3 présente 98 % d’homologie à celle de Haloterrigena thermotolerans DSM 11552 T et 97 % à celle de Haloterrigena saccharevitans JCM 12889 T (Tableau 28).
Tableau 28. Affiliation phylogénétique des souches archéennes étudiées. Souche Groupe Identité (%) 2a 1 Halobacterium 99 99 S1 2 Haloarcula 97 97 97 97 4’1 2 Haloferax 97 97 97 97 96 96 96 B1 1 Halorubrum 98 1’2 2 5’RB 1 *, Résultats de BLAST. 98 98 98 98 Halorubrum 98 96 96 96 96 Halorubrum 98 98 98 98 97 119 Chapitre 1 : Résultats et discussion Espèces proches Numéro Halobacterium salinarum Halobacterium noricense Haloarcula hispanica Haloarcula marismortui rrnb Haloarcula argentinensis Haloarcula vallismortis Haloferax lucentensis Haloferax volcanii Haloferax alexandrinus Haloferax denitrificans Haloferax mediterranei Haloferax gibbonsii Haloferax sulfurifontis Halorubrum coriense Halorubrum trapanicum Halorubrum xinjiangense Halorubrum sodomense Halorubrum distributum Halorubrum saccharovorum Halorubrum lacusprofundi Halorubrum alkaliphilum Halorubrum tibetense Halorubrum vacuolatum Halorubrum coriense Halorubrum trapanicum Halorubrum xinjiangense Halorubrum sodomense Halorubrum distributum d’accession AJ496185 AJ496185 U68541 AF034620 D50849 U17593 AH003665 K00421 AB037474 D14128 D11107 D13378 AY458601 S70839 X82168 AY510707 X82169 D63572 U17364 X82170 AY510708 AY149598 D87972 S70839 X82168 AY510707 X82169 D63572
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