(Thèse partie 1)

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5. 2. Caractérisation de la bactériorubérine 114 Chapitre 1 : Résultats et discussion L’extraction du pigment de type caroténoïde des cellules archéennes a été effectuée selon la technique de Gochnauer et al. (1972). Le spectre d’absorption de l’extrait cellulaire de la souche S3 est présenté dans la Figure 26, profil représentatif de l’ensemble des souches. L’extrait cellulaire du mélange méthanol-acétone a présenté des maximums d’absorption à 370, 390, 470, 500 et 540 nm et qui selon Gochnauer et al. (1972) et Oren (1983b) correspondent aux pics d’absorption de l’ - bactériorubérine qui un des composant de la membrane rouge des archaea halophiles extrêmes. 6. Caractérisation des acides nucléiques 6. 1. Détermination du contenu en guanine et cytosine de l’ADN génomique Après une étude de la position systématique, basée sur des caractères phénotypiques, nous avons complété la description de vingt cinq souches par l’étude de la composition en bases de l’ADN génomique (GC mol%) selon la technique de dénaturation thermique de Marmur et Doty (1962). Dans cette technique, l’ADN à analyser est extrait, purifié puis soumis à une dénaturation thermique La séparation de la double hélice est suivie par mesure de l’absorbance à 260 nm. Un exemple de courbe sigmoïde obtenue est présenté sur la Figure 27. Les températures de fusion Tm (correspondant à une augmentation de la DO atteignant 50 % de la DO maximale) déterminées pour chaque ADN ont été utilisées dans le calcul du contenu en G+C génomique selon l’équation de Owen & Hill (1979). Le Tableau 26 présente les différentes valeurs de température de fusion et du contenu en G+C des souches étudiées. Ces valeurs varient de 52,9 à 64,6 mol%. Elles sont dans l’ensemble cohérentes avec les taux du contenu en G+C de la famille des Halobacteriaceae et qui varie de 46,9 à 71,2 mol% (Tableau 27-Annexe 9). Les deux souches ayant un GC mol% légèrement inférieur à cette gamme correspondent aux souches S3 et S6.
115 Chapitre 1 : Résultats et discussion Tableau 26. Valeur de Température de fusion (Tm) et du contenu en G+C des souches d’haloarchaea étudiées. Souches Tm (°C) G+C (mol %) 1’1 95,2 ± 0,25 63,2 ± 0,6 1’2 95,0 ± 0,2 62,7 ± 0,5 2a 95,5 ± 0,35 63,9 ± 0,7 2b 93,2 ± 0,4 58,3 ± 1,0 B1 93,5 ± 0,4 59,0 ± 1,0 B3 94,0 ± 0,4 60,2 ± 0,9 B4 93,7 ± 0,4 59,5 ± 0,9 4’1 93,0 ± 0,3 57,8 ± 0,6 4’2 93,7 ± 0,4 59,5 ± 0,8 5.1 94,7 ± 0,25 61,9 ± 0,5 5.2 94,0 ± 0,3 60,2 ± 0,7 5’RB 95,7 ± 0,25 64,4 ± 0,6 5-1 95,0 ± 0,25 62,7 ± 0,5 5-2 94,3 ± 0,4 61,0 ± 0,8 5-4 94,5 ± 0,4 61,5 ± 0,7 5-5 95,8 ± 0,3 64,6 ± 0,8 5-7 93,0 ± 0,4 57,8 ± 0,9 S1 94,5 ± 0,25 61,5 ± 0,8 S2 92,4 ± 0,5 56,5 ± 1,1 S3 91,0 ± 0,6 52,9 ± 1,2 S4 94,9 ± 0,4 62,4 ± 0,9 S6 91,2 ± 0,3 53,4 ± 0,7 S7 92,0 ± 0,7 55,4 ± 1,2 S9 92,5 ± 0,6 56,6 ± 1,0 S10 95,0 ± 0,5 62,7 ± 0,9
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