La coproculture standard - Bacterionet.org

La coproculture
Pr. Pr.
A. PHILIPPON
Faculté Facult de Médecine M decine René Ren Descartes Paris - France

Le plus souvent pour une diarrhée diarrh
- Emission de selles liquides ou molles (non moulées) moul es)
glaireuses ou hémorragiques.
h morragiques.
- Peut être tre aiguë aigu ou chronique, chronique,
fébrile brile ou non.
- Tous les épisodes pisodes diarrhéiques diarrh iques ne sont pas infectieux.
- Toutes les diarrhées diarrh es ne sont pas bactériennes
bact riennes.
- Parasites, virus et accessoirement levures y jouent un rôle r le
- Nombreuses autres causes : antibiothérapie,
antibioth rapie, régime, gime,
psychologique.......................

DIARRHEES AIGUES BACTERIENNES

Bactéries Bact ries
S. aureus
3247- 10482
B. cereus 219-701
C. perfringens
2790-8790
C. botulinum
22
L. monocytogenes 307
Estimations des infections
aigues
d’origine origine alimentaire
INVS - AFSSA
Mai 2004
Virus Parasites
Total: 58000- 91600 509500 168500
Léthalit thalité: : 201 - 690 32
73-75
Campylobacter spp. spp.
15900 - 21652
E.coli STEC
307
Salmonella non Typhi 32208 - 42304
Salmonella Typhi
67
Shigella spp. spp
1591 - 2329
Yersinia spp. spp.
728 - 2121
Vibrio spp. spp
14
Brucella spp. spp
57 - 265

Diarrhée Diarrh e aigue isolée isol Epidémie Epid mie de vomissements,
TURISTA
diarrhées, diarrh es, signes généraux......
g raux......
Diarrhée Diarrh e aigue
3 selles molles liquides/24h
< 14 j
consultation +
Réseau R seau sentinelles
Ile de France Oct. Oct.
2004

Toxi Infection Alimentaire Collective (TIAC)
• Définition finition
– survenue d’au d au moins 2 cas
– de symptomatologie (en général g ral digestive)
– dont on peut rapporter la cause à une même me origine
alimentaire
• Rôle le de l’alimentation
l alimentation
– passif: simple vecteur de l’agent l agent pathogène
pathog ne
– actif: siège si ge de la multiplication ± production de toxine
Faire une déclaration, d claration, donc investigations

Clinique
• Incubation variable selon l’agent l agent
• Clinique selon le mécanisme
m canisme
– action cyto-toxique
cyto-toxique
diarrhée diarrh e aqueuse
– action entéro ent ro-toxinog toxinogène ne syndrome cholériforme
chol riforme
– action invasive syndrome dysentérique
dysent rique
– TIAC à symptomatologie non digestive (méningite, ( ningite, septicémie
septic mie)
• Évolution volution spontanément spontan ment favorable en général g ral
– Parfois graves (typhoïde,botulisme)
(typho de,botulisme)
– Risque de déshydratation d shydratation (jeune enfant, vieillard)

1 - Contamination:
Absorption d'eau ou
aliments contaminés contamin s par
malades (homme, animal) ou
porteur sain...... sain......
Physio-pathogénie
Physio-pathog nie

- Dans l'intestin: ces bact
Physio-pathogénie
Physio-pathog nie
ces bactéries ries se fixent sur l'épith l' pithélium lium
(adhésion (adh sion aux entérocytes
ent rocytes) ) puis destin variable..............
Modèles Mod les ETEC et EPEC

Physio-pathogénie
Physio-pathog nie
Toxines shiga-like shiga like (stx stxA, stxB) stx ) +++
autre modèle mod le : EHEC
Diarrhée Diarrh e hémorragique
h morragique

Physio-pathogénie
Physio-pathog nie
Afflux leucocytaire
dysenterie bacillaire: selles afécales af cales, , glaires

Physio-pathogénie
Physio-pathog nie
diarrhée diarrh e au début d but
signes généraux g raux +++
(endotoxine)

Escherichia coli : Modèles Mod les entérovirulents
ent rovirulents
Symptomatologie Pathovar (E.coli) Facteurs de pathogénicit
pathog nicité
Diarrhée Diarrh e du voyageur entérotoxinog
ent rotoxinogène ne (ETEC) Facteurs d’adh d adhésion sion CFA, CS
Diarrhée Diarrh e infantile
entéropathog
ent ropathogène ne (EPEC)) (EPEC) ) Facteurs d’adh d adhésion sion (pEAF ( pEAF),
Entérotoxines
Ent rotoxines (LTI et LTII, STI et STII)
Attachement-effacement (eaeA ( eaeA)
Syndrome dysentérique
dysent rique entéroinvasif
ent roinvasif (EIEC) Pouvoir invasif (p INV)
Colite hémorragique
h morragique entéro ent ro-h -hémorragique morragique (EHEC) Attachement-effacement (eaeA ( eaeA)
(SHU) Toxines shiga-like shiga like
Diarrhée Diarrh e persistante entéro ent ro-agr -agrégatif gatif (EAgEC ( EAgEC) ) Facteurs d’adh d adhésion sion AAFI (aggA ( aggA, bfpA)
Entérotoxines
Ent rotoxines EAST1 (astA ( astA)
Diarrhée Diarrh e aqueuse
à adhésion adh sion diffuse (DAEC) Facteurs d’adh d adhésion sion (AIDAI,Afa (AIDAI, Afa)

1/ CLINIQUE
2/ BACTERIOLOGIQUE
- coproculture
- hémoculture
h moculture
- aliment
- Recherche de toxine
3/ SEROLOGIQUE
SA, S.aureus CB, C.botulinum
C. botulinum
DIAGNOSTICS
SA CB STM ST
+ + - +
- - + +
- - - +
+ + + +
- + - -
- - - +
STM, S. typhimurium
ST, S. typhi

DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE
Ecouvillonnage rectal
(nourrisson, petit enfant)
La coproculture standard:
Fréquence de positivité faible de l’ordre de
0,5 à 14 % si selle « pathologique »
< 1%

COMMEMORATIFS
En France, il est possible d'identifier plusieurs contextes épid pidémio mio-
cliniques.
Le biologiste doit obtenir du prescripteur, les quelques
renseignements cliniques pertinents (survenue rapide ou non) et
le minimum indispensable à la mise en oeuvre au moindre coût co
de la technique la plus appropriée. appropri
Actuellement, trop de demandes d'analyses pour diarrhées diarrh es
bactériennes bact riennes ? s'avèrent s'av rent insuffisamment documentées
document es et font de
la coproculture, le moins efficient des examens de bactériologie.
bact riologie.
La finalité finalit de la coproculture consiste à tenter d'isoler au sein d'une
flore complexe un nombre limité limit d'espèces d'esp ces réput r putées es pathogènes. pathog nes.

Identification des contextes
* Adulte ou enfant > 2 ans et contexte par défaut
la coproculture standard comprend la recherche de qq bactéries :
Salmonella, Shigella, Campylobacter, voire Yersinia enterocolitica.
* Enfant < 2 ans
la coproculture standard comprend la recherche supplémentaire de E. coli
entéropathogènes mais étiologie virale +++ (Rotavirus Adenovirus).
* Contextes épid pidémio mio-cliniques -cliniques particuliers
1. notion de voyage récent en "pays tropical"
2. malade sous traitement antibiotique
3. toxi-infection alimentaire collective (TIAC)
4. patients infectés par le VIH (SIDA notamment)
5. syndrome hémolytique et urémique (SHU)
6. intoxination alimentaire
7. syndrome cholériforme
8. détection de colonisation par des bactéries multirésistantes (BMR)
9. détection de portage chez le personnel de restauration

Donc orienter judicieusement les recherches en
fonction des renseignements suivants
- Âge ge
- Signes cliniques : fièvre, fi vre, douleurs, vomissements.....
- Origine géographique g ographique - voyage récent r cent
- Antibiothérapie
Antibioth rapie
- Cas de diarrhée diarrh e dans l'entourage.............

Examen à éliminer liminer
Examen recommandé recommand de ne pas prescrire
Examen non recommandé recommand (examen inutile)
Coproculture si :
-
-
-
COMITE DE BONNE PRESCRIPTION
selles moulées moul es
diarrhée diarrh e chronique
contrôle contr le après apr s traitement d’une d une diarrhée diarrh e bactérienne
bact rienne
ou d’une d une toxi-infection
toxi-infection
à Clostridium difficile

COMITE DE BONNE PRESCRIPTION
Examen à recommander car apporte un diagnostic pertinent
*Coproculture standard sur selles prenant la forme du récipient r cipient dans lequel elles se
trouvent
*Recherche de toxine de Clostridium difficile, difficile,
recommandée recommand e si hospitalisation > 3 jour
*Recherche de polynucléaires
polynucl aires : si suspicion de diarrhée diarrh e due à des bactéries bact ries invasives
(Shigella Shigella, , E. coli entéroh ent rohémorragique
morragique)
Remarques complémentaires
En cas d’hospitalisation d hospitalisation > 5 jours, il peut être tre pertinent dans certains services de ne pas
rechercher les bactéries bact ries classiquement responsables de diarrhée diarrh e communautaire
(Salmonella,
Salmonella, Shigella, Shigella Yersinia, Yersinia Campylobacter)
Campylobacter)
sauf épid pidémie mie de diarrhées diarrh es ou de toxi-
infection alimentaire collective (TIAC).

La coproculture standard:
* Recueil: rapide dans un récipient r cipient propre (pot ( à vis stérile)
* Ecouvillon : nourrisson, petit enfant.
* Biopsies de muqueuses rectales ou coliques (= selles)
* Quantité: Quantit 10-20 g ou écouvillon couvillon
* Transport : rapide (< 2 h)
* Conservation: une nuit à + 4° C (éviter dessication
sauf selles diarrhéiques, hémorragiques ou prescription
spécifique du service)
* Examen macroscopique : aspect pâteux, p teux, liquide, hémorra h morra-
gique.......

Examen microscopique
Etat Frais et Coloration de Gram (selles au 1/10)
- Leucocytes ++ (invasif)
- Hématies H maties
- Flore équilibr quilibrée e ou non
- Parasites
- V.cholerae
V. cholerae ++

ED: Morphologies caractéristiques
caract ristiques (Coloration Gram)
S.aureus
B.cereus B. cereus
Candida
Salmonella
E.coli
Vibrio
Campylobacter
Intérêt Int t limité limit

Coproculture standard
Recherche systématique syst matique des germes suivants milieux sélectifs: s lectifs:
S. aureus (Chapman ( Chapman =A) =A
Escherichia coli, Salmonella-Shigella
Salmonella- Shigella, Yersinia (Drigalski Drigalski, , SS =B, C) C
aérobiose robiose à 37°C 37 C - 48 h
recherche aiguille
dans une botte de foin
C

Flore digestive
10 g selles
=
3 g bactéries bact ries
FLORE DIGESTIVE
Ducluzeau et Raibaud

Coproculture standard (2)
Enrichissement: Muller-Kauffmann
Muller-Kauffmann
Résultat sultat final au moins 72 h

1er JOUR
2éme me JOUR
3éme me JOUR
colonies
STOP
ss
Chapman
S.aureus
ID
ABgramme

Deuxième Deuxi me jour
- Repérer les colonies H2S+ ou - (milieu SS) ou lactose-lactose- (milieu Drigalski).
- Ensemencer au moins 3 tubes à hémolyse par type de colonies contenant
0,2 ml de milieu urée-indole.
- Incuber 3 heures à 37°C puis examiner les tubes :
* les tubes Uréase + sur colonies H2S- sont remis à l'étuve, 18 heures
* les tubes Uréase + sur colonies H2S+ seront jetés (Proteus)
* les tubes Uréase - (Salmonella-Shigella ?) :
ensemencer une galerie API 10E et un milieu de Kliger-Hajna.

1er JOUR
2éme me JOUR
3éme me JOUR
3
Nouvelle coproculture
colonies
-
STOP
1
2
ED +

La recherche de certains germes responsables
d'infections digestives peut être tre grandement facilitée facilit
par l'ensemencement sur de milieux chromogènes
chromog nes tels
les milieux Hektoen, Hektoen,
XLD, Chromagar Salmonella,
ASAP......
Hektoen : milieu sélectif s lectif par la présence pr sence de sels
biliaires (effet compensé compens pour les Shigella Shigella par un taux
élev levé de peptone), permet l’é l’étude
tude de trois sucres
(lactose, lactose, saccharose et salicine) salicine)
et celle du H2S
(avec centre noir)

Drigalski Hektoen

XLD pour Xylose Lysine Déoxycholate
D oxycholate (XLD)
proposé par Taylor (1965) est un bon milieu sélectif, en
particulier, pour l'isolement des Shigella. Ses colonies
sont rouges comme pour les Salmonella qui, en outre,
produisent du H2S, révélé par la couleur noire au centre
de la colonie (image du milieu, E. coli à gauche).

24 h 37°C 37
Recherche par enrichissement
de Salmonella
Drigalski ASAP
Le milieu SS est déconseillé par l’Afssaps et l’OMS pour
l’isolement de Shigella.

milieu chromogène ASAP.
Chromagar Salmonella (Rambach) )(1990) ou
encore ASAP (AES Salmonella Agar Plate permet la
détection plus aisée de certaines entérobactéries
telle Salmonella (colonies rouges) rouges par rapport à
d'autres coliformes (colonies bleues).