UNIVERSITÉ PIERRE ET MARIE CURIE - CMGE - UPMC
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<strong>UNIVERSITÉ</strong> <strong>PIERRE</strong> <strong>ET</strong> <strong>MARIE</strong> <strong>CURIE</strong><br />
(PARIS VI)<br />
FACULTÉ DE MÉDECINE <strong>PIERRE</strong> <strong>ET</strong> <strong>MARIE</strong> <strong>CURIE</strong><br />
ANNÉE 2011 THÈSE N° 2011PA06G065<br />
THÈSE<br />
POUR LE DIPLÔME D’ÉTAT<br />
DE<br />
DOCTEUR EN MÉDECINE<br />
Discipline : médecine générale<br />
Présentée et soutenue publiquement le 2 Décembre 2011<br />
À Bobigny<br />
Par Maud Quéau<br />
Née le 7 avril 1982 à Paris 13 ème<br />
La diarrhée à Campylobacter spp. : quelles pratiques à modifier pour<br />
améliorer son diagnostic et sa prise en charge ?<br />
Enquête auprès de médecins généralistes et laboratoires de biologie<br />
parisiens.<br />
DIRECTEUR DE THÈSE :<br />
Madame le Docteur Véronique MANCERON<br />
JURY :<br />
Monsieur le Professeur Olivier BOUCHAUD, Président<br />
Madame le Professeur Agnès LEFORT<br />
Madame le Professeur Isabelle MAHÉ<br />
Madame le Docteur Guilène BARNAUD<br />
Monsieur le Professeur Jean LAFORTUNE<br />
1
REMERCIEMENTS<br />
À Monsieur le Professeur Olivier Bouchaud, pour l’honneur que vous me faites en acceptant<br />
de présider la soutenance de cette thèse. Veuillez trouver dans ce travail l’expression de<br />
mon plus profond respect.<br />
Aux Professeurs Agnès Lefort et Isabelle Mahé, au Docteur Guilène Barnaud, au Professeur<br />
Jean Lafortune, pour l’honneur que vous me faites en participant à ce jury. Veuillez trouver<br />
ici l’expression de mon plus profond respect.<br />
Au Docteur Véronique Manceron, pour avoir accepté de diriger cette thèse, pour m’avoir<br />
épaulée et guidée, pendant ce stage d’internat à Louis Mourier comme pendant ce travail :<br />
merci infiniment.<br />
Au Docteur Radenne, pour son soutien et ses judicieux conseils toutes ces années.<br />
Au Docteur vétérinaire Julien Santolini, sans qui cette thèse n’existerait pas.<br />
Au Professeur Mégraud, responsable du Centre national de référence des Campylobacter et<br />
Helicobacter de Bordeaux, et au Docteur Lisa King, du département des maladies<br />
infectieuses de l’Institut de veille sanitaire, pour votre aide et commentaires précieux.<br />
À mes parents et à mon frère, merci pour votre amour et votre soutien éternels.<br />
À Victor, mon évidence.<br />
À ma famille, proches et amis, merci pour tout.<br />
3
SERMENT D’HIPPOCRATE<br />
En présence des Maîtres de cette École, de mes<br />
chers condisciples et devant l’effigie<br />
d’Hippocrate, je promets et je jure d’être fidèle<br />
aux lois de l’honneur et de la probité dans<br />
l’Exercice de la Médecine. Je donnerai mes<br />
soins gratuits à l’indigent et n’exigerai jamais<br />
un salaire au-dessus de mon travail.<br />
Admis dans l’intérieur des maisons, mes yeux<br />
ne verront pas ce qui s’y passe, ma langue taira<br />
les secrets qui me seront confiés, et mon état ne<br />
servira pas à corrompre les mœurs ni à favoriser<br />
le crime. Respectueux et reconnaissant envers<br />
mes Maîtres, je rendrai à leurs enfants<br />
l’instruction que j’ai reçue de leurs pères.<br />
Que les hommes m’accordent leur estime si je<br />
suis fidèle à mes promesses ! Que je sois couvert<br />
d’opprobre et méprisé de mes confrères si j’y<br />
manque.<br />
4
PROFESSEURS DES <strong>UNIVERSITÉ</strong>S-PRATICIENS HOSPITALIERS, <strong>ET</strong> MAÎTRES DE CONFÉRENCES<br />
UNIVERSITAIRES DE LA FACULTE DE MÉDECINE PARIS VI<br />
UFR Médicale Pierre et Marie <strong>CURIE</strong> ‐ Site PITIÉ<br />
LISTE DES MCU-PH :<br />
ANKRI Annick HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE<br />
AUBRY Alexandra BACTÉRIOLOGIE<br />
AXELRAD Herbert PHYSIOLOGIE<br />
BACHELOT Anne ENDOCRINOLOGIE (Stagiaire)<br />
BELLANNE-CHANTELOT Christine GÉNÉTIQUE<br />
BENOLIEL Jean-Jacques BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
BENSIMON Gilbert PHARMACOLOGIE<br />
BORSOS Anne-Marie BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
BOUTOLLEAU David VIROLOGIE<br />
BROUSSE Geneviève PARASITOLOGIE<br />
BUFF<strong>ET</strong> Pierre PARASITOLOGIE<br />
CARCELAIN-BEBIN Guislaine IMMUNOLOGIE<br />
CARRIE Alain BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
CHARLOTTE Frédéric ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES<br />
CHARRON Philippe GÉNÉTIQUE/CARDIOLOGIE<br />
COLL<strong>ET</strong> Jean-Philippe DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE<br />
COMPERAT Eva ANATOMIE PATHOLOGIQUE<br />
CORVOL Jean-Christophe PHARMACOLOGIE<br />
COUL<strong>ET</strong> Florence GÉNÉTIQUE<br />
COUSSIEU Christiane BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
DALOZ Madeleine ANESTHÉSIOLOGIE <strong>ET</strong> RÉANIMATION<br />
DANZIGER Nicolas PHYSIOLOGIE<br />
DATRY Annick PARASITOLOGIE<br />
DELERS Francisco BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
DEPIENNE Christel GÉNÉTIQUE (Stagiaire)<br />
DUPONT-DUFRESNE Sophie ANATOMIE/NEUROLOGIE<br />
FOLLEZOU Jean-Yves RADIOTHÉRAPIE<br />
FOURNIER Emmanuel PHYSIOLOGIE<br />
FRIJA Elisabeth PHYSIOLOGIE<br />
GALANAUD Damien RADIOLOGIE<br />
GAYMARD Bertrand PHYSIOLOGIE<br />
GIRAL Philippe NUTRITION/ENDOCRINOLOGIE<br />
GOLMARD Jean-Louis BIOSTATISTIQUES <strong>ET</strong> INFORMATIQUE MÉDICALE<br />
HABERT Marie-Odile BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
HALLEY DES FONTAINES Virginie ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE<br />
HOANG VAN Catherine ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES<br />
KAHN Jean-François PHYSIOLOGIE<br />
LACOMBE Catherine BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
LACOMBLEZ Lucette PHARMACOLOGIE<br />
LACORTE Jean-Marc BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
LAURENT Claudine PÉDO-PSYCHIATRIE (Stagiaire)<br />
5
LE BIHAN Johanne BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
LE GUERN Eric GÉNÉTIQUE<br />
LESOURD Sylvie GÉNÉTIQUE<br />
MAKSUD Philippe BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
MARCELIN-HELIOT Anne Geneviève VIROLOGIE<br />
MAZIERES Léonore PHYSIOLOGIE<br />
MORICE Vincent BIOSTATISTIQUES <strong>ET</strong> INFORMATIQUE MÉDICALE<br />
NACCACHE Lionel PHYSIOLOGIE<br />
N’GUYEN-KHAC Florence HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE<br />
PERNES Jean-François BIOPHYSIQUE/MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
PIDOUX Bernard PHYSIOLOGIE<br />
ROBERT Jérôme BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE<br />
ROSENHEIM Michel ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE<br />
ROSENZWAJG Michelle IMMUNOLOGIE<br />
ROUSSEAU Géraldine CHIRURGIE GÉNÉRALE<br />
SANSON Marc ANATOMIE/NEUROLOGIE<br />
SEBBAN Claude MÉDECINE INTERNE GÉRIATRIE<br />
SEILHEAN Danielle NEURO-ANATOMIE PATHOLOGIQUE<br />
SIMON Dominique SANTÉ PUBLIQUE/ÉPIDÉMIOLOGIE<br />
SOUGAKOFF Wladimir BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE<br />
STRAUS Christian PHYSIOLOGIE/EXPLORATION FONCTIONNELLE<br />
TANKERE Frederic O.R.L.<br />
TEZENAS DU MONTCEL Sophie BIOSTATISTIQUES et INFORMATIQUE MÉDICALE<br />
THELLIER Marc PARASITOLOGIE<br />
TRESCA Jean-Pierre BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
URIOS Paul BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
VEZIRIS Nicolas BACTÉRIOLOGIE-HYGIÈNE (stagiaire)<br />
VITTE Elisabeth ANATOMIE/O.R.L.<br />
WAROT Dominique PHARMACOLOGIE<br />
LISTE DES PU-PH :<br />
ACAR Christophe CHIRURGIE THORACIQUE <strong>ET</strong> CARDIO-VASCULAIRE<br />
AGID Yves FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE (surnombre)<br />
AGUT Henri BACTÉRIOLOGIE-VIROLOGIE-HYGIÈNE<br />
ALLILAIRE Jean-François PSYCHIATRIE D’ADULTES<br />
AMOURA Zahir MÉDECINE INTERNE<br />
ASTAGNEAU Pascal ÉPIDÉMIOLOGIE/SANTÉ PUBLIQUE<br />
AURENGO André BIOPHYSIQUE et MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
AUTRAN Brigitte IMMUNOLOGIE<br />
BARROU Benoît UROLOGIE<br />
BASDEVANT Arnaud NUTRITION<br />
BAULAC Michel ANATOMIE/NEUROLOGIE<br />
BAUMELOU Alain NEPHROLOGIE<br />
BELMIN Joël MÉDECINE INTERNE Ivry<br />
BENHAMOU Albert CHIRURGIE VASCULAIRE<br />
BENVENISTE Olivier MÉDECINE INTERNE<br />
BERTRAND Jacques-Charles STOMATOLOGIE <strong>ET</strong> CHIRURGIE MAXILLO-FACIALE<br />
6
BITKER Marc Olivier UROLOGIE<br />
BODAGHI Bahram OPHTALMOLOGIE<br />
BOISVIEUX Jean-François BIOSTATISTIQUES et INFORMATIQUE MÉDICALE (surnombre)<br />
BOURGEOIS Pierre RHUMATOLOGIE<br />
BRICAIRE François MALADIES INFECTIEUSES - MALADIES TROPICALES<br />
BRICE Alexis GÉNÉTIQUE<br />
BRUCKERT Eric ENDOCRINOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES MÉTABOLIQUES<br />
CABANIS Emmanuel RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE - (surnombre)<br />
CACOUB Patrice MÉDECINE INTERNE (Chef de service par intérim)<br />
CALVEZ Vincent VIROLOGIE <strong>ET</strong> BACTÉRIOLOGIE<br />
CAPRON Frédérique ANATOMIE <strong>ET</strong> CYTOLOGIE PATHOLOGIQUE<br />
CARPENTIER Alexandre NEUROCHIRURGIE<br />
CATALA Martin CYTOLOGIE <strong>ET</strong> HISTOLOGIE (département de génétique)<br />
CATONNE Yves CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE <strong>ET</strong> TRAUMATOLOGIQUE<br />
CAUMES Eric MALADIES INFECTIEUSES - MALADIES TROPICALES<br />
CESSELIN François BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
CHAMBAZ Jean BIOLOGIE CELLULAIRE<br />
CHARTIER-KASTLER Emmanuel UROLOGIE<br />
CHASTRE Jean RÉANIMATION MÉDICALE<br />
CHERIN Patrick MÉDECINE INTERNE<br />
CHIGOT Jean-Paul CHIRURGIE GÉNÉRALE (surnombre)<br />
CHIRAS Jacques RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE III<br />
CLEMENT-LAUSCH Karine NUTRITION<br />
CLUZEL Philippe RADIOLOGIE <strong>ET</strong> IMAGERIE MÉDICALE II<br />
COHEN David PÉDO-PSYCHIATRIE<br />
COHEN Laurent NEUROLOGIE<br />
COMBES Alain RÉANIMATION MÉDICALE<br />
CORIAT Pierre ANESTHÉSIOLOGIE et RÉANIMATION CHIRURGICALE<br />
CORNU Philippe NEURO-CHIRURGIE<br />
COURAUD François BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
DANIS Martin PARASITOLOGIE (surnombre)<br />
DAUTZENBERG Bertrand PNEUMOLOGIE<br />
DAVI Frédéric HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE<br />
DEBRE Patrice IMMUNOLOGIE<br />
DELATTRE Jean-Yves NEUROLOGIE (Fédération Mazarin)<br />
DERAY Gilbert NEPHROLOGIE<br />
DERENNE Jean-Philippe PNEUMOLOGIE (surnombre)<br />
DOMMERGUES Marc GYNECOLOGIE - OBST<strong>ET</strong>RIQUE<br />
DORMONT Didier RADIOLOGIE <strong>ET</strong> IMAGERIE MÉDICALE<br />
DUBOIS Bruno NEUROLOGIE<br />
DURON Jean-Jacques CHIRURGIE DIGESTIVE (surnombre)<br />
DUGU<strong>ET</strong> Alexandre PNEUMOLOGIE<br />
DUYCKAERTS Charles ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES<br />
EYMARD Bruno NEUROLOGIE<br />
FAUTREL Bruno RHUMATOLOGIE<br />
FERRE Pascal BIOCHIMIE et BIOLOGIE MOLÉCULAIRE<br />
FONTAINE Bertrand FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE<br />
7
FOSSATI Philippe PSYCHIATRIE D’ADULTES<br />
FOUR<strong>ET</strong> Pierre ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES<br />
GANDJBAKHCH Iradj CHIRURGIE THORACIQUE et CARDIO-VASCULAIRE (surnombre)<br />
GIRERD Xavier THÉRAPEUTIQUE/ENDOCRINOLOGIE<br />
GOROCHOV Guy IMMUNOLOGIE<br />
GRENIER Philippe RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE II<br />
GRIMALDI André ENDOCRINOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES MÉTABOLIQUES<br />
HAERTIG Alain MÉDECINE LEGALE/UROLOGIE<br />
HANNOUN Laurent CHIRURGIE GÉNÉRALE<br />
HAUW Jean-Jacques ANATOMIE et CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES (surnombre)<br />
HELFT Gérard DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE<br />
HERSON Serge THÉRAPEUTIQUE/MÉDECINE INTERNE<br />
HEURTIER Agnès ENDOCRINOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES MÉTABOLIQUES<br />
HOANG XUAN Khê NEUROLOGIE<br />
ISNARD Richard CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES<br />
ISNARD-BAGNIS Corinne NEPHROLOGIE<br />
JARLIER Vincent BACTÉRIOLOGIE-HYGIÈNE<br />
JOUVENT Roland PSYCHIATRIE D'ADULTES<br />
KATLAMA née WATY Christine MALADIES INFECTIEUSES <strong>ET</strong> TROPICALES<br />
KHAYAT David ONCOLOGIE MÉDICALE<br />
KIEFFER Edouard CHIRURGIE VASCULAIRE<br />
KLATZMANN David IMMUNOLOGIE<br />
KOMAJDA Michel CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES<br />
KOSKAS Fabien CHIRURGIE VASCULAIRE<br />
LAMAS Georges OTO-RHINO-LARYNGOLOGIE<br />
LANGERON Olivier ANESTHÉSIOLOGIE<br />
LAZENNEC Jean-Yves ANATOMIE/CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE<br />
LE FEUVRE Claude DÉPARTEMENT DE CARDIOLOGIE<br />
LEBLOND née MISSENARD Véronique HÉMATOLOGIE CLINIQUE<br />
LEENHARDT Laurence ENDOCRINOLOGIE/MÉDECINE NUCLÉAIRE<br />
LEFRANC Jean-Pierre CHIRURGIE GÉNÉRALE<br />
LEHERICY Stéphane RADIOLOGIE et IMAGERIE MÉDICALE III<br />
LEHOANG Phuc OPHTALMOLOGIE<br />
LEMOINE François IMMUNOLOGIE<br />
LEPRINCE Pascal CHIRURGIE THORACIQUE<br />
LUB<strong>ET</strong>ZKI ép. ZALC Catherine FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE<br />
LYON-CAEN Olivier FÉDÉRATION DE NEUROLOGIE<br />
MALL<strong>ET</strong> Alain BIOSTATISTIQUES <strong>ET</strong> INFORMATIQUE MÉDICALE<br />
MARIANI Jean BIOLOGIE CELLULAIRE/MÉDECINE INTERNE<br />
MAZERON Jean-Jacques RADIOTHÉRAPIE<br />
MAZIER Dominique PARASITOLOGIE<br />
MEININGER Vincent NEUROLOGIE (Fédération Mazarin)<br />
MENEGAUX Fabrice CHIRURGIE GÉNÉRALE<br />
MERLE-BERAL Hélène HÉMATOLOGIE BIOLOGIQUE<br />
M<strong>ET</strong>ZGER Jean-Philippe CARDIOLOGIE et MALADIES VASCULAIRES<br />
MONTALESCOT Gilles CARDIOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES VASCULAIRES<br />
OPPERT Jean-Michel NUTRITION<br />
8
PASCAL-MOUSSELLARD Hugues CHIRURGIE ORTHOPÉDIQUE <strong>ET</strong> TRAUMATOLOGIQUE<br />
PAVIE Alain CHIR. THORACIQUE et CARDIO-VASCULAIRE.<br />
PERRIGOT Michel RÉÉDUCATION FONCTIONNELLE<br />
P<strong>ET</strong>ITCLERC Thierry BIOPHYSIQUE/NÉPHROLOGIE<br />
PIERROT-DESEILLIGNY Charles NEUROLOGIE<br />
PI<strong>ET</strong>TE François MÉDECINE INTERNE - Ivry<br />
PI<strong>ET</strong>TE Jean-Charles MÉDECINE INTERNE<br />
POIROT Catherine CYTOLOGIE <strong>ET</strong> HISTOLOGIE<br />
POYNARD Thierry HÉPATO-GASTRO-ENTÉROLOGIE<br />
PUYBASS<strong>ET</strong> Louis ANESTHÉSIOLOGIE RÉANIMATION CHIRURGICALE<br />
RATIU Vlad HÉPATO - GASTRO-ENTÉROLOGIE<br />
RICHARD François UROLOGIE<br />
RIOU Bruno ANESTHÉSIOLOGIE/URGENCES MÉDICO-CHIRURGICALE<br />
ROBAIN Gilberte RÉÉDUCATION FONCTIONNELLE - Ivry<br />
ROUBY Jean-Jacques ANESTHÉSIOLOGIE <strong>ET</strong> RÉANIMATION CHIRURGICALE<br />
SAMSON Yves NEUROLOGIE/URGENCES CÉRÉBRO-VASCULAIRES<br />
SIMILOWSKI Thomas PNEUMOLOGIE<br />
SPANO Jean-Philippe ONCOLOGIE MÉDICALE<br />
THOMAS Daniel CARDIOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES VASCULAIRES<br />
TOUITOU Yvan NUTRITION/BIOCHIMIE (surnombre)<br />
TOURAINE Philippe ENDOCRINOLOGIE <strong>ET</strong> MALADIES MÉTABOLIQUES<br />
VAILLANT Jean-Christophe CHIRURGIE GÉNÉRALE<br />
VAN EFFENTERRE Rémy NEURO-CHIRURGIE<br />
VERNANT Jean-Paul HÉMATOLOGIE CLINIQUE<br />
VERNY Marc MÉDECINE INTERNE (Marguerite BOTTARD)<br />
VIDAILH<strong>ET</strong> Marie-José NEUROLOGIE<br />
VOIT Thomas PÉDIATRIE NEUROLOGIQUE 7<br />
WILLER Jean-Vincent PHYSIOLOGIE<br />
ZELTER Marc PHYSIOLOGIE/EXPLORATIONS FONCTIONNELLES<br />
UFR Médicale Pierre et Marie <strong>CURIE</strong> ‐ Site SAINT ANTOINE<br />
LISTE DES MCU-PH :<br />
ABUAF Nisen Hématologie Hôpital TENON<br />
AMIEL Corinne Virologie Hôpital TENON<br />
ANCEL Pierre Yves Département de Santé Publique Hôpital TENON<br />
APARTIS Emmanuelle Physiologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
BARBU Véronique Biologie cellulaire Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
BELLOCQ Agnès Explorations fonctionnelles Hôpital TENON<br />
BENLIAN Pascale Biochimie B Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
BERTHOLON Jean François E.F. respiratoires Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
BIOUR Michel Pharmacologie Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
BOELLE Pierre Yves Inserm U707 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
BOFFA Jean Jacques Néphrologie et dialyses Hôpital TENON<br />
BOULE Michèle Physiologie Hôpital TROUSSEAU<br />
CARRAT Fabrice Inserm U707 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
9
CERVERA Pascale Anatomie pathologique Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
CHABBERT BUFF<strong>ET</strong> Nathalie Gynécologie Obstétrique Hôpital TENON<br />
COLOMBAT Magali Anatomo-pathologie Hôpital TENON<br />
DECRE Dominique Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
DELHOMMEAU François Hématologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
DELISLE Françoise Bactériologie virologie Hôpital TENON<br />
DEVAUX Aviva Biologie de la Reproduction GH PITIÉ-SALPÉTRIÈRE<br />
DEVELOUX Michel Parasitologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
EL ALAMY Ismaïl Hématologie biologique Hôpital TENON<br />
ESCUDIER Estelle Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU<br />
FAJAC-CALV<strong>ET</strong> Anne Histologie embryologie Hôpital TENON<br />
FERRERI Florian Psychiatrie d'Adultes Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
FLEURY Jocelyne Histologie embryologie Hôpital TENON<br />
FRANCOIS Thierry Pneumologie et réanimation Hôpital TENON<br />
GARÇON Loïc Hématologie biologique Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
GARDER<strong>ET</strong> Laurent Hématologie clinique Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
GEROTZIAFAS Grigoris Hématologie Hôpital TENON<br />
GONZALES Marie Génétique et embryologie médicales Hôpital TROUSSEAU<br />
GOZLAN Joël Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
HAYMANN Jean Philippe Explorations fonctionnelles Hôpital TENON<br />
HENNEQUIN Christophe Parasitologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
JOHAN<strong>ET</strong> Catherine Immunologie et hématologie biologiques Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
JOSS<strong>ET</strong> Patrice Anatomie pathologique Hôpital TROUSSEAU<br />
JOYE Nicole Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU<br />
KIFFEL Thierry Biophysique et médecine nucléaire Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
LACOMBE Karine Maladies infectieuses Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
LAGRANGE Monique Immunologie et hématologie biologiques Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
LAPILLONNE Hélène Hématologie biologique Hôpital TROUSSEAU<br />
LASCOLS Olivier Inserm U.680 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
LEWIN ZEITOUN Maïté Radiologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
MANDELBAUM Jacqueline Histologie embryologie cytogénétique orientation biologie de la<br />
reproduction Hôpital TENON<br />
MAUREL Gérard Biophysique et médecine nucléaire Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
MAURIN Nicole Histologie Hôpital TENON<br />
MOHAND-SAID Saddek Ophtalmologie CHNO des Quinze-Vingts<br />
MORAND Laurence Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
N<strong>ET</strong>CHINE Irène Explorations fonctionnelles Hôpital TROUSSEAU<br />
PARIS<strong>ET</strong> Claude Explorations fonctionnelles et endocriniennes Hôpital TROUSSEAU<br />
PICARD Arnaud Chirurgie Maxillo-faciale Hôpital TROUSSEAU<br />
PLAISIER Emmanuel Néphrologie Hôpital TENON<br />
POIRIER Jean Marie Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
POIROT Jean Louis Parasitologie Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
PORTNOI Marie France Département de Génétique Hôpital TROUSSEAU<br />
RAINTEAU Dominique Inserm U.538 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
RAVEL DARRAGI Nadège Histologie biologie reproduction Hôpital TENON<br />
ROBERT Annie Hématologie biologique Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
ROSSIGNOL Sylvie Explorations fonctionnelles Hôpital TROUSSEAU<br />
10
ROUX Patricia Parasitologie Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
SEBE Philippe Urologie Hôpital TENON<br />
SEBILLE Alain Physiologie Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
SELLAM Jérémie Rhumatologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
SEROUSSI FREDEAU Brigitte Département de Santé Publique Hôpital TENON<br />
SIBONY Mathilde Anatomie pathologique Hôpital TENON<br />
SIMON Tabassome Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
SOUSSAN Patrick Virologie Hôpital TENON<br />
STANKOFF Bruno Neurologie Hôpital TENON<br />
SVRCEK Magali Anatomie et cytologie pathologiques Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
TANKOVIC Jacques Bactériologie virologie Hôpital SAINT-ANTOINE<br />
THOMAS Ginette Biochimie Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
VAN DEN AKKER Jacqueline Embryologie pathologique et cytogénétique Hôpital TROUSSEAU<br />
VAYL<strong>ET</strong> Claire Médecine nucléaire Hôpital TROUSSEAU<br />
VIBERT Jean François Inserm U 444 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
VIGOUROUX Corinne Inserm U680 Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
WEISSENBURGER Jacques Pharmacologie clinique Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
WOLF Claude Laboratoire de spectrométrie de masse Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
LISTE DES PU-PH :<br />
AMARENCO Gérard Rééducation fonctionnelle et neurologique - Hôpital ROTHSCHILD<br />
AMSELEM Serge Génétique - Hôpital TROUSSEAU<br />
ANDRE Thierry Cancérologie - Hôpital LA SALPÉTRIÈRE<br />
ANTOINE Jean Marie Gynécologie Obstétrique/Médecine de la Reproduction Hôpital TENON<br />
ARACTINGI Sélim Unité de Dermatologie - Hôpital TENON<br />
ARL<strong>ET</strong> Guillaume Bactériologie- Hôpital TENON<br />
ARRIVE Lionel Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
AUCOUTURIER Pierre INSERM U 712 - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
AUDRY Georges Chirurgie viscérale infantile - Hôpital TROUSSEAU<br />
BALLADUR Pierre Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BARD<strong>ET</strong> Jean (surnombre) Cardiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BAUD Laurent Explorations fonctionnelles multidisciplinaires - Hôpital TENON<br />
BAUDON Jean Jacques (surnombre) Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
BEAUGERIE Laurent Gastroentérologie et Nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BEAUSSIER Marc Anesthésie – Réanimation - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BENIFLA Jean Louis Gynécologie Obstétrique - Hôpital ROTHSCHILD<br />
BENSMAN Albert Néphrologie, Dialyses, transplantations pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
BERENBAUM Francis Rhumatologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BEREZIAT Gilbert (surnombre) UMR 7079 Physiologie et physiopathologie - Campus Jussieu<br />
BERNAUDIN Jean François Histologie biologie tumorale - Hôpital TENON<br />
BILL<strong>ET</strong>TE DE VILLEMEUR Thierry Neuro-pédiatrie - Hôpital TROUSSEAU<br />
BOCCON GIBOD Liliane (surnombre) Anatomie pathologique - Hôpital TROUSSEAU<br />
BONN<strong>ET</strong> Francis Anesthésie réanimation - Hôpital TENON<br />
BORDERIE Vincent Ophtalmologie - CNHO des Quinze-Vingts<br />
BOUCHARD Philippe Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
BOUDGHENE STAMBOULI Franck Radiologie - Hôpital TENON<br />
BREART Gérard Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON<br />
11
CABANE Jean Médecine interne - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CADRANEL Jacques Pneumologie - Hôpital TENON<br />
CALLARD Patrice Anatomie pathologique - Hôpital TENON<br />
CAPEAU Jacqueline Inserm U.680 - Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
CARBAJAL SANCHEZ Ricardo Urgences pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
CARBONNE Bruno Gynécologie obstétrique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CAR<strong>ET</strong>TE Marie France Radiologie - Hôpital TENON<br />
CASADEVALL Nicole Hématologie biologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CAYRE Yvon Hématologie immunologie - Hôpital DEBRE<br />
CHAZOUILLERES Olivier Hépatologie gastroentérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CHOSIDOW Olivier Dermatologie – Allergologie - Hôpital TENON<br />
CHOUAID Christos Pneumologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CHRISTIN‐MAITRE Sophie Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CLEMENT Annick Pneumologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
CLERGUE François Détaché au Ministère des Affaires Étrangères : Hôpital Cantonal /<br />
Anesthésiologie 24, rue Micheli‐du‐Crest Genève 14 ‐ Suisse<br />
COHEN Aron Cardiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
CONSTANT Isabelle Anesthésiologie réanimation - Hôpital TROUSSEAU<br />
COSNES Jacques Gastro‐entérologie et nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
COULOMB Aurore Anatomie et cytologie pathologiques - Hôpital TROUSSEAU<br />
DAMSIN Jean Paul Orthopédie - Hôpital TROUSSEAU<br />
DARAI Emile Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON<br />
DE GRAMONT Aimery Oncologie médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
DENOYELLE Françoise ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TROUSSEAU<br />
DEVAUX Jean Yves Biophysique et médecine nucléaire - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
DOUAY Luc Hématologie biologique - Hôpital TROUSSEAU<br />
DOURSOUNIAN Levon Chirurgie orthopédique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
DUCOU LE POINTE Hubert Radiologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
DURON Françoise Endocrinologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
DUSSAULE Jean Claude Physiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
FAUROUX Brigitte Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques Hôpital TROUSSEAU<br />
FERON Jean Marc Chirurgie orthopédique et traumatologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
FLEJOU Jean François Anatomie pathologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
FLORENT Christian Hépato gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
FRANCES Camille Dermatologie – Allergologie - Hôpital TENON<br />
FUNCK BRENTANO Christian Pharmacologie clinique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
GARABEDIAN Eréa Noël ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TROUSSEAU<br />
GARBARG CHENON Antoine Bactériologie virologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
GATTEGNO Bernard (surnombre) Urologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
GENDRE Jean Pierre (surnombre) Gastro‐entérologie et nutrition - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
GIRARD Pierre Marie Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
GIRARD<strong>ET</strong> Jean Philippe Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
GIROT Robert Hématologie biologique - Hôpital TENON<br />
GOLD Francis Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
GORIN Norbert Hématologie clinique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
GRATEAU Gilles Médecine interne - Hôpital TENON<br />
GRIMFELD Alain Pédiatrie orientation pneumologie et allergologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
12
GRIMPREL Emmanuel Pédiatrie générale - Hôpital TROUSSEAU<br />
GRUNENWALD Dominique Chirurgie thoracique - Hôpital TENON<br />
GUID<strong>ET</strong> Bertrand Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
HAAB François Urologie - Hôpital TENON<br />
HELARDOT Pierre Georges Chirurgie viscérale infantile - Hôpital TROUSSEAU<br />
HOURY Sidney Chirurgie digestive et viscérale - Hôpital TENON<br />
HOUSS<strong>ET</strong> Chantal Biologie cellulaire – Inserm U. 680 - Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
JAILLON Patrice Pharmacologie clinique - Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
JOUANNIC Jean‐Marie Gynécologie obstétrique - Hôpital TROUSSEAU<br />
JUST Jocelyne Pneumologie et allergologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
LACAINE François Chirurgie digestive et viscérale - Hôpital TENON<br />
LACAU SAINT GUILY Jean ORL - Hôpital TENON<br />
LACAVE Roger Histologie biologie tumorale - Hôpital TENON<br />
LANDMAN‐PARKER Judith Hématologie et oncologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
LAROCHE Laurent Ophtalmologie - CHNO des Quinze‐Vingts<br />
LE BOUC Yves Explorations fonctionnelles - Hôpital TROUSSEAU<br />
LEBEAU Bernard Pneumologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
LEGRAND Ollivier Hématologie oncologie médicale - Hôpital HOTEL-DIEU<br />
LEVERGER Guy Hématologie et oncologie pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
LEVY Richard Neurologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
LIENHART André Anesthésie – Réanimation - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
LOTZ Jean Pierre Cancérologie - Hôpital TENON<br />
LOUV<strong>ET</strong> Christophe Oncologie médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
<strong>MARIE</strong> Jean Pierre Hématologie - Hôpital HOTEL‐DIEU<br />
MARSAULT Claude Radiologie - Hôpital TENON<br />
MASLIAH Joëlle Inserm U.538 - Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
MAURY Eric Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
MAYAUD Marie Yves Pneumologie - Hôpital TENON<br />
MENU Yves Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
MEYER Bernard ORL et chirurgie cervico‐faciale - Hôpital TENON<br />
MEYOHAS Marie Caroline Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
MICHEL Pierre Louis Cardiologie - Hôpital TENON<br />
MILLIEZ Jacques Gynécologie obstétrique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
MIMOUN Maurice Chirurgie plastique - Hôpital ROTHSCHILD<br />
MITANCHEZ Delphine Néonatologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
MONTRAVERS Françoise Biophysique et médecine nucléaire - Hôpital TENON<br />
MURAT Isabelle Anesthésie réanimation - Hôpital TROUSSEAU<br />
NICOLAS Jean Claude Virologie - Hôpital TENON<br />
OFFENSTADT Georges Réanimation médicale - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PAQUES Michel Ophtalmologie - CHNO des Quinze-Vingts<br />
PARC Yann Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PATERON Dominique Service dʹAccueil des Urgences - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PAYE François Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PER<strong>ET</strong>TI Charles‐Siegfried Psychiatrie d’adultes - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PERIE Sophie ORL - Hôpital TENON<br />
P<strong>ET</strong>IT Jean Claude Bactériologie virologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
PIALOUX Gilles Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital TENON<br />
13
POUPON Raoul Hépatologie et gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
RENOLLEAU Sylvain Réanimation néonatale - Hôpital TROUSSEAU<br />
RODRIGUEZ Diana Neuro‐pédiatrie - Hôpital TROUSSEAU<br />
RONCO Pierre Marie Néphrologie et dialyses - Hôpital TENON<br />
RONDEAU Eric Urgences néphrologiques – Transplantation rénale - Hôpital TENON<br />
ROSMORDUC Olivier Hépato gastro‐entérologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
ROUGER Philippe I.N.T.S. - 6, rue Alexandre Cabanel 75739 Paris cedex 15<br />
ROUZIER Roman Gynécologie obstétrique - Hôpital TENON<br />
ROZENBAUM Willy Maladies infectieuses et tropicales - Hôpital SAINT‐LOUIS<br />
SAHEL José Alain Ophtalmologie - CHNO des Quinze-Vingts<br />
SAUT<strong>ET</strong> Alain Chirurgie orthopédique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
SEZEUR Alain Chirurgie générale - Hôpital des DIACONESSES<br />
SIFFROI Jean Pierre Génétique et embryologie médicales - Hôpital TROUSSEAU<br />
SOUBRIER Florent Département de génétique - Groupe Hospitalier PITIÉ-SALPÉTRIÈRE<br />
TALBOT Jean Noël Biophysique médecine nucléaire - Hôpital TENON<br />
THIBAULT Philippe (surnombre) Urologie - Hôpital TENON<br />
THOMAS Guy Psychiatrie d’adultes - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
THOUMIE Philippe Rééducation neuro‐orthopédique - Hôpital ROTHSCHILD<br />
TIR<strong>ET</strong> Emmanuel Chirurgie générale et digestive - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
TOUBOUL Emmanuel Radiothérapie - Hôpital TENON<br />
TOUNIAN Patrick Gastro‐entérologie et nutrition pédiatriques - Hôpital TROUSSEAU<br />
TRAXER Olivier Urologie - Hôpital TENON<br />
TRUGNAN Germain Inserm U538 - Faculté de Médecine P. & M. Curie<br />
TUBIANA Jean Michel (surnombre) Radiologie - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
UZAN Serge Gynécologie obstétrique et médecine de la reproduction - Hôpital TENON<br />
VALLERON Alain Jacques Unité de santé publique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
VAYSSAIRAT Michel Cardiologie - Hôpital TENON<br />
VAZQUEZ Marie Paule Chirurgie maxillo‐faciale et stomatologie - Hôpital TROUSSEAU<br />
WENDUM Dominique Anatomie pathologique - Hôpital SAINT‐ANTOINE<br />
WISLEZ Marie Pneumologie - Hôpital TENON<br />
14
TABLE DES MATIÈRES<br />
REMERCIEMENTS ..................................................................................................................... 3<br />
SERMENT D’HIPPOCRATE ........................................................................................................ 4<br />
LISTE DES PROFESSEURS DE LA FACULTÉ DE MÉDECINE PARIS VI ......................................... 5<br />
TABLE DES MATIÈRES ............................................................................................................. 15<br />
1. INTRODUCTION ................................................................................................................. 18<br />
1.1. LA CAMPYLOBACTÉRIOSE : DÉFINITIONS <strong>ET</strong> DONNÉES ÉPIDÉMIOLOGIQUES ............ 18<br />
1.1.1. Prévalence dans les pays développés .................................................................... 18<br />
1.1.1.1. En France .......................................................................................................... 18<br />
1.1.1.2. En Europe ......................................................................................................... 19<br />
1.1.1.3. En Amérique du Nord ....................................................................................... 20<br />
1.1.2. Définition et caractéristiques des infections à Campylobacter ............................ 21<br />
1.1.2.1. La nature du Campylobacter ............................................................................ 21<br />
1.1.2.2. Son caractère zoonotique : les différents réservoirs ........................................ 21<br />
1.1.2.3. La maladie humaine ......................................................................................... 22<br />
1.1.2.4. Diagnostic bactériologique .............................................................................. 24<br />
1.1.3. Données de morbi-mortalité et impact économique ............................................ 25<br />
1.1.3.1. Données de morbi-mortalité disponibles ......................................................... 25<br />
1.1.3.2. Impact économique ......................................................................................... 25<br />
1.1.4. Le problème de l’antibiorésistance ........................................................................ 26<br />
1.2. LES DISPOSITIFS ACTUELS DE MAÎTRISE DE LA CAMPYLOBACTÉRIOSE ...................... 29<br />
1.2.1. Dans la filière animale ............................................................................................ 29<br />
1.2.2. Le rôle des laboratoires .......................................................................................... 31<br />
1.2.2.1. Le Réseau de surveillance des infections à Campylobacter .............................. 31<br />
1.2.2.2. Recommandations concernant<br />
la recherche du Campylobacter dans les coprocultures .................................. 32<br />
1.2.2.3. Les modalités de surveillance des bonnes pratiques d’analyse médicale ........ 34<br />
1.2.3. Le rôle des médecins généralistes .......................................................................... 35<br />
1.2.3.1. Les recommandations pour la prescription des coprocultures ........................ 35<br />
1.2.3.2. Les recommandations de traitement des diarrhées à Campylobacter ............ 35<br />
15
1.3. LES INCONNUES ............................................................................................................ 37<br />
1.3.1. Quelle est l’incidence réelle de la campylobactériose en France ? ...................... 37<br />
1.3.2. Quelles sont les pratiques des médecins généralistes<br />
concernant la prescription des coprocultures ? .................................................... 39<br />
1.3.3. Quelle est la pratique des laboratoires<br />
concernant la réalisation des coprocultures ? ....................................................... 39<br />
1.3.4. Quelles sont les connaissances des médecins généralistes<br />
en regard de cette zoonose ? ................................................................................. 40<br />
1.4. OBJECTIFS DE L’ENQUÊTE ............................................................................................. 41<br />
2. MÉTHODOLOGIE ............................................................................................................... 43<br />
2.1. SÉLECTION DES POPULATIONS INTERROGÉES ............................................................ 43<br />
2.1.1. Les laboratoires ....................................................................................................... 43<br />
2.1.2. Les médecins généralistes ...................................................................................... 44<br />
2.2. INTERVENTION AUPRÈS DE CES POPULATIONS .......................................................... 45<br />
2.2.1. Les laboratoires ....................................................................................................... 45<br />
2.2.2. Les médecins généralistes ...................................................................................... 46<br />
2.3. ÉVALUATION ................................................................................................................. 47<br />
3. RÉSULTATS ........................................................................................................................ 48<br />
3.1. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES LABORATOIRES .................................................................... 48<br />
3.1.1. Critères de recherche du Campylobacter dans les coprocultures ........................ 48<br />
3.1.2. Justifications et motivations des pratiques ........................................................... 49<br />
3.2. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES MÉDECINS GÉNÉRALISTES ................................................... 49<br />
3.2.1. Connaissances cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose .............. 50<br />
3.2.2. Pratiques de prescription des coprocultures ......................................................... 53<br />
3.2.2.1. Indications de prescription d’une coproculture ............................................... 53<br />
3.2.2.2. Modalités de prescription d’une coproculture ................................................. 54<br />
3.2.3. Connaissances des modalités de traitement et prévention ................................. 54<br />
3.2.3.1. Antibiothérapie prescrite en première intention ............................................. 54<br />
3.2.3.2. Connaissance du profil d’antibiorésistance ..................................................... 55<br />
3.2.3.3. Messages de prévention délivrés ..................................................................... 57<br />
3.2.4. Utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles ............ 58<br />
3.2.4.1. Recommandations ANAES concernant<br />
les « indications des examens de selles chez l’adulte » ................................... 58<br />
3.2.4.2. Le site internet de l’Institut de Veille Sanitaire ................................................ 59<br />
3.2.5. Leurs éventuelles attentes sur le sujet .................................................................. 59<br />
16
4. DISCUSSION ....................................................................................................................... 61<br />
4.1. ANALYSE DES RÉSULTATS ............................................................................................. 61<br />
4.1.1. Résultats principaux et comparaisons à d’autres études ..................................... 61<br />
4.1.2. Interprétation des résultats ................................................................................... 65<br />
4.2. LIMITES DE L’ÉTUDE <strong>ET</strong> ASPECTS POSITIFS .................................................................. 67<br />
4.2.1. Limites de l’étude .................................................................................................... 67<br />
4.2.2. Aspects positifs ....................................................................................................... 67<br />
4.3. PERSPECTIVES DE CHANGEMENT ................................................................................ 68<br />
4.3.1. Évolution de l’épidémie .......................................................................................... 68<br />
4.3.2. Le rôle des laboratoires .......................................................................................... 69<br />
4.3.3. Le rôle des médecins généralistes .......................................................................... 70<br />
CONCLUSION .......................................................................................................................... 72<br />
BIBLIOGRAPHIE ...................................................................................................................... 74<br />
ANNEXES ................................................................................................................................ 79<br />
LISTE DES ABRÉVIATIONS ...................................................................................................... 85<br />
RÉSUMÉ .................................................................................................................................. 86<br />
17
1. INTRODUCTION<br />
1.1. LA CAMPYLOBACTÉRIOSE : DÉFINITIONS <strong>ET</strong> DONNÉES ÉPIDÉMIOLOGIQUES<br />
1.1.1. Prévalence dans les pays développés<br />
1.1.1.1. En France<br />
En France, la campylobactériose serait la deuxième cause de toxi-infection alimentaire<br />
derrière la salmonellose 1 : près de 4 000 cas sont recensés chaque année. En comparaison,<br />
en moyenne 7 000 cas de salmonellose sont recensés chaque année en France, ce qui<br />
correspond à un taux de notification de 9 infections pour 100 000 habitants 2 .<br />
Pour l’année 2009, 4 026 cas de campylobactériose ont été recensés 3 , ce qui correspond à<br />
un taux de notification de 5,4 infections pour 100 000 habitants. Les seules données<br />
disponibles sur les cas de campylobactériose humaine sont celles issues de l’Institut de veille<br />
sanitaire (InVS) en collaboration avec le Centre national de référence (CNR) des<br />
Campylobacters de Bordeaux, qui collecte et analyse les souches de Campylobacter spp.,<br />
issues de coprocultures (majoritairement) et d’hémocultures, isolées par des laboratoires<br />
privés et hospitaliers (respectivement 260 et 88 en 2009) volontaires, participant au Réseau<br />
de surveillance des infections à Campylobacter. Le nombre de cas déclarés en France par<br />
année correspond aux nombres de souches de Campylobacter spp. reçues par le CNR cette<br />
même année, et le taux d’isolement pour 100 000 personnes-année est calculé à partir des<br />
données de recensement de la population française. Les taux d’isolement calculés chaque<br />
année à partir des cas confirmés par les laboratoires participant à la surveillance ne reflètent<br />
donc pas l’incidence réelle des infections à Campylobacter spp. (confirmées et non<br />
confirmées) survenant en France. L’Institut de veille sanitaire avance des chiffres d’incidence<br />
quatre à cinq fois supérieurs : une étude de morbi-mortalité liée aux infections d’origine<br />
18
alimentaire en France, réalisée dans le cadre d’une collaboration avec l’Agence française de<br />
sécurité sanitaire des aliments (Afssa) en 2003 1 , estime par extrapolation après des<br />
enquêtes de prévalence des infections à Campylobacter spp. en Mayenne et en Charente-<br />
Maritime dans les années 1990, un nombre annuel moyen de cas confirmés<br />
microbiologiquement entre 15 995 et 21 652.<br />
Ces dix dernières années, le nombre de souches de Campylobacter spp. reçues au CNR a<br />
fortement augmenté (+ 83 % entre 2003 et 2009) 3 , sans que l’on puisse conclure<br />
formellement à l’augmentation seule de l’incidence de la campylobactériose : le<br />
recrutement de nouveaux laboratoires participant au Réseau de surveillance pourrait aussi<br />
constituer un facteur explicatif.<br />
Figure 1. Nombre de souches de Campylobacter reçues au CNR de Bordeaux, France, 2003-<br />
2009.<br />
4500<br />
Nombre de<br />
4000<br />
souches<br />
3500<br />
3000<br />
2500<br />
2000<br />
1500<br />
1000<br />
500<br />
0<br />
1.1.1.2. En Europe<br />
2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009<br />
En Europe, Campylobacter spp. est depuis plusieurs années le principal agent zoonotique<br />
responsable de diarrhées infectieuses : en 2008, 193 554 cas ont été déclarés, soit un taux<br />
de notification de 44,1 infections pour 100 000 habitants 2 . La République Tchèque et le<br />
19
Royaume Uni ont le plus fort taux de notification rapporté (respectivement 193 et 90,9<br />
infections pour 100 000 habitants en 2008).<br />
Depuis les dix dernières années, on observe en Europe une augmentation du nombre de cas<br />
d’infections à Campylobacter spp., ce qui impose aux autorités européennes compétentes<br />
de considérer cette zoonose émergente comme un réel enjeu de santé publique.<br />
Tableau 1. Nombre et taux de notification (en nombre de cas pour 100 000 habitants) des<br />
cas de campylobactériose dans l’Union Européenne, de 2006 à 2008.<br />
European Centre for Disease Prevention and Control. Annual Epidemiological Report on<br />
Communicable Diseases in Europe 2010. Stockholm ; ECDC, 2010.<br />
Nombre de<br />
cas confirmés<br />
Année 2006 Année 2007 Année 2008<br />
Taux pour<br />
100 000<br />
habitants<br />
Nombre de<br />
cas confirmés<br />
20<br />
Taux pour<br />
100 000<br />
habitants<br />
Nombre de<br />
cas confirmés<br />
Taux pour<br />
100 000<br />
habitants<br />
178 933 43,03 203 736 46,71 193 554 44,14<br />
1.1.1.3. En Amérique du Nord<br />
Au Canada, Campylobacter spp. est le premier agent zoonotique 4 responsable de diarrhées<br />
infectieuses, avec en 2008 une incidence de 28,4 infections confirmées microbiologiquement<br />
pour 100 000 habitants (la campylobactériose y est une maladie à déclaration obligatoire).<br />
Aux États-Unis, il est le deuxième 5 derrière Salmonella, avec en 2010 une incidence estimée<br />
de 13,6 infections confirmées microbiologiquement pour 100 000 habitants (données issues<br />
de laboratoires « sentinelles »).
1.1.2. Définition et caractéristiques des infections à Campylobacter<br />
1.1.2.1. La nature du Campylobacter<br />
Les espèces du genre Campylobacter sont des bactéries à coloration de Gram négative, de<br />
morphologie spiralée ou incurvée, voire coccoïde, avec une mobilité importante et<br />
caractéristique grâce à un ou deux flagelle(s) polaire(s). Plusieurs espèces ou sous-espèces,<br />
appartenant au genre des Campylobacter thermotolérants (C. jejuni, C. coli, C. lari), sont à<br />
l’origine de la grande majorité des cas de campylobactériose. Il existe néanmoins d’autres<br />
espèces ou sous-espèces (C. upsaliensis, C. fetus subsp. fetus et C. jejuni subsp. doylei). Leur<br />
croissance est favorisée dans une atmosphère appauvrie en oxygène (microaérophilie), et à<br />
une température optimale de 42 °C pour les espèces thermotolérantes.<br />
1.1.2.2. Son caractère zoonotique : les différents réservoirs<br />
La plupart des Campylobacter spp. sont assez peu pathogènes pour les animaux, qui les<br />
hébergent généralement de manière asymptomatique, principalement au niveau du tractus<br />
digestif. Campylobacter spp. peut être transmis à l’homme, soit par un contact direct entre<br />
l’animal infecté ou les carcasses contaminées, soit indirectement par l’ingestion d’aliments<br />
contaminés, y compris les eaux de boisson (on parle alors de « toxi-infection alimentaire »).<br />
La contamination interhumaine est rare. Du fait de la possibilité d’une transmission à<br />
l’homme à partir des réservoirs animaux, Campylobacter spp. doit être considéré comme un<br />
agent zoonotique. Les oiseaux, sauvages et domestiques, sont considérés comme les<br />
principaux réservoirs de Campylobacter jejuni (et dans une moindre mesure, de C. coli).<br />
D’autres réservoirs de Campylobacter spp. ont été décrits : les bovins, les porcins, les petits<br />
ruminants, mais aussi les animaux de compagnie (chats et chiens), et les sols et rivières<br />
contaminés par les déjections animales.<br />
21
La relation entre dose infectante et maladie humaine n’est pas très bien appréhendée mais<br />
certaines études laissent à penser qu’une faible dose suffirait à provoquer la maladie<br />
humaine 6, 7 .<br />
Les principaux facteurs de risque de développer une infection à Campylobacter spp. ont été<br />
clairement identifiés 8 comme étant la consommation de poulets ou autres viandes<br />
contaminées peu cuites, les contacts avec animaux de compagnie ou animaux de fermes<br />
contaminés, la consommation d’eau potable contaminée insuffisamment traitée, mais aussi<br />
une manipulation des produits alimentaires dans des conditions d’hygiène insuffisantes en<br />
cuisine avec un risque de contamination croisée à partir du produit incriminé (par exemple,<br />
manipulation d’une volaille contaminée, puis manuportage du germe vers des aliments<br />
destinés à être mangés crus, ou vers des ustensiles de cuisine ou la surface de travail...).<br />
La plupart des cas décrits sont sporadiques (probablement du fait de l’absence de véritables<br />
systèmes d’alerte, la campylobactériose n’étant pas une maladie à déclaration obligatoire),<br />
avec un pic saisonnier lors de la période estivale (barbecues). On recense néanmoins chaque<br />
année quelques cas de toxi-infections alimentaires collectives à Campylobacter spp., en<br />
particulier par consommation d’eau ou de lait cru contaminés 9 .<br />
1.1.2.3. La maladie humaine<br />
La maladie humaine la plus fréquemment observée est une entérite aiguë (due en France à<br />
Campylobacter jejuni et à Campylobacter coli dans respectivement près de 80 % et 15 % des<br />
cas 3 ), de durée d’incubation comprise entre un et dix jours, qui se manifeste par des<br />
diarrhées (90 % des cas), des selles plus ou moins sanguinolentes, des douleurs abdominales,<br />
de la fièvre et parfois des nausées ou vomissements, et dure en moyenne cinq jours 10 . Les<br />
nombreuses études sur le pouvoir pathogène de C. jejuni n’ont pas permis de mettre en<br />
évidence un mécanisme pathogénique spécifique, mais il est désormais admis que le type de<br />
22
diarrhée provoquée par Campylobacter spp., invasive et sécrétoire, est lié à son caractère<br />
entéroinvasif (du fait de sa grande mobilité, il peut pénétrer dans les entérocytes), et à son<br />
caractère enterotoxinogène 11 (des toxines ont étés mises en évidence dans certaines<br />
souches de Campylobacter, dont une distendant le cytosquelette des cellules infectées 12 ,<br />
mais leurs rôles restent à préciser).<br />
Les personnes infectées sont majoritairement des enfants de moins de 10 ans, des<br />
personnes âgées de plus de 65 ans 13 , mais aussi des voyageurs principalement de retour<br />
d’Afrique du Nord ou d’Asie.<br />
Dans la majorité des cas (80 %), la maladie est spontanément résolutive en une semaine,<br />
mais la bactérie persiste dans les selles pendant plusieurs semaines (les personnes<br />
concernées sont alors définies comme « porteurs sains »). À l’inverse, dans 20 % des cas, en<br />
particulier chez les personnes immunodéprimées, l’entérite peut se compliquer 14 , soit d’une<br />
bactériémie ou septicémie (dans moins de 1 % des cas) 15 , soit de localisations secondaires<br />
(exceptionnellement décrites telles qu’appendicite, péritonite, cholécystite, pseudo<br />
anévrysmes, localisations ostéo articulaires ou cardiaques), soit d’un syndrome post-<br />
infectieux 16 de type rénal (glomérulonéphrite) 17 , arthritique 18 , ou neurologique comme le<br />
syndrome de Guillain-Barré 19 . Ce dernier, très sévère, se manifeste par une paralysie<br />
temporaire du système nerveux périphérique, avec une mortalité pouvant atteindre 2 à 3 %<br />
des cas et parfois des séquelles neurologiques majeures. On estime que 20 à 30 % des cas de<br />
syndrome de Guillain-Barré les plus sévères, seraient dus à une infection par Campylobacter<br />
jejuni avec une prédominance du sérogroupe 019 20 . Il est dorénavant admis qu’un cas sur<br />
trois mille infections humaines par Campylobacter spp. provoque le syndrome de Guillain-<br />
Barré 21 .<br />
23
D’autre part, des études récentes suggèrent un lien entre infection digestive à<br />
Campylobacter spp. et maladies inflammatoires chroniques intestinales (maladie de Crohn et<br />
rectocolite hémorragique) 22, 23 , vraisemblablement par le biais d’une incitation ou d’une<br />
exacerbation d’une inflammation du tube digestif liée à la présence de la bactérie 24 .<br />
1.1.2.4. Diagnostic bactériologique<br />
La culture de Campylobacter spp. s’effectue essentiellement à partir de prélèvements de<br />
selles (coproculture), plus rarement de sang (hémoculture), puisqu’il est principalement<br />
responsable d’entérite aigue. L’examen microscopique direct, réalisé sur un prélèvement à<br />
l’état frais, permet parfois d’identifier Campylobacter spp. grâce à l’observation de sa<br />
mobilité caractéristique. La présence de leucocytes n’est pas toujours associée 25 . La culture<br />
s’effectue selon la méthode « officielle » internationale ISO 10272/1995, sur un milieu<br />
spécifique d’enrichissement (bouillon Preston, ou de Park et Sanders), puis sur deux milieux<br />
d’isolement sélectif (gélose Karmali et, au choix : milieu Butzler, Skirrow, Preston, CCDA)<br />
pendant 1 à 5 jours, en micro-aérophilie, et à 37° ou 42° selon les milieux choisis. La<br />
confirmation du genre se fait sur une colonie caractéristique par différents tests (tests<br />
d’orientation de croissance sous différentes conditions, études de morphologie, mobilité,<br />
oxydase), et la détermination de l’espèce est réalisée à l’aide de tests biochimiques simples<br />
(recherche de la catalase, hydrolyse de l’hippurate, sensibilité ou résistance à la céphalotine<br />
et à l’acide nalidixique, hydrolyse de l’acétate d’indoxyle).<br />
Actuellement, des techniques immunologiques (immunochromatographique comme<br />
Immunocard Stat!Campy®, ou immunoenzymatique comme Premier Campy® ou RidaScreen<br />
Campylobacter®), et des techniques de biologie moléculaire (PCR multiplex, PCR en temps<br />
réel…) de détection du Campylobacter spp. sont en train de se développer mais ne sont pas<br />
utilisées en routine, car encore au stade d’évaluation. La culture reste la méthode de<br />
24
éférence. Des méthodes de diagnostic sérologique (réaction de fixation du complément,<br />
ELISA) sont également disponibles mais ne présentent qu’un intérêt rétrospectif.<br />
1.1.3. Données de morbi-mortalité et impact économique<br />
1.1.3.1. Données de morbi-mortalité disponibles<br />
Peu de données sont disponibles concernant la morbi-mortalité liée aux infections à<br />
Campylobacter spp. dans le monde.<br />
Aux États-Unis, le rapport 5 publié en 2011 par le CDC (Centers for Disease Control and<br />
Prevention) confirme pour l’année 2010 une incidence estimée de cas d’infections à<br />
Campylobacter spp. confirmées microbiologiquement de 13,6 pour 100 000 habitants, avec<br />
un taux d’hospitalisation lié à l’infection de 14,6 % et un taux de décès de 0,1 %.<br />
En France, l’étude de morbi-mortalité réalisée conjointement par l’InVS et l’Afssa en 2003 1<br />
estime, avec un nombre de cas annuel d’infections à Campylobacter spp. confirmées<br />
microbiologiquement compris entre 15 995 et 21 652, le nombre de patients hospitalisés<br />
annuellement entre 3 247 et 4 395, et le nombre de décès annuels entre 16 et 22.<br />
1.1.3.2. Impact économique<br />
Le coût annuel des infections à Campylobacter spp. dans les pays développés est difficile à<br />
évaluer. Les comparaisons entre les pays sont difficiles, en raison des différences existant<br />
entre les systèmes de santé de chaque pays, et de la variabilité des paramètres économiques<br />
pris en compte dans les analyses effectuées.<br />
Aux États-Unis, le coût annuel de la campylobactériose a été évalué en 1997 à 1,2 milliard de<br />
dollars par année (en tenant compte de la variable économique « handicap et perte de<br />
productivité future en fonction de l’âge », liés en particulier aux séquelles du syndrome de<br />
Guillain-Barré), avec un coût moyen d’une infection à Campylobacter spp. évalué entre 468<br />
25
et 550 dollars us 26 . Cette étude se base sur l’analyse de données épidémiologiques<br />
recueillies en 1993 (selon lesquelles sur 2,5 millions de personnes infectées à Campylobacter<br />
spp. au cours de l’année, 12 500 ont été hospitalisées et 200 à 730 sont décédées).<br />
Les coûts engendrés par la campylobactériose pour les systèmes de santé publique et en<br />
termes de perte de productivité sont évalués à quelque 2,4 milliards d’euros chaque année<br />
pour l’ensemble de l’Union Européenne 27 .<br />
En France, aucune donnée économique n’est disponible, faute d’études.<br />
1.1.4. Le problème de l’antibiorésistance<br />
Le profil d’antibiorésistance des Campylobacter spp. ne cesse d’évoluer et de soulever des<br />
interrogations chez les partenaires travaillant sur ce sujet, tant chez l’homme que chez<br />
l’animal.<br />
Campylobacter spp. est naturellement sensible à la plupart des familles d’antibiotiques,<br />
toutefois une résistance peut être acquise vis-à-vis de certaines : macrolides, aminosides,<br />
bêta-lactamines, tétracyclines et quinolones 28,29 . La résistance aux fluoroquinolones<br />
s’acquiert rapidement : une seule mutation au niveau de la gyrase du Campylobacter spp.<br />
(Thr86-Ile ou Asp90-Asn le plus souvent) suffit à augmenter de façon importante la CMI<br />
(concentration minimale inhibitrice) d’une souche et à la rendre résistante à toute cette<br />
famille d’antibiotiques 30 . En France, en 2009, selon le rapport de l’InVS 3 (après analyse des<br />
souches recueillies chez l’homme en France par le CNR de Bordeaux dans le cadre du Réseau<br />
de surveillance des infections à Campylobacter spp.), en moyenne 48,9 % de Campylobacter<br />
spp. sont résistants à l’acide nalidixique, 45,5 % aux autres quinolones, 35,5 % à la<br />
doxycycline et 22,7 % à l’amoxicilline. La résistance à l’érythromycine, à l’amoxicilline/acide<br />
clavulanique, et à la gentamicine reste néanmoins faible (respectivement 2,3 %, 0,1 % et<br />
26
0,2 %) 3 . À noter que les taux de résistances sont tout à fait comparables pour les<br />
laboratoires hospitaliers et non hospitaliers.<br />
Tableau 2. Résistance aux antibiotiques des Campylobacters isolés chez l’homme, France,<br />
2009.<br />
Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter chez l’homme en France en 2009, InVS.<br />
Antibiotiques<br />
27<br />
Total (% de résistance)<br />
LABM LH<br />
Erythromycine 2,3 2,4<br />
Doxycycline 35,5 37,7<br />
Ampicilline 22,7 26,0<br />
Acide nalidixique 48,1 52,1<br />
Ciprofloxacine 45,7 45,1<br />
Gentamicine 0,2 0,0<br />
Amoxicilline/acide clavulanique 0,1 0,2<br />
LABM : Laboratoires d’analyses de biologie médicale ; LH : Laboratoires hospitaliers<br />
En France, la résistance aux quinolones des souches de C. jejuni et C. coli isolées chez<br />
l’homme a continué à augmenter pour atteindre le niveau de résistance le plus élevé depuis<br />
le début de la surveillance (après une stabilisation en 2003-2004). Si les premiers résultats,<br />
observés jusqu’en 2003, suggéraient un impact positif des mesures 31 limitant l’utilisation<br />
des quinolones en thérapeutique animale mises en place par l’Union européenne en 1999,<br />
les nouvelles observations depuis 2005 chez l’homme soulèvent des interrogations sur les<br />
causes de l’augmentation constatée de cette résistance. Elle ne semble pas liée à des biais<br />
de surveillance : en effet, ni les méthodes d’analyses utilisées en routine au CNR ni le<br />
recrutement des souches par les laboratoires de ville et les laboratoires hospitaliers n’ont
été modifiés. Deux hypothèses non exhaustives sont avancées : l’augmentation de<br />
prescription des fluoroquinolones en médecine humaine (notamment en médecine<br />
ambulatoire) et l’utilisation à visée thérapeutique dans les élevages d’animaux (notamment<br />
aviaires) de fluoroquinolones proches de celles utilisées chez l’homme pourraient constituer<br />
une pression antibiotique forte et expliquer une telle augmentation. Dans ce contexte, des<br />
travaux de recherche complémentaires sur le lien possible entre l’usage des antibiotiques<br />
chez l’homme et chez l’animal et l’apparition de résistance bactérienne chez l’homme sont<br />
en cours.<br />
Figure 2. Résistance à l’acide nalidixique et à la ciprofloxacine des C.jejuni et C .Coli isolés<br />
chez l’homme, France, 1986-2009 (données issues des laboratoires hospitaliers).<br />
Bilan de la surveillance des infections à Campylobacter chez l’homme en France en 2009, InVS.<br />
Dans les autres pays européens, les taux observés de résistance des Campylobacter spp. aux<br />
quinolones sont comparables à ceux observés en France, avec toutefois des disparités selon<br />
28
les pays 32 (de 6 % en Norvège, à plus de 80 % en Espagne et au Portugal 33 entre 2005 et<br />
2010). Les taux de résistance observés suivent également la même tendance évolutive à<br />
l’augmentation 34 .<br />
1.2. LES DISPOSITIFS ACTUELS DE MAÎTRISE DE LA CAMPYLOBACTÉRIOSE<br />
1.2.1. Dans la filière animale<br />
La réglementation européenne ne définit pas actuellement de dispositif de maîtrise du<br />
Campylobacter spp. ni dans les filières animales ni dans la filière volailles. On estime<br />
pourtant qu’environ 30 % des infections à Campylobacter spp. sont liées à la consommation<br />
de volailles contaminées 35,36 au sortir d’abattoir.<br />
Afin d’avoir une base de discussion commune sur les critères microbiologiques à fixer, une<br />
étude 37 communautaire de prévalence pilotée par l’EFSA (European Food Safety Authority),<br />
a été réalisée en 2008 dans les pays de l’Union Européenne. Elle a montré que près de 75 %<br />
des carcasses de poulets étaient contaminées à Campylobacter spp., avec la présence de<br />
Campylobacter spp. à des niveaux plus ou moins élevés selon les États Membres (par<br />
exemple en France, plus de 50 % des carcasses ont des niveaux de contamination supérieurs<br />
à 100 CFU/G, critère fixé par les Danois, au-delà duquel la carcasse est potentiellement à<br />
risque pour le consommateur). Suite à cette étude, qui offrait des données comparables<br />
entre États Membres, une modification de la réglementation communautaire est en cours de<br />
réflexion, guidée par la publication d’un avis scientifique 27 du groupe d’experts européens<br />
indépendants sur les risques biologiques (groupe BIOHAZ, de l’EFSA), ayant pour objet<br />
d’évaluer l’impact sur la santé publique des mesures de contrôle qui pourraient être utilisées<br />
pour réduire la présence de Campylobacter spp. chez les poulets, et d’évaluer de quelle<br />
29
manière ces objectifs de réduction pourraient entraîner une diminution du nombre de cas<br />
humains de campylobactériose associés à la consommation de cette viande.<br />
Le règlement du Journal Officiel de l’Union Européenne (CE) n° 2073/2005, modifié par le<br />
règlement (CE) n° 1141/2007, qui donne les critères microbiologiques de sécurité et<br />
d’hygiène des procédés d’abattage, n’inclut actuellement pas la recherche de Campylobacter<br />
spp. dans les carcasses de volailles. L’adoption d’un critère d’hygiène des procédés début<br />
2013 obligera les opérateurs du secteur et les États Membres à mettre en place des mesures<br />
de maîtrise du Campylobacter dans la filière volailles : ce critère prévoit une limite maximale<br />
à 10 000 UFC/g au-delà duquel le lot de carcasses n’est plus consommable en l’état<br />
(orientation vers la cuisson).<br />
Certains pays de l’Union Européenne (Allemagne, Danemark, Suède, ...) ont déjà mis en<br />
place au niveau national des mesures de maîtrise du Campylobacter spp. dans les volailles de<br />
chair destinées à la consommation. Des procédés visant à assainir des lots de carcasses<br />
contaminées sont connus et utilisés dans différents pays qui ont déjà choisi de dépister leurs<br />
carcasses pour Campylobacter spp. : la décontamination non chimique par congélation (- 18°<br />
pendant 10 jours) en Norvège ou au Danemark, la décontamination non chimique par<br />
traitement thermique flash (75° pendant 15 secondes) en Suède ; la décontamination<br />
chimique, à base de chlore ou de phosphate trisodique, réalisée aux États-Unis, est plus ou<br />
moins efficace selon les études, et strictement interdite dans l’union Européenne. Ces<br />
interventions ont permis de diminuer l’incidence des campylobactérioses humaines. Le<br />
Danemark a ainsi observé une diminution de 12 % de ses cas de campylobactérioses<br />
humaines 38 entre 2002 et 2007, suite à la mise en place d’un dispositif de maîtrise du<br />
Campylobacter spp. incluant mesures de biosécurité strictes en élevage, amélioration du<br />
30
processus d’abattage, traitement assainissant des carcasses contaminées, information des<br />
consommateurs.<br />
En dehors de toute réglementation, l’ANSES (Agence nationale de sécurité sanitaire)<br />
préconise dans un rapport publié en 2004 (« Guide des bonnes pratiques d’hygiène en<br />
cuisine ») une cuisson suffisante des viandes, et leur manipulation dans de bonnes<br />
conditions hygiéniques (y compris le nettoyage des surfaces et ustensiles de cuisine afin<br />
d’éviter les contaminations croisées).<br />
1.2.2. Le rôle des laboratoires<br />
1.2.2.1. Le Réseau de surveillance des infections à Campylobacter<br />
La directive (CE) n° 2003/99 du Journal Officiel de l’Union Européenne du 17 Novembre 2003<br />
a défini la lutte contre une zoonose comme la campylobactériose comme une « priorité de<br />
santé publique ». L’objectif de cette directive est de « garantir que les zoonoses, les agents<br />
zoonotiques et la résistance antimicrobienne associée soient adéquatement surveillés et que<br />
les foyers de toxi-infection alimentaire fassent l'objet d'une étude épidémiologique<br />
adéquate, afin que les informations nécessaires puissent être recueillies dans la<br />
Communauté en vue d'en évaluer les tendances et les sources ». Dans son avis sur les<br />
zoonoses adopté le 12 avril 2000, le comité scientifique des mesures vétérinaires en rapport<br />
avec la santé publique a considéré que les mesures destinées à combattre les infections<br />
zoonotiques d'origine alimentaire alors en vigueur étaient insuffisantes et que les données<br />
épidémiologiques recueillies alors par les États Membres n'étaient ni complètes ni<br />
pleinement comparables (les systèmes de collecte de données ne sont pas harmonisés à<br />
l’échelle européenne). En conséquence, le comité a recommandé d'améliorer les modalités<br />
31
de surveillance, en demandant notamment aux États Membres de désigner des laboratoires<br />
nationaux et communautaires de référence dédiés aux zoonoses et agents zoonotiques.<br />
En France, depuis avril 2002, un dispositif de surveillance des infections à Campylobacter spp.<br />
a été mis en place conjointement par l’InVS et le CNR des Campylobacter et Helicobacter de<br />
Bordeaux. Il repose sur l’existence d’un réseau de laboratoires d’analyses de biologie<br />
médicale et de laboratoires hospitaliers, volontaires (respectivement 260 et 88 en 2009), qui<br />
recherchent systématiquement les Campylobacter spp. dans toute coproculture et<br />
hémoculture, et envoient les souches isolées au CNR avec une fiche d’informations<br />
collectant des données épidémiologiques (département du laboratoire, date de naissance du<br />
patient, sexe, voyage à l’étranger dans les quinze jours précédant les symptômes, cas<br />
groupés) et biologiques (nature de l’échantillon, date d’isolement, site de prélèvement). Le<br />
CNR réalise alors une caractérisation de l’espèce, teste sa sensibilité aux antibiotiques, et<br />
signale, s’il y en a, les cas groupés à l’InVS pour investigations supplémentaires.<br />
1.2.2.2. Recommandations concernant la recherche du Campylobacter dans les<br />
coprocultures<br />
Concernant les laboratoires d’analyses de biologie médicale qui ne font pas partie du réseau,<br />
les coprocultures sont réalisées selon les recommandations du Journal Officiel du 12 août<br />
1997 relatif à la nomenclature des actes de biologie médicale. Celui-ci prévoit une cotation<br />
forfaitaire (B180) pour l’analyse bactériologique des matières fécales ou des prélèvements<br />
rectaux : la coproculture standard comprend « un examen microscopique direct et<br />
l’identification de différentes espèces bactériennes après culture sur milieux sélectifs :<br />
Salmonelles, Shigelles et, le cas échéant, Campylobacter et Yersinia », et un antibiogramme<br />
pour toute espèce susceptible d’engendrer un processus infectieux (Annexe n° 1).<br />
32
Il existe également d’autres recommandations concernant la réalisation des coprocultures :<br />
- les recommandations ANAES 39 (Agence Nationale d’Accréditation et d’Évaluation en Santé,<br />
devenue HAS, Haute Autorité de Santé) datant de 2003 (Annexe n° 2) précisent que<br />
Campylobacter spp. devrait être systématiquement recherché, sans aucune majoration de la<br />
cotation forfaitaire, étant donné son implication fréquente dans les diarrhées aiguës<br />
survenant dans les pays développés ;<br />
- les laboratoires de biologie médicale utilisent aussi pour leur exercice quotidien le REMIC,<br />
Référentiel en Microbiologie Médicale (document consensuel rédigé par des biologistes de la<br />
Société Française de Microbiologie, qui expose l'état des connaissances actuelles nécessaires<br />
pour prescrire, prélever, réaliser et interpréter les examens de microbiologie médicales,<br />
mais qui ne sont pas nécessairement en adéquation avec celles de la Nomenclature des<br />
Actes de Biologie Médicale). Concernant la réalisation des coprocultures, le REMIC 2010<br />
recommande pour les adultes ou enfants, lorsque le contexte n’est pas renseigné, de<br />
rechercher Salmonella spp., Shigella spp. et Campylobacter spp. (voire Yersinia enterolitica si<br />
la selle est diarrhéique).<br />
Le CA-SFM (Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie) édite pour<br />
sa part chaque année des recommandations de réalisation et lecture des antibiogrammes<br />
spécifiques de chaque agent bactérien pathogène.<br />
Pour autant, il existe comme nous l’avons décrit précédemment différentes méthodes de<br />
détection du Campylobacter spp. : les techniques immuno-enzymatiques et de biologie<br />
moléculaire (par PCR) 40 actuellement en cours d’évaluation, et la culture (méthode de<br />
référence), qui nécessite l’utilisation de différents milieux d’enrichissement ou sélectifs,<br />
entraîne un surcoût difficile à évaluer, et est plus contraignante à réaliser que les cultures<br />
sur milieux usuels. Une étude réalisée en 2000 auprès des laboratoires de microbiologie 41 a<br />
33
d’ailleurs révélé que 45 % des laboratoires de ville conservaient les milieux de culture du<br />
Campylobacter spp. au-delà de la limite des dates de péremption indiquées sur les boîtes<br />
(> 8 jours et jusqu’à 72 jours), or « leur qualité décroît avec le temps, et l’utilisation de<br />
milieux qui ne sont pas à l’optimum de leur efficacité peut contribuer à l’absence<br />
d’isolement de ces bactéries ».<br />
1.2.2.3. Les modalités de surveillance des bonnes pratiques d’analyse médicale<br />
Il est important de souligner que les pratiques des laboratoires d’analyses de biologie<br />
médicale seront bientôt contrôlées par les Agences Régionales de Santé (ARS) de deux<br />
manières distinctes :<br />
- l’article R. 6211-13 du code de la santé publique indique que les règles auxquelles se<br />
conforment les laboratoires autorisés sont énoncées dans le Guide de Bonne Exécution des<br />
Analyses (GBEA, arrêté du 26 novembre 1999 modifié par l’arrêté du 26 avril 2002) ;<br />
- l’ordonnance récente n° 2010-49 du 13 janvier 2010 relative à la biologie médicale (article<br />
L 6221-1 du Code de la Santé Publique) rend bientôt obligatoire l'accréditation de l’ensemble<br />
des laboratoires de biologie médicale publics et privés en France. Au 1 er novembre 2013,<br />
ceux-ci devront être entrés dans une démarche d'accréditation conforme aux règles<br />
internationales, et évalués par le Cofrac (Comité Français d’Accréditation), organisme<br />
indépendant reconnu par l’État.<br />
Dans les années à venir, les laboratoires auront donc une obligation d’améliorer la qualité et<br />
la traçabilité des résultats rendus, de leur matériel, des conditions de réalisation, transports<br />
et conservation des prélèvements, de l’exécution des analyses selon des normes<br />
internationales connues.<br />
34
1.2.3. Le rôle des médecins généralistes<br />
1.2.3.1. Les recommandations pour la prescription des coprocultures<br />
Les médecins sont eux aussi un chaînon essentiel dans la maîtrise de la campylobactériose<br />
humaine, en tant qu’acteurs du diagnostic, prescripteurs d’examens complémentaires et de<br />
traitements adaptés ; ils sont également tenus de signaler à la Direction Départementale des<br />
Affaires Sanitaires et Sociales tous cas de toxi-infections alimentaires collectives.<br />
En France, c’est effectivement le médecin généraliste qui est le premier consulté en cas de<br />
diarrhée : environ trois millions de patients consultent chaque année un médecin généraliste<br />
en cas de diarrhée aiguë 42 .<br />
Concernant les indications et modalités de prescription des coprocultures, des<br />
recommandations ANAES ont été élaborées en 2003 39 , principalement destinées aux<br />
médecins généralistes : « une coproculture standard en spécifiant sur la demande « avec<br />
recherche de Campylobacter » et éventuellement de Yersinia doit être prescrite en cas de<br />
diarrhée aiguë dans les situations suivantes (grade C) : diarrhée hémorragique ou syndrome<br />
dysentérique, signes cliniques de gravité, terrain fragile (grand âge, insuffisance rénale, valve<br />
cardiaque, immunodépression), diarrhée aiguë persistant plus de trois jours, forte<br />
probabilité d’avoir une diarrhée aiguë d’origine bactérienne, toxi-infection alimentaire<br />
collective. Il n’y a pas lieu de prescrire une coproculture en cas de diarrhée chronique, sauf<br />
chez les malades immunodéprimés (grade C). En cas de diarrhée aiguë, la prescription d’une<br />
coproculture ne sera envisagée qu’après avoir éliminé par l’interrogatoire une cause non<br />
infectieuse de diarrhées aiguës (grade C) ».<br />
1.2.3.2. Les recommandations de traitement des diarrhées à Campylobacter<br />
Concernant le traitement d’une diarrhée à Campylobacter spp. (manifestation clinique à<br />
laquelle sont majoritairement confrontés les médecins généralistes), en dehors du<br />
35
traitement habituel de la diarrhée et de ses conséquences 43 , seules quelques<br />
recommandations moyennement accessibles, européennes ou américaines, existent quant à<br />
l’utilisation d’une éventuelle antibiothérapie ; ces recommandations sont pour l’une trop<br />
ancienne (dix ans) compte tenu de l’évolution récente des données d’antibiorésistance, pour<br />
les autres imparfaitement adaptées au contexte français qui a comme on l’a vu ses propres<br />
spécificités :<br />
- celle de l’IDSA (Infectious Diseases Society of America) 44 de 2001 qui recommande pour<br />
une diarrhée du voyageur modérée à sévère ou un syndrome dysentérique une<br />
antibiothérapie empirique en cure courte par quinolones chez l’adulte (par exemple<br />
norfloxacine 400 mg 2 fois par jour pendant 3 à 5 jours), et par trimethoprime-<br />
sulfamethoxazole chez l’enfant. La réalisation d’une coproculture (comprenant la recherche<br />
de Campylobacter et Yersinia et un antibiogramme) doit être systématique en cas de<br />
syndrome dysentérique, afin de pouvoir adapter l’antibiothérapie à l’agent microbien<br />
retrouvé (en cas de Campylobacter résistant aux quinolones, l’erythromycine doit être<br />
prescrite pour une durée de 5 jours à la posologie de 500 mg 2 fois par jour) ;<br />
- celle de l’ESPID (European Society for Paediatric Infectious Diseases) et l’ESPGHAN<br />
(European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition) 45 de 2008, qui<br />
précise que les antibiotiques n’ont leur place chez les enfants que s’ils sont<br />
immunodéprimés, ou que la diarrhée est sanguinolente, avec une fièvre élevée, des<br />
douleurs abdominales ou une implication du système nerveux central (symptômes suggérant<br />
un agent pathogène bactérien). Le traitement antibiotique est aussi recommandé afin de<br />
réduire la transmission dans les crèches et établissements pédiatriques, et est considéré<br />
comme plus efficace si délivré au stade précoce (dans les 3 jours suivant l’apparition de<br />
l’infection à Campylobacter spp.). Le choix empirique de l’antibiotique utilisé est laissé à la<br />
36
libre appréciation du praticien, en fonction des profils de résistance connus des agents<br />
bactériens potentiellement incriminés ;<br />
- celle de la WGO 46 (World Gastroenterology Organisation) qui en 2008 conseille d’envisager<br />
un traitement antimicrobien pour des Campylobacter spp. persistants, ou chez les personnes<br />
âgées, les patients immunodéprimés, dans les états sévères, ou lors d’une diarrhée du<br />
voyageur modérée à sévère avec syndrome dysentérique. Les quinolones sont indiquées en<br />
premier choix ;<br />
- le manuel E. Pilly, ouvrage de référence de Pathologie infectieuse et Tropicale, suggère<br />
dans son édition de 2010 l’utilisation de macrolides (azithromycine : 500 mg le premier jour<br />
puis 250 mg par jour les 4 jours suivants) ou de quinolones en alternative, pour une durée de<br />
cinq jours, en cas de syndrome dysentérique ou terrain fragile.<br />
1.3. LES INCONNUES<br />
1.3.1. Quelle est l’incidence réelle de la campylobactériose en France ?<br />
On ne connaît pas à ce jour réellement la prévalence ou l’incidence annuelle de la<br />
campylobactériose en France.<br />
Le rapport de « surveillance des infections à Campylobacter spp. chez l’homme en France en<br />
2009 » 3 établi par l’InVS, a recensé 4 026 cas d’infections à Campylobacter spp. en 2009<br />
(soit un taux de notification de 5,4 infections pour 100 000 habitants). Comme nous l’avons<br />
vu précédemment, le nombre de cas déclarés de campylobactériose en France est établi à<br />
partir du nombre de souches de Campylobacter spp. envoyées par des laboratoires<br />
volontaires appartenant au Réseau de surveillance au CNR de Bordeaux, et serait donc<br />
grandement sous-estimé. Le nombre de cas réels d’infections à Campylobacter spp. a été<br />
37
estimé en France par l’InVS et l’Afssa en 2003 1 entre 16 000 et 21 000 chaque année, par le<br />
biais d’enquêtes de prévalence des infections à Campylobacter en Mayenne et Charente-<br />
Maritime. Une autre étude 47 réalisée en 2010-2011 par l’InVS et l’Afssa, visant à déterminer<br />
l’exhaustivité et la représentativité en 2009 du Réseau de surveillance, a estimé le nombre<br />
de souches de Campylobacter spp. isolées en France cette même année à 18 929 (avec un<br />
taux d’exhaustivité global de la surveillance de 24 %). Ce chiffre serait déjà plus proche de<br />
ceux rapportés par certains voisins européens, le taux de notification moyen des infections à<br />
Campylobacter spp. se situant en Europe ces dernières années autour de 44 pour 100 000<br />
habitants 2 , ce qui est largement supérieur à celui actuellement déclaré en France : de tels<br />
écarts de chiffres s’expliquent-ils par une différence réelle d’incidence de la<br />
campylobactériose entre les pays, ou seulement par une meilleure détection des cas par les<br />
voisins européens ? Il faut souligner que la détection des cas dans les pays européens n’est<br />
en effet pas harmonisée : le système de surveillance varie entre les pays membres 48 (réseau<br />
de laboratoires volontaires, déclaration obligatoire ou système sentinelle), tous n’ont pas de<br />
laboratoire national de référence (et celui-ci ne reçoit pas systématiquement les souches de<br />
Campylobacter provenant des laboratoires du réseau) ; de plus, tous les laboratoires ne<br />
recherchent pas systématiquement Campylobacter dans les coprocultures, et les méthodes<br />
diagnostiques varient d’un pays à l’autre 49 .<br />
Parallèlement, on constate, toujours d’après le rapport de surveillance de l’InVS 3 , une<br />
augmentation importante du nombre de souches de Campylobacter spp. réceptionnées au<br />
CNR entre 2003 et 2009. Des analyses plus approfondies de cette augmentation sont en<br />
cours par le CNR et l’InVS : correspond-elle à une meilleure détection des cas (augmentation<br />
du nombre de souches reçues par les laboratoires participant déjà à la surveillance,<br />
recrutement de nouveaux laboratoires participants 3 : 10 % des laboratoires privés y<br />
38
participaient en 2009 versus 9 % en 2006, peut-être sous l’influence du regroupement des<br />
laboratoires) ou à une augmentation de l’incidence de la maladie ?<br />
1.3.2. Quelles sont les pratiques des médecins généralistes concernant la prescription<br />
des coprocultures ?<br />
Peu de données sont disponibles concernant les pratiques médicales actuelles en regard de<br />
la prescription (indications et modalités) des coprocultures.<br />
Une étude 50 , réalisée par le Réseau Sentinelles à partir de données recueillies entre 1994 et<br />
2000 estimait à en moyenne 4 % le pourcentage de coprocultures prescrites par les<br />
médecins généralistes en cas de diarrhée aiguë (définie par « au moins 3 selles liquides ou<br />
molles par jour, et récente : datant de moins de 14 jours »). Parmi celles-ci, 4 % en moyenne<br />
revenaient positives à Campylobacter spp., ce qui correspondait à « une estimation<br />
minimale » car il était « probable que cette bactérie n’ait été recherchée que sur une partie<br />
des coprocultures prescrites par les médecins Sentinelles ». D’autre part, cette étude ne<br />
donnait pas d’informations supplémentaires sur les raisons ayant motivé la prescription de la<br />
coproculture par les médecins (caractéristiques de la diarrhée, terrain...).<br />
Il n’existe actuellement pas en France d’étude récente d’évaluations des pratiques des<br />
médecins généralistes concernant les indications et les modalités de prescription des<br />
coprocultures, malgré l’édition des recommandations ANAES 39 en 2003.<br />
1.3.3. Quelle est la pratique des laboratoires concernant la réalisation des<br />
coprocultures ?<br />
Les données concernant les modalités de réalisation des coprocultures par les laboratoires<br />
d’analyses de biologie médicale de ville sont aussi anciennes et peu nombreuses, de telle<br />
39
sorte qu’il est difficile d’évaluer actuellement le nombre de laboratoires qui réalisent les<br />
coprocultures avec une recherche systématique de Campylobacter spp., même en dehors de<br />
toute prescription spécifiée.<br />
On ne retrouve qu’une seule étude concernant les pratiques diagnostiques des<br />
Campylobacter spp. 41 qui a été conduite en 2000 auprès de laboratoires de microbiologie de<br />
ville et hospitaliers (tirés au sort, ils devaient répondre à un auto-questionnaire envoyé par<br />
voie postale). Parmi les laboratoires de ville ayant répondu, la recherche de Campylobacter<br />
spp. était systématique pour 38,0 % d’entre eux, ou motivée par les principaux critères<br />
suivants : présence de sang ou de mucus dans les selles (58,0 %), demande du clinicien<br />
(55,0 %), aspect liquide des selles ou selles provenant d’enfants (45,0 %). Un examen<br />
microscopique direct des selles a été réalisé systématiquement par 76 % des laboratoires de<br />
ville. 32 % testaient systématiquement la sensibilité aux antibiotiques des souches de<br />
Campylobacter spp. Par ailleurs, lorsque la recherche était orientée (par des indications<br />
spécifiques du praticien), le pourcentage moyen de recherches positives n’était que<br />
légèrement supérieur à celui d’une recherche systématique (sans test de significativité<br />
mentionné).<br />
1.3.4. Quelles sont les connaissances des médecins généralistes en regard de cette<br />
zoonose ?<br />
Si la lutte contre une zoonose comme la campylobactériose nécessite une collaboration<br />
étroite entre les autorités vétérinaires compétentes (en matière d'hygiène des denrées<br />
alimentaires), et entre les laboratoires communautaires de référence (collecte de données<br />
sur les cas de zoonoses constatées chez l'homme), elle requiert néanmoins la participation<br />
40
d’un maillon essentiel du diagnostic et de la prise en charge d’une telle infection : le médecin<br />
généraliste.<br />
Or, que sait-on de l’état actuel des connaissances des médecins généralistes concernant<br />
cette zoonose, définie comme un réel problème de santé publique ? Sont-ils suffisamment<br />
informés de l’émergence de cette zoonose, de ses modalités de diagnostic et de prise en<br />
charge, ont-ils connaissance du profil d’antibiorésistance de Campylobacter spp. ?<br />
Actuellement, aucune donnée n’est disponible en France concernant l’évaluation de leurs<br />
connaissances et leurs pratiques à ce sujet.<br />
1.4. OBJECTIFS DE L’ENQUÊTE<br />
L’objectif principal de cette enquête était d’étudier les pratiques des laboratoires de ville et<br />
des médecins généralistes concernant les connaissances, le diagnostic et la prise en charge<br />
des infections digestives à Campylobacter spp., afin de définir des axes d’amélioration<br />
possibles. Nous avons voulu vérifier plusieurs hypothèses :<br />
- les laboratoires de ville n’effectueraient pas systématiquement la recherche de<br />
Campylobacter spp. dans les coprocultures, parce qu’elle entraîne un surcoût et<br />
techniquement une charge de travail plus importante, et/ou que la réglementation est<br />
imprécise ;<br />
- les médecins généralistes ne prescriraient pas tous de coprocultures selon les<br />
recommandations de l’ANAES 2003 ; connaissent-ils les indications de prescription d’une<br />
coproculture, savent-ils que cette recherche n’est pas systématique dans tous les<br />
laboratoires de ville ?<br />
41
- les médecins généralistes ne seraient pas assez informés sur la campylobactériose et sa<br />
prise en charge en général (en particulier sur les dernières données épidémiologiques, le<br />
profil d’antibiorésistance, …) : par manque d’informations via les autorités compétentes<br />
(Haute Autorité de Santé, DDASS, …) ou via les médias disponibles (internet, revues<br />
médicales, …) ?<br />
42
2. MÉTHODOLOGIE<br />
Il s’agit d’une enquête réalisée auprès de deux populations, installées dans la ville de Paris :<br />
les laboratoires de biologie médicale, et les médecins généralistes.<br />
2.1. SÉLECTION DES POPULATIONS INTERROGÉES<br />
2.1.1. Les laboratoires<br />
143 laboratoires d’analyses de biologie médicale ont été inclus, suivant des critères simples.<br />
Tous les laboratoires répondant aux critères d’inclusion ont été sélectionnés : aucune<br />
randomisation n’a été effectuée sur cette population.<br />
Les critères d’inclusion étaient les suivants :<br />
laboratoires de ville établis à Paris (75)<br />
réalisant les coprocultures standards sur place (avec la possibilité de<br />
transférer l’échantillon de selles à un autre laboratoire pour des demandes de<br />
coprocultures avec recherche de germes spécifiques).<br />
Les critères d’exclusion étaient :<br />
les laboratoires hospitaliers ou rattachés à un hôpital<br />
les laboratoires appartenant au Réseau de Surveillance des infections à<br />
Campylobacter<br />
les laboratoires d’analyses ayant une pratique spécifique exclusive :<br />
laboratoires de recherche, de mycologie, de parasitologie, de toxicologie,<br />
d’anatomo-pathologie, ou des entreprises<br />
les laboratoires ne pratiquant pas la coproculture standard sur place.<br />
43
La liste des laboratoires appartenant au Réseau de Surveillance des infections à<br />
Campylobacter m’a été fournie par le Pr Mégraud, responsable du CNR des Campylobacter<br />
et Helicobacter de Bordeaux.<br />
La liste des laboratoires parisiens inclus dans l’étude a été établie à l’aide de l’annuaire des<br />
professionnels de santé, mis à disposition par l’Assurance Maladie, sur le site : http://ameli-<br />
direct.ameli.fr/ et de l’annuaire des Pages Jaunes®.<br />
2.1.2. Les médecins généralistes<br />
100 médecins généralistes ont été inclus afin de disposer d’un échantillon d’une taille<br />
suffisante pour être représentatif.<br />
L’inclusion a été réalisée après avoir établi la liste exhaustive de tous les médecins<br />
généralistes recensés sur Paris (2 471 au total). Ces derniers ont alors été randomisés à l’aide<br />
la fonction « aléa Excel », et les 100 premiers médecins répondant aux critères d’inclusion<br />
choisis pour cette étude ont été interrogés.<br />
Ont été inclus dans l’étude :<br />
les médecins généralistes installés à Paris (75)<br />
les médecins ayant comme pratique principale la médecine générale.<br />
Les médecins généralistes exclus de l’étude étaient :<br />
les médecins ayant comme activité principale une activité « autre que la<br />
médecine générale » : S.O.S médecins, nutritionniste, endocrinologue,<br />
médecine esthétique, allergologie, phlébologie, angiologie, homéopathie,<br />
acupuncture, ostéopathie, psychiatrie, médecine du sport<br />
44
les médecins n’exerçant plus à Paris (75) au cours de l’étude, pour cause de<br />
déménagement.<br />
La liste de la totalité des médecins généralistes parisiens a été établie à l’aide de l’annuaire<br />
des professionnels de santé mis à disposition par l’Assurance Maladie, sur le site :<br />
http://ameli-direct.ameli.fr/ et de l’annuaire des Pages Jaunes®.<br />
2.2. INTERVENTION AUPRÈS DE CES POPULATIONS<br />
2.2.1. Les laboratoires<br />
Les 143 laboratoires inclus dans l’étude ont été contactés de Juin 2010 à Octobre 2010, par<br />
téléphone.<br />
Pour chacun des laboratoires, l’appelant s’entretenait avec le médecin biologiste du<br />
laboratoire, se présentant comme un « médecin généraliste désirant avoir des informations<br />
sur la réalisation des coprocultures, afin d’adapter la prescription de celle-ci pour un de ses<br />
patients ». Le questionnaire téléphonique standard, comportait seulement 2 questions<br />
ouvertes :<br />
la première visant à déterminer les critères de recherche du Campylobacter<br />
dans une coproculture en l’absence de prescription médicale explicite<br />
la deuxième concernant les raisons de ce choix (quelle que soit la réponse à la<br />
première question).<br />
45
2.2.2. Les médecins généralistes<br />
Les 100 médecins généralistes inclus dans l’étude ont été interrogés de Novembre 2010 à<br />
Janvier 2011.<br />
Un entretien téléphonique initial permettait une présentation de l’évaluateur, du sujet de la<br />
thèse et des modalités de l’étude, et de proposer plusieurs modes de réponse au<br />
questionnaire (mail ou courrier), ainsi qu’une vérification des coordonnées du médecin.<br />
Les questionnaires envoyés par courrier étaient accompagnés d’une lettre d’introduction<br />
(parcours et coordonnées personnels, indications concernant le sujet de la thèse et les<br />
modalités de réalisation de celle-ci), avec une enveloppe retour pré-timbrée.<br />
Les questionnaires envoyés par mail étaient également accompagnés d’un mail<br />
d’introduction. Ils ont été mis en forme via une application disponible gratuitement sur<br />
Internet : Google Docs®. Les réponses à chaque questionnaire parvenaient directement sur<br />
cette page web, interface sécurisée par un code personnel.<br />
Le contenu des questionnaires et la lettre d’introduction envoyés par mail ou courrier<br />
étaient rigoureusement identiques (Annexe n° 3). Le questionnaire avait comme objectif, à<br />
travers des questions ouvertes ou à choix multiples, d’évaluer les connaissances et les<br />
pratiques des médecins sur différents thèmes de la campylobactériose :<br />
les connaissances cliniques et épidémiologiques : principaux germes<br />
responsables de toxi-infection alimentaire, complications possibles d’une<br />
infection à Campylobacter, types de populations touchées, différents modes<br />
de transmission<br />
les modalités pratiques de diagnostic, en particulier indications et modalités<br />
de prescription des coprocultures<br />
46
les traitements délivrés : prescription d’une éventuelle antibiothérapie,<br />
connaissance des profils d’antibiorésistance<br />
les messages de prévention délivrés au patient et à sa famille<br />
l’utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles ; et<br />
2.3. ÉVALUATION<br />
leurs attentes éventuelles sur le sujet.<br />
Les données recueillies auprès des laboratoires et des médecins généralistes inclus dans<br />
l’étude ont été reportées dans des tableaux Excel, puis analysées avec une statistique de<br />
fréquence (statistique descriptive).<br />
47
3. RÉSULTATS<br />
3.1. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES LABORATOIRES<br />
Sur les 143 médecins biologistes travaillant dans les laboratoires inclus dans l’étude et<br />
contactés par téléphone, 143 ont répondu aux deux questions posées. Il n’y a eu aucun refus.<br />
3.1.1. Critères de recherche du Campylobacter dans les coprocultures<br />
Selon les déclarations recueillies, en l’absence de prescription médicale, la recherche de<br />
Campylobacter spp dans les coprocultures s’effectuait de façon systématique pour 52 % des<br />
laboratoires, selon différents critères pour 29 % des laboratoires (20 % selon l’aspect des<br />
selles du patient, 7 % selon l’aspect des selles et l’âge du patient [selles provenant d’enfants],<br />
et 2 % pour les selles provenant d’enfants), et 19 % des laboratoires ne recherchaient pas<br />
Campylobacter spp.<br />
Figure 3. Pratiques de recherche du Campylobacter spp. dans les coprocultures par les<br />
laboratoires en l’absence de prescription médicale.<br />
SELON l' âge<br />
(enfants)<br />
2% (N=3)<br />
SELON l'aspect<br />
des selles<br />
(molles,<br />
glaireuses,<br />
sanglantes)<br />
20% (N=29)<br />
ABSENCE DE<br />
RECHERCHE<br />
19% (N=27)<br />
48<br />
SELON l'aspect<br />
des selles et<br />
l'âge<br />
7% (N=10)<br />
RECHERCHE<br />
SYSTEMATIQUE<br />
52% (N=74)
3.1.2. Justifications et motivations des pratiques<br />
Pour les 74 laboratoires effectuant systématiquement la recherche de Campylobacter spp.<br />
dans une coproculture, tous le faisaient parce que sa recherche était « incluse dans le forfait<br />
prévu par la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale ».<br />
Parmi les 27 laboratoires qui ne réalisaient pas la recherche de Campylobacter spp. sur une<br />
coproculture, si elle n’était pas prescrite explicitement, 17 évoquaient « une difficulté liée<br />
aux conditions de culture », et les 10 autres déclaraient ne « pas posséder le milieu de<br />
culture adéquat ».<br />
Pour les 42 laboratoires qui choisissaient d’effectuer la recherche de Campylobacter spp.<br />
selon leurs propres critères cliniques et épidémiologiques (âge et/ou aspect des selles), 27<br />
d’entre eux l’expliquaient par « une difficulté liée aux conditions de culture », et les 15<br />
autres par un argument de « fréquence des infections à Campylobacter spp. dans les<br />
populations choisies et/ou dans les selles d’aspect inhabituel ».<br />
3.2. L’ENQUÊTE AUPRÈS DES MÉDECINS GÉNÉRALISTES<br />
Le taux de réponse a été de 49 % chez les médecins généralistes (49 réponses pour 100<br />
médecins inclus). L’absence de réponse était considérée comme définitive :<br />
- après deux mails de rappel envoyés pour ceux qui avaient choisi de répondre par courriel ;<br />
- après un délai de trois mois à compter de la date d’envoi du questionnaire par courrier<br />
pour les autres.<br />
Sur les 49 réponses enregistrées, 22 ont été envoyées via internet, et 27 ont été reçues par<br />
courrier.<br />
49
3.2.1. Connaissances cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose<br />
Sur les 49 médecins généralistes ayant répondu au questionnaire, 7 (14 %) avaient<br />
diagnostiqué une infection à Campylobacter spp. au cours de l’année précédente, 39 (80 %)<br />
n’en avaient pas diagnostiqué, 3 (6 %) ne se sont pas prononcés.<br />
Connaissances des principaux germes responsables de toxi-infection alimentaire :<br />
Les médecins interrogés devaient choisir les 2 germes les plus couramment impliqués dans<br />
les toxi-infections alimentaires parmi un échantillon de 6 proposés.<br />
15 médecins généralistes (30 %) ont cité Salmonelle et Campylobacter spp. comme étant les<br />
2 germes les plus fréquemment responsables de toxi-infections alimentaires.<br />
Salmonelle a été citée par 69 % (N = 34) des médecins sondés, Campylobacter spp. par 47 %<br />
(N = 23) d’entre eux, et E.Coli entéroinvasif, Staphylococcus aureus, et Shigelle par<br />
respectivement 41 % (N = 20), 24 % (N = 12) et 12 % (N = 6) d’entre eux. Yersinia n’a été cité<br />
par aucun.<br />
Figure 4. « Pourriez-vous cocher les 2 germes qui, selon vous, sont les plus fréquemment<br />
responsables de toxi-infection alimentaire en France ? » :<br />
69%<br />
47%<br />
41%<br />
24%<br />
50<br />
12%<br />
6%<br />
0
Connaissances des complications possibles d’une infection à Campylobacter spp. :<br />
27 des médecins interrogés (55 %) se sont dits capables de citer au moins 2 complications<br />
possibles d’une infection à Campylobacter spp., 16 n’ont pas pu en citer, 6 ne se sont pas<br />
prononcés. Parmi les complications fréquemment citées, on retrouve : « Syndrome de<br />
Guillain-Barré et/ou troubles neurologiques » (10), « déshydratation » (7), « septicémie » (5),<br />
« arthrite » (4).<br />
Connaissances des types de population les plus touchées :<br />
Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs type(s) de population le(s) plus<br />
touchée(s) par l’infection à Campylobacter spp., parmi un panel de 5 proposés.<br />
Pour 28 des médecins généralistes interrogés (57 %), l’infection à Campylobacter spp.<br />
concernait tous les âges de la vie. Les enfants et les patients immunodéprimés sont parmi les<br />
plus touchés pour respectivement 33 % (N = 16) et 31 % (N = 15) des médecins interrogés.<br />
Les voyageurs et les personnes âgées sont cités respectivement par 22 % (N = 11) et 20 %<br />
(N = 10) des médecins interrogés.<br />
Figure 5. « Selon vous, quelle(s) population(s) est/sont le(s) plus touchée(s) ? ». Plusieurs<br />
choix étaient possibles :<br />
57%<br />
33% 31%<br />
51<br />
22% 20%<br />
0
Connaissances des différents modes de transmission :<br />
Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs mode(s) de transmission<br />
possible(s) de l’infection à Campylobacter spp., parmi 5 propositions.<br />
Le mode de transmission de l’infection à Campylobacter spp. le plus cité a été « la<br />
consommation de viandes mal cuites contaminées », cité par 32 des médecins interrogés<br />
(65 %) ; le mode de transmission par « consommation d’aliments crus ayant été en contact<br />
avec des viandes contaminées » n’a été cité que par 22 médecins (45 %). 9 médecins (18 %)<br />
ont cité les 5 modes de contamination proposés.<br />
Figure 6. « À votre avis, quel(s) est/sont le(s) mode(s) de transmission ? ». Plusieurs choix<br />
étaient possibles :<br />
65%<br />
47%<br />
45%<br />
39%<br />
29%<br />
52<br />
18%<br />
consommation de viandes mal<br />
cuites contaminées<br />
consommation d'eau<br />
contaminée (dont baignades)<br />
consommation d'aliments crus<br />
au contact de viandes<br />
contaminées<br />
consommation de lait cru<br />
contaminé<br />
contact direct avec un animal<br />
contaminé<br />
NSP
3.2.2. Pratiques de prescription des coprocultures<br />
3.2.2.1. Indications de prescription d’une coproculture<br />
Les médecins interrogés pouvaient choisir un ou plusieurs symptôme(s) amenant à la<br />
prescription d’une coproculture, parmi 6 propositions.<br />
Le symptôme qui faisait majoritairement prescrire une coproculture aux 49 médecins<br />
interrogés était « la présence de glaires ou de sang dans les selles », cité par 43 d’entre eux<br />
(environ 88 %).<br />
Une « diarrhée fébrile », une « diarrhée prolongée au-delà de 3 jours », une « diarrhée au<br />
retour de voyage (pays tropical) » et une « diarrhée sur terrain fragile » amenaient à la<br />
prescription d’une coproculture pour respectivement 59 % (N = 29), 55 % (N = 27), 49 %<br />
(N = 24) et 47 % (N = 23) des médecins interrogés.<br />
Les « douleurs abdominales » faisaient prescrire une coproculture à 8 % (N = 4) des<br />
médecins interrogés.<br />
Figure 7. « Quel(s) symptôme(s) vous fait/font prescrire une coproculture ? ». Plusieurs<br />
choix étaient possibles :<br />
88%<br />
59%<br />
55%<br />
49%<br />
47%<br />
8%<br />
53<br />
0<br />
selles glaireuses et/ou<br />
sanglantes<br />
diarrhée fébrile>38°5<br />
diarrhée prolongée>3 jours<br />
diarrhée au retour de voyage<br />
diarrhée sur terrain fragile<br />
douleurs abdominales<br />
NSP
3.2.2.2. Modalités de prescription d’une coproculture<br />
21 médecins (43 %) supposaient que les laboratoires faisaient systématiquement la<br />
recherche de Campylobacter spp. sur une coproculture, 16 (33 %) supposaient qu’ils ne la<br />
faisaient pas, 12 (24 %) ne se sont pas prononcés.<br />
Parmi les 16 médecins qui supposaient que cette recherche systématique n’était pas faite,<br />
12 jugeraient utile qu’elle le soit (2 jugeraient cela inutile, 2 ne se sont pas prononcés).<br />
34 des médecins interrogés (environ 69 %) demandaient systématiquement un<br />
antibiogramme lors de la prescription d’une coproculture, les 15 autres n’en demandaient<br />
pas nécessairement.<br />
3.2.3. Connaissances des modalités de traitement et prévention<br />
3.2.3.1. Antibiothérapie prescrite en première intention<br />
Les médecins interrogés étaient invités à répondre librement sur le choix de l’antibiotique<br />
prescrit en première intention en cas de diagnostic d’infection digestive à Campylobacter<br />
spp.<br />
La classe d’antibiotique la plus prescrite au cours d’une infection digestive avérée à<br />
Campylobacter spp. est celle des fluoroquinolones : 39 % d’entre eux l’ont citée (N = 19). Les<br />
macrolides sont prescrits par 19 % des médecins interrogés (N = 9). 18 % d’entre eux<br />
attendent les données de l’antibiogramme avant d’initier une prescription.<br />
54
Figure 8. « Quel antibiotique prescrivez-vous en première intention lorsque vous<br />
diagnostiquez une infection digestive à Campylobacter spp. ? ». La réponse était libre :<br />
Céphalosporine<br />
2è Génération<br />
2% (N=1)<br />
3.2.3.2. Connaissance du profil d’antibiorésistance<br />
Concernant le taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline, les médecins<br />
interrogés devaient choisir parmi une des trois fourchettes d’estimation proposées, selon<br />
celle qui leur semblait être juste.<br />
Tetracycline<br />
4% (N=2)<br />
Attente de<br />
l'antibiogramme<br />
18% (N=9)<br />
Macrolide<br />
19% (N=9)<br />
Le taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline était compris pour 7 médecins<br />
(14 %) entre 10 et 50 %. 63 % des médecins interrogés (N = 31) ne se sont pas prononcés.<br />
Parmi les 7 médecins qui prescrivaient l’amoxicilline en première intention en cas d’infection<br />
digestive avérée à Campylobacter spp. (cf. Figure 8), 2 estimaient la résistance de ce germe à<br />
l’amoxicilline < 10 %, et 5 ne se prononçaient pas.<br />
55<br />
Ne Sait Pas<br />
4% (N=2)<br />
Penicilline A<br />
14% (N=7)<br />
Fluoroquinolone<br />
39% (N=19)
Figure 9a. Estimation du taux de résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline par les<br />
médecins interrogés :<br />
Nombre de<br />
citations<br />
Concernant le taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones, les médecins<br />
interrogés devaient choisir parmi une des trois fourchettes d’estimation proposées, selon<br />
celle qui leur semblait être juste.<br />
Le taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones était pour 11 médecins<br />
(22 %) compris entre 10 et 50 %. 53 % des médecins interrogés ne se sont pas prononcés.<br />
Parmi les 19 médecins qui prescrivaient une fluoroquinolone en première intention en cas<br />
d’infection digestive avérée à Campylobacter spp.( cf figure 8), 10 estimaient la résistance de<br />
ce germe aux fluoroquinolones < 10 %, 2 l’estimaient comprise entre 10 et 50 %, et 7 ne se<br />
prononçaient pas.<br />
50<br />
45<br />
40<br />
35<br />
30<br />
25<br />
20<br />
15<br />
10<br />
5<br />
0<br />
2<br />
Taux50% NSP
Figure 9b. Estimation du taux de résistance du Campylobacter spp. aux fluoroquinolones<br />
par les médecins interrogés :<br />
Nombre de<br />
citations<br />
3.2.3.3. Messages de prévention délivrés<br />
Les médecins interrogés pouvaient citer un ou plusieurs message(s) de prévention délivré(s)<br />
au patient et à sa famille, parmi 7 proposés.<br />
50<br />
45<br />
40<br />
35<br />
30<br />
25<br />
20<br />
15<br />
10<br />
Les messages de prévention délivrés à l’égard de la famille du patient infecté les plus cités<br />
par les médecins interrogés ont été : « le lavage des mains systématique après être allé aux<br />
toilettes » (cité par 48 d’entre eux soit 98 %), et « le lavage des mains systématique<br />
avant/après la préparation du repas » (cité par 43 d’entre eux soit 88 %).<br />
24 médecins (49 %) ont déclaré délivrer à l’égard du patient et de sa famille tous les<br />
messages de prévention proposés.<br />
5<br />
0<br />
12 11<br />
Taux50% NSP
Figure 10. « Parmi le(s) message(s) de prévention que vous délivrez à l’égard de la famille<br />
et du patient infecté, afin d’éviter une contamination proche ou à l’avenir, le(s)quel(s)<br />
citez-vous fréquemment ? ». Plusieurs choix étaient possibles :<br />
98%<br />
3.2.4. Utilisation des recommandations et sources d’informations disponibles<br />
3.2.4.1. Recommandations ANAES concernant les « indications des examens de selles<br />
chez l’adulte »<br />
35 des 49 médecins interrogés (71 %) déclaraient ne pas avoir connaissance des<br />
recommandations de la Haute Autorité de Santé (anciennement ANAES) concernant<br />
« l’indication des examens de selles chez l’adulte », 7 en avaient connaissance (14 %), 7 ne se<br />
sont pas prononcés.<br />
Les 7 médecins qui en avaient connaissance déclaraient que celles-ci les avaient aidés dans<br />
leur exercice quotidien.<br />
88%<br />
73%<br />
lavage des mains apres être allé aux WC<br />
lavage des mains avant/après la cuisine<br />
69% 67%<br />
lavage des mains après change d'un enfant<br />
lavage des mains après préparation de viande crue<br />
lavage des toilettes/lavabos avec produit javellisant<br />
58<br />
63% 61%<br />
lavage d'instruments de cuisine en contact avec la viande crue avant réutilistaion<br />
éviction du partage des couverts et ustensiles de toilette
3.2.4.2. Le site internet de l’Institut de Veille Sanitaire<br />
41 des 49 médecins interrogés (84 %) déclaraient ne pas avoir visité le site internet de<br />
l’Institut de veille sanitaire concernant les toxi-infections alimentaires, et 7 l’avaient visité<br />
(14 %) ; 1 ne s’est pas prononcé.<br />
Pour les 7 médecins qui l’avaient visité, 5 l’ont jugé utile dans leur exercice quotidien, 2 l’ont<br />
jugé inutile, sans en préciser les raisons.<br />
3.2.5. Leurs éventuelles attentes sur le sujet<br />
23 médecins généralistes interrogés (47 %) ont déclaré avoir des attentes particulières sur le<br />
sujet de la campylobactériose (et plus largement sur celui des toxi-infections alimentaires).<br />
Ces attentes étaient dominées par le souhait d’être mieux informés sur :<br />
- la fréquence de cette infection (pour 7 d’entre eux)<br />
- l’antibiothérapie probabiliste à prescrire en cas de suspicion de toxi-infection alimentaire<br />
(pour 6 d’entre eux)<br />
- les signes cliniques et les complications attendues (pour 3 d’entre eux)<br />
- le profil de résistance antibiotique du Campylobacter spp.(pour 2 d’entre eux)<br />
- les précautions à mettre en place afin d’éviter la contamination (pour 2 d’entre eux)<br />
- les différents modes de transmission (pour 2 d’entre eux)<br />
- le(s) type(s) de population le(s) plus touché(s) (pour 1 d’entre eux).<br />
Les attentes des médecins sur ce sujet étaient également motivées par la demande de<br />
supports, complémentaires à l’exercice en cabinet, véhiculant des informations s’y<br />
rapportant tels que :<br />
59
- l’édition d’un guide de la Haute Autorité de Santé sur les toxi-infections alimentaires, avec<br />
la conduite à tenir sur le plan thérapeutique en cas de diagnostic avéré (demande formulée<br />
par 4 d’entre eux)<br />
- l’existence d’une alerte rapide véhiculée par voie électronique ou papier en cas de toxi-<br />
infection alimentaire collective ou de lots alimentaires contaminés par un germe pouvant en<br />
être responsable (pour 2 d’entre eux)<br />
- la mise à disposition au cabinet de dépliants « pédagogiques » (pour 2 d’entre eux) ou la<br />
diffusion de spots télévisuels (pour 1 d’entre eux) à destination du grand public pour<br />
sensibiliser aux précautions d’hygiène élémentaire afin d’éviter de nouvelles contaminations.<br />
60
4. DISCUSSION<br />
4.1. ANALYSE DES RÉSULTATS<br />
4.1.1. Résultats principaux et comparaisons à d’autres études<br />
Cette enquête menée auprès des laboratoires parisiens et des médecins généralistes<br />
concernant la campylobactériose révèle des hétérogénéités de pratiques de la part des deux<br />
partenaires ainsi qu’une certaine méconnaissance théorique des cliniciens, ce qui a<br />
certainement un impact sur le diagnostic des diarrhées à Campylobacter spp. Cette zoonose<br />
semble largement sous-estimée dans notre pays et nous discuterons des causes potentielles<br />
à cette sous-estimation, ainsi que des axes d’amélioration pouvant être proposés.<br />
On note très clairement des disparités de réalisation des coprocultures par les laboratoires<br />
ne faisant pas partie du réseau national de surveillance. En l’absence de prescription<br />
explicite par les médecins, seuls 52 % des laboratoires d’analyses médicales parisiens<br />
recherchaient systématiquement Campylobacter spp. dans une coproculture, 29 %<br />
effectuaient cette recherche selon leurs propres critères, et près d’un cinquième (19 %) ne le<br />
recherchaient pas.<br />
Les résultats de cette enquête auprès des laboratoires d’analyses médicales sont à comparer<br />
à ceux de l’étude 41 réalisée auprès des laboratoires de microbiologie menée en 2000 par<br />
l’InVS et le CNR des Campylobacter et Helicobacter de Bordeaux : pour les laboratoires de<br />
ville ayant répondu, la recherche de Campylobacter spp. était systématique pour 38 %<br />
d’entre eux, ou motivée par les principaux critères suivants : présence de sang ou de mucus<br />
dans les selles (58 %), demande du clinicien (55 %), aspect liquide des selles ou selles<br />
provenant d’enfants (45 %). Bien que la méthodologie utilisée ait été différente, puisqu’il<br />
s’agissait pour les laboratoires interrogés de répondre à un auto-questionnaire envoyé par<br />
61
voie postale, et que l’enquête était réalisée dans une zone géographique différente (la<br />
France entière), l’échantillon de laboratoires étudié est comparable par sa taille (203<br />
réponses obtenues) au nôtre (143 réponses). Il apparaît alors qu’en l’espace de dix ans, la<br />
proportion de laboratoires réalisant la recherche systématique de Campylobacter spp. dans<br />
une coproculture n’a que légèrement augmenté (38 % en 2000, 52 % en 2010). En revanche<br />
les critères évoqués faisant rechercher Campylobacter spp. dans les selles pour les autres<br />
laboratoires étaient similaires à ceux utilisés actuellement : aspect des selles (liquides,<br />
glaireuses, sanglantes) et âge du patient (enfants).<br />
On observe également dans cette enquête des inégalités de pratiques concernant les<br />
indications et modalités de prescription des coprocultures par les médecins interrogés. S’il<br />
apparaît que tous les laboratoires d’analyses médicales ne recherchaient pas<br />
systématiquement Campylobacter spp. dans les selles, il apparaît aussi que 43 % des<br />
médecins généralistes interrogés pensaient que cette recherche était systématique (et n’en<br />
spécifiaient donc probablement pas la demande sur leur prescription), et qu’un<br />
antibiogramme n’était demandé que par 69 % d’entre eux. Par ailleurs, les symptômes leur<br />
faisant prescrire une coproculture étaient majoritairement « la présence de glaires et/ou de<br />
sang dans les selles » pour 88 % d’entre eux, mais seuls 59 % d’entre eux demandaient un<br />
examen bactériologique des selles pour une « diarrhée avec fièvre > 38,5° », 55 % pour une<br />
« diarrhée prolongée au-delà de 3 jours », 49 % pour une « diarrhée au retour de voyage<br />
(pays tropical) », 47 % pour une « diarrhée sur terrain fragile », et aucun n’a cité<br />
intégralement ces cinq propositions. Ces résultats sont à rapprocher du fait que seulement<br />
14 % des médecins participant à l’enquête avaient connaissance des recommandations<br />
ANAES concernant « les indications des examens de selles chez l’adulte ».<br />
62
Il n’existe pas d’enquêtes directement comparables menées en France précédemment sur ce<br />
sujet : une étude du Réseau Sentinelles 50 menée entre 1994 et 1997 a estimé sur cette<br />
période à 3,8 % [ IC 95 % : 3,6 % - 3,9 %] la proportion de diarrhées aiguës pour lesquelles<br />
une coproculture avait été demandée, mais elle ne précisait pas sur quelles indications les<br />
médecins interrogés l’avaient prescrite.<br />
Cette enquête permet aussi de souligner que la campylobactériose est surtout assez peu<br />
connue des médecins sondés. Aucune étude n’avait à présent évalué les connaissances que<br />
les médecins généralistes ont de cette zoonose. D’après cette enquête, seuls 14 % des<br />
médecins interrogés avaient diagnostiqué une infection à Campylobacter spp. au cours de<br />
l’année précédente, et 55 % étaient capables d’en citer les complications possibles (10<br />
d’entre eux citaient spontanément « le syndrome de Guillain-Barré », et 4 « l’arthrite post<br />
infectieuse »). Campylobacter spp. a été clairement identifié comme étant un des deux<br />
germes principaux responsable de toxi-infection alimentaire par moins de la moitié (47 %)<br />
des médecins interrogés (Salmonelle a été citée par 69 % d’entre eux), et moins d’un tiers<br />
des médecins ont cité « les enfants » et « les personnes âgées » comme étant des<br />
populations particulièrement touchées (respectivement cités par 33 % et 20 % des<br />
médecins). Les modes de transmission sont également peu connus, puisque même si « la<br />
consommation de viande mal cuite contaminée » était identifiée comme facteur de<br />
transmission possible du Campylobacter spp. par 65 % des médecins interrogés, le total des<br />
cinq sources proposées comme étant potentiellement contaminantes n’a été cité que par<br />
18 % (9) des médecins, alors qu’elles sont en réalité toutes des vecteurs de transmission<br />
possibles.<br />
L’autre volet important de cette enquête concernait le traitement des infections à<br />
Campylobacter spp. par les médecins interrogés. Les résultats obtenus ont mis en évidence<br />
63
une grande disparité des pratiques en matière d’antibiothérapie délivrée en première<br />
intention : les fluoroquinolones étaient prescrites majoritairement, par 39 % d’entre eux, les<br />
macrolides et la pénicilline A respectivement par 19 % et 14 % d’entre eux ; ces chiffres étant<br />
cependant à pondérer puisque 18 % attendaient les résultats de l’antibiogramme avant<br />
d’initier une antibiothérapie. Ces résultats sont certainement liés à la méconnaissance du<br />
profil d’antibiorésistance du Campylobacter spp. par les médecins sondés : seuls 14 % ont<br />
estimé la résistance du Campylobacter spp. à l’amoxicilline comprise entre 10 et 50 % (elle<br />
était d’environ 24 % en 2009) et seuls 22 % ont estimé sa résistance aux fluoroquinolones<br />
comprise entre 10 et 50 % (elle était d’environ 45 % en 2009). Des données récentes et<br />
actualisées d’antibiorésistance sont disponibles sur le site internet de l’InVS, mais seuls 14 %<br />
des médecins interrogés avaient déjà visité ce site. En revanche, on peut considérer que les<br />
messages de prévention à l’égard du patient infecté et de sa famille étaient correctement et<br />
fréquemment délivrés par la majorité des médecins interrogés, chaque message ayant été<br />
systématiquement cité par plus de 60 % d’entre eux.<br />
Moins de la moitié des médecins interrogés (47 %) ont déclaré avoir des attentes<br />
particulières au sujet de la campylobactériose : pour la plupart d’entre eux, ils souhaitaient<br />
sur le fond être mieux informés de la fréquence de cette infection, et connaître les<br />
indications et modalités de prescription d’une antibiothérapie de première intention. Sur la<br />
forme, 4 souhaitaient la réédition d’une guide HAS sur les toxi-infections alimentaires, 3<br />
souhaitaient la diffusion à destination du grand public de supports pédagogiques<br />
(« version papier » ou « spots télévisuels ») sur les précautions d’hygiène élémentaire à<br />
suivre en cas de diarrhée et 2 évoquaient la nécessité d’un système d’alerte rapide en cas de<br />
toxi-infection alimentaire collective.<br />
64
4.1.2. Interprétation des résultats<br />
Concernant les pratiques des laboratoires d’analyses médicales, il apparaît donc clairement<br />
que la recherche du Campylobacter spp. dans les coprocultures n’est pas réalisée de manière<br />
systématique ou selon les mêmes critères. Ces pratiques ont été peu modifiées en l’espace<br />
de dix ans, malgré l’évolution de l’épidémie et la mise en place du Réseau de surveillance<br />
des infections à Campylobacter. Une première explication tient probablement au manque<br />
d’uniformisation des recommandations disponibles : la Nomenclature des Actes de Biologie<br />
Médicale ne suggère pas de recherche systématique du Campylobacter spp. dans les<br />
coprocultures (sa recherche est recommandée « le cas échéant », ce qui est un terme pour<br />
le moins ambigu, d’autant qu’elle n’entraîne pas de majoration de la cotation forfaitaire de<br />
la coproculture), mais le REMIC 2010 et les Recommandations ANAES 2003 y incitent<br />
fortement. Une deuxième explication tient à la difficulté de recherche du Campylobacter spp.<br />
dans les selles, car sa culture est techniquement plus contraignante (en termes de charge de<br />
travail) et plus coûteuse (utilisation de milieux de culture et d’enrichissement spéciaux) à<br />
réaliser que celles des germes usuels : ce sont d’ailleurs les principales raisons avancées par<br />
les laboratoires ayant participé à l’enquête pour expliquer le caractère non systématique de<br />
sa recherche. Enfin, la surveillance aléatoire des pratiques des laboratoires d’analyses<br />
médicales (ayant motivé récemment la création par la HAS d’un système d’accréditation<br />
spécifique), et le manque de méthode de référence unique pour la culture de Campylobacter<br />
spp. (différents milieux de culture possibles) sont des raisons supplémentaires pouvant<br />
expliquer le caractère non systématique de sa recherche. Malgré ces raisons, le choix des<br />
critères avancés par certains des laboratoires interrogés pour la recherche de Campylobacter<br />
spp. est critiquable car subjectif : le caractère « non moulé » des selles (dont on sait qu’il<br />
peut être modifié par l’utilisation d’anti-diarrhéiques), ou « glairo-sanglant », est laissé à la<br />
65
libre appréciation du seul technicien de laboratoire, alors qu’aucune étude ne semble<br />
montrer de différence de sensibilité nette dans la détection du Campylobacter spp. en cas de<br />
sélection des selles sur ses critères. De même, le critère de l’« âge » (selles provenant<br />
d’enfants) n’est pas à retenir, car si l’incidence est maximale chez les nourrissons et les<br />
jeunes enfants, les infections ne sont pas rares chez les adultes.<br />
L’enquête fait également ressortir que les médecins généralistes interrogés prescrivent<br />
probablement moins de coprocultures qu’ils le devraient : cela peut s’expliquer par la<br />
méconnaissance des indications de prescription des examens de selles de l’ANAES par plus<br />
de trois quarts d’entre eux. En outre, ces recommandations assez anciennes n’ont pas été<br />
réactualisées et ne sont pas disponibles sur le site internet officiel de l’HAS. Si les médecins<br />
interrogés ne précisent pas tous la demande de recherche du Campylobacter spp. dans une<br />
coproculture, c’est par confiance envers les laboratoires de ville avec lesquels ils travaillent,<br />
mais probablement aussi par une réelle méconnaissance de cette zoonose. Elle est en effet<br />
peu médiatisée en France, car étant rarement à l’origine de toxi-infections alimentaires<br />
collectives, elle n’est pas une maladie à déclaration obligatoire pour la DDASS (Direction<br />
départementale des affaires sanitaires et sociales) et entraîne de ce fait peu d’alertes<br />
sanitaires, ce qui est paradoxal en regard de sa fréquence réelle ou supposée (1 ère cause de<br />
diarrhée bactérienne d’origine alimentaire en Europe) et des problèmes d’organisation<br />
sanitaire qu’elle implique. De plus, l’importance clinique de la campylobactériose est difficile<br />
à appréhender, et sa morbi-mortalité peu étudiée, ce qui peut expliquer l’absence de<br />
recommandations claires, récentes et consensuelles quant à son traitement, en particulier<br />
quant à l’intérêt d’instituer une antibiothérapie précoce.<br />
66
4.2. LIMITES DE L’ÉTUDE <strong>ET</strong> ASPECTS POSITIFS<br />
4.2.1. Limites de l’étude<br />
Dans l’enquête menée auprès des laboratoires d’analyses médicales parisiens, il existe un<br />
biais de sélection puisque ceux qui font partie du Réseau de Surveillance des Campylobacter,<br />
et donc qui recherchent systématiquement ce germe dans la coproculture, ont été exclus.<br />
On peut raisonnablement supposer que le pourcentage de laboratoires qui recherchent<br />
systématiquement Campylobacter spp. est donc en réalité un peu plus élevé, bien que les<br />
laboratoires appartenant au Réseau sur Paris ne soient qu’une quinzaine.<br />
Dans l’enquête menée auprès des médecins généralistes parisiens, on peut d’emblée<br />
constater que malgré un taux de réponse satisfaisant (49 %), ce sont 51 médecins sur 100<br />
interrogés qui n’ont pas souhaité répondre sur le sujet des infections à Campylobacter spp.<br />
Le questionnaire n’a permis de colliger que des informations déclaratives : ces déclarations<br />
peuvent être sensiblement différentes de leurs pratiques réelles. De surcroît, les médecins<br />
interrogés ont répondu au questionnaire par mail ou par courrier de façon différée, et ont<br />
pu accéder à des données à ce sujet depuis leur cabinet d’exercice ou leur domicile : il est<br />
dès lors possible que l’on ait surévalué l’état de leurs connaissances au sujet de la<br />
campylobactériose. Par ailleurs, il est difficile de généraliser les résultats obtenus à toute la<br />
population de médecins généralistes exerçant en France (près de 80 000 en 2010), en raison<br />
des faibles dimensions de l’échantillon interrogé : il faudrait soumettre les questionnaires à<br />
des médecins généralistes sur une plus grande échelle géographique.<br />
4.2.2. Aspects positifs<br />
Le taux de réponses des laboratoires a été de 100 %, et aucun d’entre eux n’a su qu’il<br />
s’agissait d’un travail de thèse, car cela aurait pu modifier la spontanéité de leurs réponses.<br />
67
Contrairement à l’enquête menée auprès des médecins généralistes, les résultats obtenus<br />
peuvent probablement être généralisables à la France entière, car l’échantillon de<br />
laboratoires enquêtés est suffisamment représentatif par sa taille, et il n’y a pas de<br />
caractéristique régionale connue des infections à Campylobacter spp.<br />
Les médecins interrogés ont été randomisés via un logiciel générateur de nombre aléatoire,<br />
afin d’éviter tout biais de sélection et d’analyser les résultats de façon objective. Par ailleurs,<br />
les questionnaires soumis étaient parfaitement identiques, que les médecins aient choisi de<br />
répondre par voie postale ou électronique, et ont donc été analysés de façon égale. Le taux<br />
de réponse des médecins généralistes interrogés a été satisfaisant (49 %) pour ce type<br />
d’étude, grâce au système de relance effectué par mail et par courrier.<br />
Il est important de souligner que l’un des points forts de cette étude réside dans le fait que<br />
l’enquête des pratiques auprès des médecins généralistes et des laboratoires d’analyses<br />
médicales s’est effectuée dans une même zone géographique (Paris).<br />
4.3. PERSPECTIVES DE CHANGEMENT<br />
4.3.1. Évolution de l’épidémie<br />
Si depuis les dix dernières années, on observe en France comme en Europe une<br />
augmentation du nombre de cas d’infections à Campylobacter spp., faisant de lui le premier<br />
agent zoonotique responsable de diarrhées infectieuses, les autorités européennes<br />
compétentes considèrent cette zoonose émergente comme un réel enjeu de santé publique<br />
et planifient différents moyens d’action pour la maîtriser.<br />
Sur le plan vétérinaire, une modification de la réglementation communautaire est, comme<br />
nous l’avons dit précédemment, en cours de réflexion afin d’évaluer l’impact sur la santé<br />
68
publique des mesures de contrôle et procédés à utiliser pour réduire la présence de<br />
Campylobacter spp. chez les poulets au sortir d’abattoir. Mais suffit-il de proposer des<br />
procédés visant à assainir des lots de carcasses de poulet contaminées pour enrayer une<br />
zoonose de cette importance ? De nombreux pays adoptant déjà ces procédés enregistrent<br />
malgré tout un taux de notification élevé de cas d’infections à Campylobacter spp., la<br />
contamination par consommation de poulet contaminé mal cuit n’étant qu’un des modes de<br />
transmission possibles de ce germe.<br />
D’autre part, la perspective de développer un vaccin contre Campylobacter spp. chez<br />
l’homme fait pour l’instant partie du domaine de la recherche 51 et aucun essai concluant n’a<br />
récemment vu le jour 16 .<br />
4.3.2. Le rôle des laboratoires<br />
Il faut donc se tourner en partie du côté des laboratoires d’analyses médicales pour espérer<br />
une meilleure maîtrise des infections à Campylobacter spp., car mieux les diagnostiquer,<br />
c’est aussi mieux appréhender les sources potentielles de contamination, améliorer les<br />
connaissances épidémiologiques et cliniques chez l’homme, et espérer prévenir de nouvelles<br />
infections. De plus, l’évolution actuelle de la sensibilité de cette bactérie aux antibiotiques<br />
pourrait compromettre l’utilisation de règles d’antibiothérapie empiriques antérieurement<br />
établies, la détermination de l’antibiogramme sur la bactérie isolée s’avérant alors<br />
nécessaire pour garantir l’efficacité du traitement.<br />
Une des solutions actuellement adoptée en France est de recruter de nouveaux laboratoires<br />
pour participer au Réseau de surveillance des infections à Campylobacter, ce à quoi<br />
s’emploient l’InVS et le CNR, et d’accréditer progressivement tous les laboratoires de<br />
69
microbiologie afin de s’assurer de leurs bonnes pratiques d’analyse (notamment en termes<br />
de disponibilité et modalités de conservation des différents milieux de culture selon les<br />
germes recherchés). Une autre piste d’amélioration consisterait à rendre la recherche du<br />
Campylobacter spp. systématique dans toute coproculture, comme le suggérait déjà l’ANAES<br />
en 2003, ce qui supposerait de modifier ou mieux définir l’intitulé de la Nomenclature des<br />
Actes de Biologie Médicale de 2010, qui ne préconise cette recherche que « le cas échéant ».<br />
Enfin, il apparaît nécessaire d’uniformiser au niveau national comme européen les<br />
techniques de recherche du Campylobacter spp., : les techniques immuno-enzymatiques et<br />
la PCR Campylobacter pourraient être des techniques prometteuses 52 , car plus sensibles,<br />
plus reproductibles, et techniquement plus rapides à réaliser. Une étude récente 53 a<br />
comparé les résultats obtenus pour l’identification du Campylobacter spp. dans les selles en<br />
utilisant la culture (méthode de référence) versus des méthodes de biologie moléculaire<br />
(PCR) et des méthodes immuno-enzymatiques : près d’un tiers des Campylobacter spp.<br />
détectés par ces méthodes ne sont pas identifiés par la culture ; la spécificité et la valeur<br />
prédictive négative de ces méthodes « alternatives » se situent pour toutes entre 95 % et<br />
100 %, la sensibilité est d’environ 85 % pour la PCR multiplex, et de 90 % à 95 % selon les<br />
méthodes immuno-enzymatiques utilisées. Il est important de rappeler que ces méthodes<br />
« alternatives » ne dispenseront pas de réaliser la culture du germe et son antibiogramme,<br />
et représenteront un surcoût encore difficile à évaluer pour les laboratoires.<br />
4.3.3. Le rôle des médecins généralistes<br />
Le rôle des médecins généralistes est également déterminant dans la lutte contre les<br />
infections à Campylobacter spp. : s’il est important de mieux les diagnostiquer, il est<br />
également important de mieux les traiter tout en évitant des traitements mal ciblés ou<br />
70
inutiles qui participent au problème général d’aggravation de l’antibiorésistance. On voit que<br />
le choix de prescription le plus cité sont les fluoroquinolones, ce qui est en inadéquation<br />
avec les données récentes d’antibiorésistance de l’InVS (45 % de résistance aux<br />
fluoroquinolones en 2009) ; de plus cette famille d’antibiotiques est une de celles dont on<br />
essaie actuellement de préserver au maximum l’efficacité, et dont les prescriptions inutiles<br />
sont une source d’émergence de résistance individuelle et collective ultérieure.<br />
Une actualisation et une uniformisation par l’HAS des conduites à tenir en cas de diarrhée ou<br />
de suspicion de toxi-infection alimentaire, tant sur le plan des modalités diagnostiques que<br />
thérapeutiques, au vu de l’épidémiologie et des données de la science actuelles, semblent<br />
tout à fait nécessaires.<br />
Dès lors, une évaluation des pratiques professionnelles des médecins généralistes sur ce<br />
sujet serait possible : celle-ci consiste, par le biais du Développement Professionnel Continu<br />
(encadré par la loi HPST n° 2009-879 du 21 juillet 2009), à analyser son activité clinique par<br />
rapport aux recommandations professionnelles disponibles et actualisées par la Haute<br />
Autorité de Santé, à améliorer la qualité et la sécurité des soins délivrés aux patients après<br />
comparaison.<br />
71
CONCLUSION<br />
La campylobactériose, zoonose émergente et véritable enjeu de santé publique, reste au vu<br />
de notre enquête, largement méconnue et sous-diagnostiquée. Cette étude a permis de<br />
mieux préciser les connaissances, les modalités de diagnostic et de prise en charge des<br />
infections à Campylobacter spp. par les laboratoires et les médecins généralistes, et de<br />
proposer ainsi des axes d’améliorations possibles.<br />
Pour cela, 143 laboratoires de microbiologie (non affiliés au Réseau de surveillance) installés<br />
à Paris ont été interrogés sur leurs pratiques de recherche du Campylobacter spp. dans les<br />
coprocultures, la maladie se manifestant principalement par une entérite. Parallèlement, 49<br />
médecins appartenant à la même zone géographique que ces laboratoires ont accepté de<br />
répondre à un questionnaire concernant leurs pratiques diagnostiques, thérapeutiques et<br />
leurs connaissances des infections à Campylobacter spp.<br />
L’enquête réalisée a montré qu’en l’absence de prescription médicale explicite, seuls 52 %<br />
des laboratoires d’analyses médicales interrogés recherchaient systématiquement<br />
Campylobacter spp. dans les coprocultures, et 29 % selon des critères subjectifs dont la<br />
pertinence n‘a jamais été démontrée. Elle a également montré qu’un nombre insuffisant de<br />
coprocultures était demandé par les médecins interrogés en cas de diarrhée, les indications<br />
des examens de selles chez l’adulte n’étant connus que par 14 % d’entre eux. De plus, 43 %<br />
pensaient que la recherche du Campylobacter spp. dans la coproculture était systématique,<br />
ce qui laisse supposer qu’ils ne demandaient pas tous explicitement aux laboratoires de le<br />
rechercher. Notre enquête a également confirmé que la campylobactériose était méconnue<br />
des médecins généralistes interrogés : moins de la moitié d’entre eux citaient Campylobacter<br />
spp. comme étant un des deux principaux germes responsables de toxi-infection alimentaire,<br />
et moins d’un tiers connaissaient ses caractéristiques épidémiologiques (modes de<br />
72
transmission, populations touchées) et ses complications possibles. 39 % des médecins<br />
interrogés choisissaient en première intention une antibiothérapie par fluoroquinolone,<br />
alors que plus de 45 % des Campylobacter spp. y étaient résistants en 2009.<br />
Si l’on peut expliquer le caractère non systématique de la recherche du Campylobacter spp.<br />
par une culture techniquement plus contraignante et plus coûteuse que celles des germes<br />
usuels, et une réglementation imprécise, on peut néanmoins déplorer qu’en dix ans ces<br />
pratiques n’aient été que peu modifiées, et ce malgré la création du Réseau de Surveillance.<br />
Des techniques plus performantes de recherche du Campylobacter spp., et une<br />
uniformisation des pratiques rendant sa recherche plus systématique sont des pistes<br />
d’actualité qui devraient être mises en œuvre pour améliorer son diagnostic par les<br />
laboratoires. Parallèlement la prescription des coprocultures par les médecins généralistes<br />
n’est pas en adéquation avec les recommandations disponibles, dont l’existence est ignorée<br />
par une majorité d’entre eux. La méconnaissance qu’ont les médecins généralistes vis-à-vis<br />
de cette pathologie apparaît regrettable, bien qu’elle puisse s’expliquer en partie par sa<br />
couverture médiatique faible, n’entraînant que peu d’alertes sanitaires du fait de son<br />
caractère souvent sporadique, mais aussi par un manque d’évaluation claire de ses<br />
conséquences en termes de morbi-mortalité. Les médecins généralistes sont pourtant un<br />
pivot important de son diagnostic. Pour toutes ces raisons, il apparaît nécessaire qu’une<br />
actualisation et une uniformisation des recommandations portant sur les aspects<br />
diagnostiques des infections à Campylobacter spp. soient réalisées, et que des<br />
recommandations thérapeutiques en adéquation avec l’évolution des données de la science<br />
actuelle, notamment en termes d’antibiothérapie, soient publiées. Ceci pourrait permettre<br />
de limiter les conséquences cliniques potentiellement graves de cette maladie, et la<br />
progression de l’antibiorésistance, en particulier à l’égard des quinolones.<br />
73
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77
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detection of campylobacters in stool samples in comparison to culture. J Clin Microbiol<br />
2011;49:941-4.<br />
78
ANNEXES<br />
Annexe n° 1<br />
EXTRAIT DE LA NOMENCLATURE DES ACTES DE BIOLOGIE MÉDICALE 2010<br />
5207. Matières fécales ou prélèvement rectal (cotation B 180) :<br />
L’examen comprend :<br />
1° l’examen microscopique d’orientation, direct et après colorations adaptées ;<br />
2° l’identification des diverses espèces bactériennes après cultures systématiques (si<br />
nécessaire après enrichissement) ;<br />
3° l’étude de la sensibilité aux antibiotiques de toutes les espèces susceptibles d’engendrer<br />
un processus infectieux.<br />
Nota :<br />
a) Cet examen comprend, le cas échéant :<br />
- la recherche des Adénovirus et Rotavirus par technique immunologique,<br />
- les cultures en vue d’isoler et d’identifier Campylobacter, Yersinia.<br />
b) La recherche étendue à d’autres agents d’entérites nécessite une prescription explicite.<br />
Seront par exemple ainsi concernés Vibrio, Clostridium, divers pathotypes de Escherichia<br />
coli, ou des toxines microbiennes. Dans ce cas les actes 0214, 0215, 0237, 0238, 0239<br />
peuvent être cotés en sus.<br />
c) Le dénombrement des diverses espèces bactériennes (sur prescription et pour des cas<br />
particuliers).<br />
79
Annexe n° 2<br />
EXTRAIT DES RECOMMANDATIONS SUR « L’INDICATION DES EXAMENS DE SELLES CHEZ<br />
L’ADULTE », ANAES 2003<br />
Question 1 : Quand et comment prescrire un examen bactériologique des selles ?<br />
• Il n’y a pas lieu de prescrire une coproculture en cas de diarrhée chronique, sauf chez les<br />
malades immunodéprimés (grade C).<br />
• En cas de diarrhée aiguë, la prescription d’une coproculture ne sera envisagée qu’après<br />
avoir éliminé par l’interrogatoire une cause non infectieuse de diarrhées aiguës (grade C).<br />
• Une coproculture standard en spécifiant sur la demande « avec recherche de<br />
Campylobacter » et éventuellement de Yersinia doit être prescrite en cas de diarrhée aiguë<br />
dans les situations suivantes (grade C) :<br />
— diarrhée hémorragique ou syndrome dysentérique,<br />
— signes cliniques de gravité,<br />
— terrain fragile (grand âge, insuffisance rénale, valve cardiaque, immunodépression),<br />
— diarrhée aiguë persistant plus de trois jours,<br />
— forte probabilité d’avoir une diarrhée aiguë d’origine bactérienne,<br />
— toxi-infection alimentaire collective.<br />
• Une coproculture orientée ou une recherche de toxines de C. difficile doit être prescrite en<br />
cas de diarrhée aiguë dans les situations suivantes (grade C) :<br />
— retour d’un pays tropical (diarrhée du voyageur) lorsqu’un traitement probabilistique<br />
n’est pas instauré et si la coproculture standard est négative,<br />
— syndrome cholériforme au retour d’un pays situé dans une zone tropicale humide,<br />
— diarrhée liquide puis hémorragique lorsque la coproculture standard est négative,<br />
— diarrhée aiguë survenue au cours ou au décours (deux mois) d’une antibiothérapie : la<br />
recherche dans les selles de toxines de C. difficile doit être prescrite en cas de diarrhée aiguë<br />
persistant plus de 48 heures après l’arrêt des antibiotiques, lorsque l’arrêt des antibiotiques<br />
n’est pas envisageable, la diarrhée sévère ou survenant sur un terrain fragile.<br />
Question 2 : Comment interpréter un examen bactériologique des selles ?<br />
• L’examen microscopique réalisé sur selles fraîchement émises peut permettre d’identifier<br />
certaines bactéries mobiles (Campylobacter spp. et Vibrio spp.) (grade C). La présence de<br />
leucocytes et d’hématies dans les selles oriente vers une infection à germes invasifs<br />
(Salmonelles, Shigelles, Campylobacter) ou responsables de lésions muqueuses (C. difficile<br />
toxinogène) (grade C).<br />
• Chez un malade diarrhéique, la présence de Salmonelles, Shigelles, Campylobacter ou<br />
Yersinia à la coproculture standard doit toujours être considérée comme pathologique<br />
(grade B) ; la présence d’E. coli même en grande quantité à la coproculture standard ne doit<br />
pas être considérée comme pathologique (grade C). Staphylococcus aureus ne saurait être<br />
tenu responsable d’une diarrhée aiguë de durée supérieure à une journée (grade C). En<br />
médecine générale, la présence de Candida albicans dans les selles ne doit pas être<br />
considérée comme pathogène (accord professionnel).<br />
• Seules les souches d’E. coli entéro-hémorragiques sécrétrices de vérotoxines (prescriptions<br />
spécifiques et orientées) doivent être considérées comme pathogènes (grade B).<br />
• Seules les souches de C. difficile sécrétrices de toxines sont pathogènes (grade B).<br />
80
Annexe n° 3<br />
LE QUESTIONNAIRE AUX MÉDECINS GÉNÉRALISTES<br />
1. Pouvez-vous cocher les 2 germes qui, selon vous, sont les plus fréquemment responsables de toxiinfection<br />
alimentaire en France :<br />
Salmonelle<br />
Shigelle<br />
Yersinia<br />
Campylobacter<br />
E.Coli entéroinvasif<br />
Staphylococcus aureus<br />
NSP<br />
2. Avez-vous diagnostiqué au cours de l’année précédente une/des infection(s) à Campylobacter?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
3. Selon vous, quelle(s) population(s) est/sont le(s) plus touchée(s) ?<br />
Enfants<br />
Personnes âgées<br />
Tous âges<br />
Voyageurs<br />
Patients immunodéprimés<br />
NSP<br />
4. À votre avis, quel(s) sont le(s) mode(s) de transmission ?<br />
contact direct avec les animaux contaminés<br />
consommation de viandes mal cuites contaminées<br />
consommation de lait cru contaminé<br />
consommation d’aliments crus ayant été en contact avec des viandes contaminées<br />
consommation d’eau contaminée (y compris ingestion lors de baignades)<br />
NSP<br />
81
5. Pouvez- vous citer au moins 2 complications possibles d’une infection à Campylobacter ?<br />
Si oui, précisez lesquelles dans la case "autres"<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
Autre :<br />
6. Quel(s) symptôme(s) vous font prescrire une coproculture ?<br />
Diarrhée fébrile > 38°5<br />
Présence de glaires et/ou sang dans les selles<br />
Douleurs abdominales<br />
Diarrhée prolongée > 3 jours malgré traitement symptomatique<br />
Diarrhée au retour de voyage (pays tropical)<br />
Terrain fragile<br />
NSP<br />
7 .VOUS PRESCRIVEZ UNE COPROCULTURE.<br />
a / Pensez vous que les laboratoires font systématiquement la recherche de Campylobacter ?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
7 b / Si non, jugeriez-vous utile qu’ils effectuent la recherche de Campylobacter, même en l'absence<br />
de prescription de votre part ?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
7 c / Demandez-vous systématiquement un antibiogramme ?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
82
8. Quel antibiotique prescrivez-vous en première intention lorsque vous diagnostiquez une infection<br />
digestive à Campylobacter?<br />
9 a / Avez-vous une idée du taux de résistance du Campylobacter à l'AMOXICILLINE :<br />
< 10 %<br />
10 % à 50 %<br />
> 50 %<br />
NSP<br />
9 b / Avez-vous une idée du taux de résistance du Campylobacter aux FLUOROQUINOLONES :<br />
< 10 %<br />
10 % à 50 %<br />
> 50 %<br />
NSP<br />
10. Parmi le(s) message(s) de prévention que vous délivrez à l’égard de la famille et du patient<br />
infecté, afin d’éviter une contamination proche ou à l’avenir, lesquel(s)citez-vous fréquemment :<br />
Le lavage des mains systématique après être allé aux toilettes<br />
Le lavage des mains systématique après avoir changé un nourrisson<br />
Le lavage des mains systématique avant/après la préparation du repas<br />
Le lavage des mains systématique après avoir cuisiné de la viande crue<br />
Le lavage des toilettes, lavabos avec un produit javellisant<br />
Le lavage des instruments de cuisine/ récipients en contact avec de la viande crue avant<br />
réutilisation<br />
L’éviction du partage des couverts et des ustensiles de toilette (brosse à dents, serviettes<br />
de bain …)<br />
11 a / Avez-vous connaissance de recommandations de l’HAS sur l’indication des examens des selles<br />
chez l’adulte ?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
83
11 b / Si oui, vous ont-elles aidé dans votre exercice quotidien ?<br />
Si non, dites pourquoi dans la case "autre"<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
Autre :<br />
12 a /Avez-vous déjà visité le site internet de l’InVS sur le sujet des toxi-infections alimentaires ?<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
b / Si oui, l’avez-vous trouvé utile dans votre exercice quotidien ?<br />
Si non, dites pourquoi dans la case "autre"<br />
oui<br />
non<br />
NSP<br />
Autre :<br />
13. Quelles sont vos attentes en termes d’informations sur le sujet des infections alimentaires,<br />
notamment à Campylobacter ?<br />
84
LISTE DES ABRÉVIATIONS<br />
Afssa : Agence française de sécurité sanitaire des aliments<br />
ANAES : Agence Nationale d’Accréditation et d’Évaluation en Santé<br />
ANSES : Agence Nationale de Sécurité Sanitaire<br />
ARS : Agence Régionale de Santé<br />
BIOHAZ : Biological Hazards<br />
CA-SFM : Comité de l’Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie<br />
CDC : Centers for Disease Control and Prevention<br />
CNR : Centre National de Référence<br />
Cofrac : Comité Français d’Accréditation<br />
DDASS : Direction Départementale des Affaires Sanitaires et Sociales<br />
ECDC : European Centre for Disease Prevention and Control<br />
EFSA : European Food Safety Authority<br />
ESPID : European Society for Paediatric Infectious Diseases<br />
ESPGHAN : European Society for Paediatric Gastroenterology, Hepatology and Nutrition<br />
GBEA : Guide de Bonne Exécution des Analyses<br />
HAS : Haute Autorité de Santé<br />
IDSA : Infectious Diseases Society of America<br />
InVS : Institut de Veille Sanitaire<br />
ISO : International Organization for Standardization<br />
PCR : Polymerase Chain Reaction<br />
REMIC : Référentiel en Microbiologie Médicale<br />
WGO : World Gastroenterology Organisation<br />
85
RÉSUMÉ<br />
Titre : La diarrhée à Campylobacter spp. Quelles pratiques à modifier pour améliorer son<br />
diagnostic et sa prise en charge ? Enquête auprès de médecins généralistes et laboratoires<br />
de biologie parisiens.<br />
Résumé : La campylobactériose actuellement première zoonose alimentaire dans les pays<br />
industrialisés, pose de multiples problèmes de gestion sanitaire, de diagnostic,<br />
d’antibiorésistance. Elle est probablement sous-estimée en France. Objectif : Évaluer la<br />
connaissance de cette pathologie par les médecins généralistes, ainsi que la proportion et les<br />
motivations de la recherche de Campylobacter spp. par les laboratoires de ville. Enquête<br />
réalisée à Paris auprès des laboratoires de biologie médicale (non affiliés au réseau de<br />
surveillance) et de médecins généralistes. 143 laboratoires ont été interrogés par téléphone<br />
sur leur pratique de recherche du Campylobacter spp. par coproculture, 49 médecins<br />
généralistes ont répondu à un questionnaire portant sur leurs connaissances. Résultats :<br />
Sans prescription spécifique, seuls 52 % des laboratoires recherchaient systématiquement le<br />
Campylobacter lors d’une coproculture, 29 % selon leurs propres critères, 19 % ne le<br />
recherchaient pas. Les aspects cliniques et épidémiologiques de la campylobactériose<br />
étaient mal connus par la majorité des cliniciens. 39 % choisissaient en première intention<br />
une antibiothérapie par fluoroquinolone. Seuls 14 % avaient connaissance de<br />
recommandations sur les indications d’examens de selles. Conclusion : La méconnaissance<br />
des médecins et une recherche diagnostique qui reste aléatoire par les laboratoires sont<br />
probablement à l’origine d’une sous-estimation de cette pathologie en médecine de ville.<br />
Mots-clés : Campylobacter, diarrhée, fèces-examen, diagnostic bactériologique, résistance<br />
aux antibiotiques<br />
86
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