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transmission spatio temporelle de la grippe. etude ... - AgroParisTech

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TRANSMISSION SPATIO TEMPORELLE DE<br />

LA GRIPPE.<br />

ETUDE DE CAS LA GRIPPE PORCINE<br />

A/H1N1/09<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

1. INTRODUCTION<br />

2. MODELISATION<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Quelles sont les particu<strong>la</strong>rités du virus ?<br />

Il existe trois types <strong>de</strong> virus "influenza " :<br />

1.Le type C est non épidémique et rarement observé chez l'humain.<br />

2. Le type B est faiblement épidémique, touchant principalement les enfants.<br />

3.Le type A est le plus fréquent. C'est ce type qui est responsable <strong>de</strong>s gran<strong>de</strong>s<br />

épidémies.<br />

Le type A est présent chez l'homme et également chez d'autres espèces animales.<br />

Les oiseaux sont le réservoir naturel <strong>de</strong> ce type <strong>de</strong> virus.<br />

Ils sont d'ailleurs un réservoir naturel d'énormément <strong>de</strong> virus.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Chronologie<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(H1N1/09)<br />

Chronologie du A/H1N1/09<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Pourquoi H? pourquoi N?<br />

2 protéines, l'Hémagglutinine (H) et <strong>la</strong> Neuraminidase (N) sont à <strong>la</strong> base<br />

du typage H et N <strong>de</strong>s virus grippaux <strong>de</strong> type A .<br />

Il existe 16 configurations possibles pour l'hémagglutinine (H) et 9 pour <strong>la</strong><br />

neuraminidase (N) Donnant ainsi 144 combinaisons possibles H et N.<br />

Le H5N1 responsable <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong> aviaire étant une <strong>de</strong>s combinaisons<br />

possibles.<br />

Les virus qui peuvent être ensuite transmis à l'homme correspon<strong>de</strong>nt à trois<br />

sous-types : H1N1, H2N2 et H3N2.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Pourquoi H? pourquoi N?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

Une personne venant d'une zone contaminée, non encore ma<strong>la</strong><strong>de</strong> mais étant en<br />

incubation (2 à 3 jours avec un maximum <strong>de</strong> 7 jours) a toutes les chances <strong>de</strong> passer<br />

inaperçue <strong>de</strong>s services sanitaires.<br />

Au moment où surviennent les premiers symptômes:<br />

Le sujet a rencontré, croisé, embrassé, parlé avec plusieurs personnes, qu‘il a pu contaminer…<br />

Il a touché a <strong>de</strong>s portes au séminaire , éternuer dans une boutique…<br />

il a voyagé d’une zone à une autre, d’un pays à un autre, d’un continent à un autre…<br />

Il a pris a pris l’avion, le train, le tram, le RER, le Metro…<br />

En effet, ce virus, comme tous les virus <strong>de</strong> ce type, est expulsé par l'air expiré par<br />

une personne infectée.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux<br />

11 juin<br />

2009


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation: Ce qui a été déjà fait<br />

Différentes approches<br />

Une approche déterministe : utilisation d’équations différentielles ordinaires ou aux<br />

dérivées partielles.<br />

ou stochastique (utilisation <strong>de</strong> processus <strong>de</strong> Markov, d’équations différentielles<br />

stochastiques, etc…).<br />

Un aspect important en épidémiologie est <strong>la</strong><br />

représentation:<br />

<strong>de</strong> l’histoire naturelle <strong>de</strong> <strong>la</strong> ma<strong>la</strong>die, c'est-à-dire <strong>de</strong>s différents états par lesquels les<br />

sujets peuvent passer (susceptible, infectieux, immunisé, etc.) et <strong>de</strong>s transitions entre ces<br />

états;<br />

<strong>de</strong>s mécanismes <strong>de</strong> <strong>transmission</strong> <strong>de</strong> l’infection entre individus, qui dépen<strong>de</strong>nt d’aspects<br />

socio-démographiques et biologiques.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Ce qui a été déjà fait: utilisation d’équations différentielles<br />

ordinaires ou aux dérivées partielles?<br />

Une approche déterministe : utilisation d’équations différentielles ordinaires ou<br />

aux dérivées partielles.<br />

S(t):<br />

susceptibles<br />

I(t):Infectés R(t): Guerris<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Un exemple parmi tant d’autres: utilisation d’équations différentielles<br />

stochastiques?<br />

Mo<strong>de</strong>ling the epi<strong>de</strong>mic waves of AH1N1/09 influenza around the world Gilberto<br />

González-Parra , Abraham J. Arenas b, Diego F. Aranda , Lupe Segovia (mai<br />

2011)<br />

La popu<strong>la</strong>tion N(t) est subdivisée en 4 groupes: ( S(t) susceptible, E(t) en incubation du virus,<br />

infectieux I(t) et guerris R(t).<br />

Les nouveaux nés sont susceptibles au taux<br />

Et les gens quittent le systeme quand ils meurent au taux d (taux <strong>de</strong> mort)<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation : Le mo<strong>de</strong>le Reed-Frost?<br />

La popu<strong>la</strong>tion est divisée en trois groupes : Susceptibles , Infectieux , Immunisés<br />

a<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation :Que voulons nous faire?<br />

Notre but ici est <strong>de</strong> pouvoir mettre en p<strong>la</strong>ce un modèle hiérarchique:<br />

Inclure les différentes vagues <strong>de</strong> <strong>transmission</strong> <strong>de</strong> part le mon<strong>de</strong>.<br />

Inclure les éléments spatiaux et temporels : Étant donné que chaque région a une différente vague <strong>de</strong> <strong>transmission</strong> dans le<br />

temps.<br />

De nombreuses variabilité dans <strong>la</strong> <strong>transmission</strong> : Différents modèles sont utilisés <strong>de</strong>puis <strong>la</strong> propagation du virus H1N1 <strong>de</strong><br />

<strong>la</strong> <strong>grippe</strong> dans les régions où les structures <strong>de</strong> contact différents ne sont pas les mêmes.<br />

Les personnes à risque: les enfants, les femmes enceintes, Les personnes qui ont <strong>de</strong>s troubles médicaux sous-jacents (comme<br />

le diabète et les ma<strong>la</strong>dies chroniques <strong>de</strong>s poumons et du cœur) présentent plus <strong>de</strong> risque <strong>de</strong> complications. …<br />

Aspect biologique (génétique) <strong>de</strong>s patients :tout le mon<strong>de</strong> ne réagit pas <strong>de</strong> <strong>la</strong> meme manière au virus<br />

La variation dans <strong>la</strong> <strong>transmission</strong> a long terme : Prendre en compte <strong>de</strong>s phases (pério<strong>de</strong> sco<strong>la</strong>ire, <strong>de</strong>s vacances…)..<br />

…<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(H1N1)<br />

Pour l’instant :<br />

ETAT DE L’ART<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(H1N1)<br />

DISCUSSIONS & QUESTIONS<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(H1N1/09)<br />

Back lock sli<strong>de</strong>s<br />

a<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

HxNy<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation : Le mo<strong>de</strong>le Reed-Frost?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation : Le mo<strong>de</strong>le Reed-Frost?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation : Le mo<strong>de</strong>le Reed-Frost?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

2. Mo<strong>de</strong>lisation : Le mo<strong>de</strong>le Reed-Frost?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1)<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

La <strong>transmission</strong> interhumaine, c'est-à-dire entre les personnes, est donc une <strong>de</strong>s<br />

caractéristiques <strong>de</strong> ce virus H1N1.??????<br />

L'infection semble plus contagieuse que <strong>la</strong> <strong>grippe</strong> saisonnière.<br />

Le taux d’atteinte secondaire <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong> saisonnière varie <strong>de</strong> 5 à 15%,<br />

alors que, selon les estimations actuelles, il va <strong>de</strong> 22 à 33% pour le H1N1/09. Le<br />

virus H1N1 semble donc se transmettre d'un individu à l'autre 3 à 4 fois plus que <strong>la</strong><br />

<strong>grippe</strong> saisonnière.<br />

L'apparition <strong>de</strong> foyers <strong>de</strong> contamination autonomes, c'est-à-dire chez <strong>de</strong>s gens<br />

n'ayant pas eu <strong>de</strong> contact direct avec <strong>de</strong>s gens venant <strong>de</strong> foyers infectieux connus,<br />

comme le Mexique, a mis l'OMS en état d'alerte.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N109)<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

Les minuscules particules d'eau en suspension dans l'air que l'on expire (on appelle<br />

ce<strong>la</strong> un aérosol) contiennent en effet <strong>de</strong> gran<strong>de</strong>s quantités <strong>de</strong> virus quand on est<br />

infecté.<br />

La concentration en virus est d'autant plus importante quand on tousse ou éternue.<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux


Transmission <strong>spatio</strong> <strong>temporelle</strong> <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>grippe</strong><br />

(A/H1N1/09)<br />

Comment l'épidémie progresse-t'elle ?<br />

?<br />

Maurice TEKO<br />

JJ Boreux

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