Contributions à l'étude de la classification spectrale et applications
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4.1 Présentation du problème biologique 121<br />
le montre <strong>la</strong> figure 4.1. Une fois <strong>la</strong> puce fabriquée, l’expression <strong>de</strong>s gènes d’un échantillon biologique<br />
peut être analysée. Les cibles sont obtenues par transcription inverse <strong>de</strong>s ARN messagers extrait <strong>de</strong><br />
l’échantillon <strong>et</strong> par marquage simultané. Ce marquage est réalisé <strong>à</strong> l’ai<strong>de</strong> <strong>de</strong> fluorophores spécifiques<br />
(couleur rouge avec le cyanine5 <strong>et</strong> couleur verte avec le cyanine3) dans le cas <strong>de</strong> puce sur <strong>la</strong>me<br />
<strong>de</strong> verre. Ces solutions sont déposées sur <strong>la</strong> puce, <strong>de</strong> telle sorte que les cibles déposées en excès<br />
s’hybri<strong>de</strong>nt avec <strong>la</strong> séquence complémentaire sur <strong>la</strong> puce. L’utilisation <strong>de</strong>s fluorophores différents<br />
perm<strong>et</strong> <strong>de</strong> déposer simultanément sur <strong>la</strong> puce <strong>de</strong>ux échantillons différents, ce qui constitue un<br />
avantage indéniable pour <strong>de</strong>s approches différentielles où l’on compare le niveau d’expression <strong>de</strong>s<br />
gènes entre un tissu sain <strong>et</strong> tumoral, ou entre un organisme sauvage <strong>et</strong> mutant.<br />
L’expression <strong>de</strong>s gènes est un procédé consistant <strong>à</strong> convertir une séquence ADN en une protéine<br />
(c<strong>et</strong>te <strong>de</strong>rnière participant <strong>à</strong> <strong>la</strong> construction <strong>de</strong>s cellules, organes <strong>et</strong> assurant leur fonction). En<br />
d’autres termes, elle perm<strong>et</strong> <strong>la</strong> synthèse <strong>de</strong>s protéines chargées d’exécuter le programme cellu<strong>la</strong>ire.<br />
Elle est principalement régulée au niveau <strong>de</strong> <strong>la</strong> copie <strong>de</strong> gènes en ARNm (transcription). La régu<strong>la</strong>tion<br />
est assurée par <strong>la</strong> fixation <strong>de</strong>s protéines inhibitrices (répresseurs) ou activatrices (activateurs)<br />
sur les régions <strong>de</strong> l’ADN où débute <strong>la</strong> transcription <strong>de</strong>s gènes (régions régu<strong>la</strong>trices).<br />
Figure 4.1 – Principe <strong>de</strong>s puces <strong>à</strong> ADN<br />
Dans le cadre <strong>de</strong> nos expériences, une puce <strong>à</strong> <strong>la</strong>me <strong>de</strong> verre avec <strong>de</strong>s marquages fluorophores<br />
est utilisée. Deux cellules sont étudiées : l’espèce ’A17’ du Médicago Truncatu<strong>la</strong> <strong>et</strong> son espèce<br />
mutante résistant <strong>à</strong> <strong>la</strong> bactérie Ralstonia So<strong>la</strong>nacearum notée ’F83’. Dans les <strong>de</strong>ux cas, <strong>la</strong> bactérie<br />
est innoculée <strong>à</strong> ces <strong>de</strong>ux espèces <strong>et</strong> les niveaux d’expression, <strong>à</strong> divers instants, d’une partie du<br />
génome sont observés (cf figure 4.2).