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Stratégies de classification
- Approches :
Taxonomique : basée sur caractères phénotypiques visant à l’identification et à la nomenclature des bactéries.
- Morphologie
- Spores
- Flagelles
- Organisation de la paroi
- Relation à l’oxygène
- Type nutritionnel
- Bactéries photosynthétiques
- Bactéries chimiotrophes
- Lithotrophie (substrats nutritifs inorganiques)
- Organotrophie (substrats nutritifs organiques)
- Bactéries autotrophes
- Bactéries hétérotrophes
Phylogénétique : basée sur des caractères génotypiques et qui vise à établir l’évolution des bactéries.
- Composition de l’ADN [rapport (GC/GCAT)*100]
→ Rapport très variable chez les bactéries (20-78%) sans donner d’indication phylogénétique sûre.
→ >5% → il est probable que les bactéries n’appartiennent pas à la même espèce.
- Hybridation des acides nucléiques
- Hybridation ADN-ADN
- Hybridation ADN-ARNr
- Séquençage des ARNr
→ Pour cela il faut :
⇒ Une distribution universelle de la macromolécule
⇒ Une fonction identique
⇒ La possibilité d’aligner la macromolécule
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