(Thèse partie 1)

117
Chapitre 1 : Résultats et discussion
L’analyse des séquences d’ADNr 16S de la banque de souches archéennes a indiqué que
les souches isolées étaient apparentées à des organismes cultivés de la famille des
Halobacteriaceae provenant d’environnements hypersalins. Elle sont affiliées à cinq
genres neutrophiles, Halobacterium (Elazari-Volcani, 1957), Haloarcula (Torreblanca et
al., 1986), Haloferax (Torreblanca et al., 1986), Halorubrum (McGenity & Grant, 1995) et
Haloterrigena (Ventosa et al., 1999), hormis la séquence de la souche S3 plus éloignée de
l’espèce décrite la plus proche (93 % d’identité avec Halorhabdus utahensis) et 96 % de
similitude avec la souche non décrite Haloalcaliphilum atacamensis (Tableau 28).
Genre Halobacterium
La séquence 16S d’ADN ribosomal de la souche 2a présente une excellente
homologie (99 %) aux séquences des souches type de Halobacterium salinarum DSM
3754 T et Halobacterium noricense DSM 15987 T . Cependant, ce degré élevé de similitude
n’inclut pas nécessairement cet isolat dans les espèces Halobacterium salinarum ou
Halobacterium noricense. Cette approche moléculaire est limitée car le gène de l’ARNr
16S représente en moyenne 0,05 % du génome du procaryote (Rodriguez-Valera, 2002).
Ainsi la séquence de l’ADNr 16S de Halococcus dombrowskii DSM 14522 T présente 99,3
% d’homologie avec celle de l’espèce Halococcus morrhuae ATCC 17082 T , et pourtant ce
sont deux espèces différentes (Stan-Lotter et al., 2002).
Genre Haloarcula
La séquence de la souche S1 est affiliée aux membres du genre Haloarcula avec une
homologie de 97 % avec les souches types des espèces de Haloarcula hispanica ATCC
33960 T , Haloarcula marismortui HC8, Haloarcula argentinensis JCM 9737 T et
Haloarcula vallismortis DSM 3756 T .
Genre Haloferax
De même une seule souche 4’1 est phylogénétiquement liée aux membres du genre
Haloferax. Le pourcentage de similitude est de 97 % avec les séquences 16S des ADN
ribosomaux de Haloferax lucentensis CECT 5871 T , Haloferax volcanii NCIMB 2012 T ,
Haloferax alexandrinus JCM 10717 T et Haloferax denitrificans ATCC 35960 T . La souche