Contributions à l'étude de la classification spectrale et applications

4.1 Présentation du problème biologique 121
le montre la figure 4.1. Une fois la puce fabriquée, l’expression des gènes d’un échantillon biologique
peut être analysée. Les cibles sont obtenues par transcription inverse des ARN messagers extrait de
l’échantillon et par marquage simultané. Ce marquage est réalisé à l’aide de fluorophores spécifiques
(couleur rouge avec le cyanine5 et couleur verte avec le cyanine3) dans le cas de puce sur lame
de verre. Ces solutions sont déposées sur la puce, de telle sorte que les cibles déposées en excès
s’hybrident avec la séquence complémentaire sur la puce. L’utilisation des fluorophores différents
permet de déposer simultanément sur la puce deux échantillons différents, ce qui constitue un
avantage indéniable pour des approches différentielles où l’on compare le niveau d’expression des
gènes entre un tissu sain et tumoral, ou entre un organisme sauvage et mutant.
L’expression des gènes est un procédé consistant à convertir une séquence ADN en une protéine
(cette dernière participant à la construction des cellules, organes et assurant leur fonction). En
d’autres termes, elle permet la synthèse des protéines chargées d’exécuter le programme cellulaire.
Elle est principalement régulée au niveau de la copie de gènes en ARNm (transcription). La régulation
est assurée par la fixation des protéines inhibitrices (répresseurs) ou activatrices (activateurs)
sur les régions de l’ADN où débute la transcription des gènes (régions régulatrices).
Figure 4.1 – Principe des puces à ADN
Dans le cadre de nos expériences, une puce à lame de verre avec des marquages fluorophores
est utilisée. Deux cellules sont étudiées : l’espèce ’A17’ du Médicago Truncatula et son espèce
mutante résistant à la bactérie Ralstonia Solanacearum notée ’F83’. Dans les deux cas, la bactérie
est innoculée à ces deux espèces et les niveaux d’expression, à divers instants, d’une partie du
génome sont observés (cf figure 4.2).