Atelier Logiciel saisie et traitement enquêtes avec corrections - RéQua

Aide à l’utilisation
des logiciels de recueil et
d’analyse d’enquêtes
Atelier RéQua
Dr Valentin DAUCOURT

Deux logiciels pour deux étapes
• Saisie des données
– Epidata
– http://www.epidata.dk/
• Analise des données
– Excel ou équivalent gratuit

• Intérêts d’Epidata
– logiciel gratuit
Epidata
– saisie des données après collecte sur un
support papier (sur un masque de données
standardisé)
– contrôles à la saisie

Epidata : les étapes
• Création du questionnaire (.qes)
– fichier qui définit la structure du questionnaire
• Création du fichier de données (.rec)
– fichier qui contient les données saisies
• Programmation des contrôles à la saisie
(.chk)
– fichier qui contient les règles de validation
définies pour chacun des champs de saisie

Epidata : création du questionnaire
• Lancer le logiciel EpiData
– raccourci sur le bureau
– ou Démarrer Programmes EpiData EpiData 3.1
• Cliquer sur le bouton « Questionnaire » et choisir
« Nouveau fichier.qes »

Epidata : création du questionnaire
• Page de traitement de texte classique
– on commence par noter le titre et les soustitres
– puis on crée les variables pour chaque
variable existant sur le questionnaire papier

Epidata : création du questionnaire
• Nom de variable
– premier mot de la zone de texte à la gauche
du champ
– 2 à 8 caractères
– sans espaces, ni accent ni certains signes
spéciaux (>,

Epidata : création du questionnaire
• Les différents types de variables
– numérique
– texte
– date
– autres

Epidata : création du questionnaire
• Les variables numériques
– Exemple
• Age
• Glycémie
– Chaque # correspond à un caractère chiffré
(entier ou décimal)
• Age ### (ans)
• Glycemie ##.# (mmol/l)

Epidata : création du questionnaire
• Les variables texte (ou alpha-numériques)
– Exemple
• Conformité à un critère (Oui, Non, Non applicable)
• Classification (si choix unique)
• Nom d’un service
– Chaque _ correspond à un caractère
alphanumérique
• Conformite _ (0:Non ; 1:Oui ; 9:Ne sait pas)
• OrigAVC _ (1:Ischémique ;
2:Hémorragique ; 9:Inconnu)
• Service ________________________

Epidata : création du questionnaire
• Les variables date
– Exemple
• Date d’admission, date de saisie
– Ecriture
• DatAdm
• DatSaisie
• La variable Idnum
– Devrait débuter tout questionnaire
– Permet de donner un numéro automatique à la saisie
– NumUniq

Epidata : création du questionnaire
• Après chaque variable
– préciser la façon dont doivent être saisies les
données
• pour IDNUM : « automatique, ne rien saisir »
• pour service : « en clair » ou « en toutes lettres »
• pour un critère de conformité: « 0 : non ; 1 : oui »

Epidata : création du questionnaire
• Exercice 1
– Traduction d’une grille de recueil en
questionnaire Epidata
Service : …………………………………………………………………… Numéro patient : ……………
Age : ………… ans Sexe : M F
Date et heure d’admission aux Urgences : ………/………/……… à ……… h ……… min
Origine de l’AVC : Athéro-thrombotique Hémorragique Indéterminée
Examen(s) réalisé(s) aux urgences Oui Non
Examen(s) réalisé(s) : Scanner sans injection Scanner avec injection IRM
Date et heure d’admission dans le service : ………/………/……… à ……… h ……… min

Epidata : création du questionnaire
• Exercice 1

Epidata : création du questionnaire
• La dernière étape de création
– enregistrement du fichier Exercice1.qes

Epidata : création du fichier de données
• Cliquer sur le bouton « Fichier de
données »
• Puis choisir Créer le fichier de données et
enregistrer le fichier Exercice1.rec

Epidata : programmation des contrôles à la saisie
• Cliquer sur le bouton « Contrôles »
• Puis chercher le fichier Exercice1.rec

Epidata : programmation des contrôles à la saisie
• Chaque variable peut faire l’objet d’un contrôle
lors de la saisie
• Création d’un fichier .chk à toujours conserver
dans le même répertoire que le fichier .rec
• On se sert de la
boîte de dialogue
pour programmer
les différents
contrôles, après
s’être positionné
sur la variable à
contrôler

Epidata : programmation des contrôles à la saisie
• Les différents contrôles
– Limiter la saisie des nombres à un
intervalle donné ou à un certain nombre
de valeurs prédéfinies
• Oui/Non/NA
– saisir « 0,1,9 » dans la case Range, Legal
• Age en gériatrie : de 50 à 120 ans
– saisir « 50-120 » dans la case Range, Legal
– Répéter automatiquement une valeur
d’un enregistrement à l’autre
• Service par exemple
– saisir « Yes » dans la case Repeat

Epidata : programmation des contrôles à la saisie
• Les différents contrôles
– Rendre obligatoire la saisie d’une
donnée
• saisir « Yes » dans la case Must enter
– Sauts en fonction de la saisie
• Exercice
• Saut d’une ou plusieurs questions en cas de
réponse négative (0) à une variable
– saisir « 0>NomVariable » dans la case
Jumps
– Programmer le fichier de contrôle pour
Exercice1.rec

Epidata : saisie des données
• Pour débuter la saisie
– Cliquez sur le bouton « 4. Saisie »
– Dans la boîte qui s’ouvre, indiquez le répertoire où se
trouve le fichier « .rec » sur lequel vous souhaitez
saisir des données, puis sélectionnez ce fichier et
appuyez sur le bouton « Ouvrir »

Epidata : saisie des données
• Vue de la personne saisissant les données

Epidata : saisie des données
• Modalités de saisie
– On se déplace d’une variable à l’autre en
saisissant les données
• si champ complet : passage automatique à la
variable suivante
• si champ incomplet, on se déplace en faisant
« Entrée » ou par la flèche
– Les contrôles à la saisie permettent de limiter
les valeurs possibles ; si une autre valeur est
saisie, un message d’erreur apparait

Epidata : saisie des données
• Modalités de saisie
– Quand toutes les variables
ont été renseignées et que
l’on arrive à la fin du
questionnaire, une boîte
de dialogue apparaît pour
demander confirmation de
l’enregistrement des
données
• si vous appuyez sur la touche « oui », vous passez à un
nouveau questionnaire (n°2)
• si vous appuyez sur la touche «non », vous restez sur le même
questionnaire (n°1), où vous pouvez éventuellement modifier
des données

Epidata : saisie des données
• Modification des questionnaires
– il est possible de revenir à un enregistrement
précédent pour le vérifier ou le modifier
• on utilise les flèches en bas et à gauche de l’écran
• on utilise les flèches en bas et à gauche de l’écran
ces flèches (de gauche à droite) permettent de se
rendre au premier enregistrement (n°1), à
l’enregistrement précédent, à l’enregistrement
suivant et au dernier enregistrement

Epidata : saisie des données
• Suppression d’un questionnaire
– il est possible de supprimer un enregistrement (en
cas d’exclusion tardive, de saisie d’un doublon…)
• on se place sur l’enregistrement concerné et on appuie
simultanément sur les touches « Maj » (ou « Shift ») et «
Suppr » (ou « Del ») ; la mention « DEL » apparaît en bas à
gauche
• l’enregistrement peut être réactivé en procédant de la même
manière

Epidata : saisie des données
• Arrêt de la saisie
– On peut à tout moment arrêter la saisie des données
et quitter le module de saisie en appuyant
simultanément sur les touches « Ctrl » et « F4 » ou
sur la croix en haut à droite
– A la fermeture, une boîte de dialogue apparaît pour
demander confirmation de l’enregistrement des
données : appuyer sur la touche « Oui »
– quand on rouvre le fichier, celui-ci se place
automatiquement sur un nouvel enregistrement
(après le dernier saisi) ; il est donc préférable
d’arrêter la saisie à la fin d’un questionnaire

Epidata : export des données
• Pour exporter les données après avoir saisi l’ensemble
des données
– appuyer sur le bouton « 6. Exporter les données »
– choisir l’option « Excel »
– dans la boîte qui s’ouvre, indiquer le répertoire où se trouve le
fichier « .rec », puis sélectionner ce fichier et appuyer sur le
bouton « Ouvrir »
– il est possible de sélectionner différentes options (numéros des
enregistrements, sélection des variables à exporter, export ou
non des fichiers effacés, utilisation d’un filtre…)
• conserver les options par défaut
– par défaut, le fichier « .xls » (Excel) sera exporté dans le même
répertoire que le fichier « .rec »

Excel
• Après l’export, un passage obligé par le blocnotes…
– Ouvrir le fichier Excel
• Copier l’ensemble des données (Ctrl+A puis Ctrl+C)
– Ouvrir le bloc-notes (Démarrer, Programmes,
Accessoires)
• Coller les données (Ctrl+V)
• Copier l’ensemble des données du bloc-notes (Ctrl+A puis
Ctrl+C)
– Retourner sur Excel
• Se placer dans la case A1
• Coller les données (Ctrl+V)

Excel : les formules simples
• Comptage
– nombre d’enregistrements dans une plage de
cellules qui correspondent à une certaine
valeur ou condition
• =NB.SI(plage;condition)
• Nombre d'hommes ?
=NB.SI(E2:E24;1) ou =NB.SI($E$2:$E$24;1)
• Nombre de patients de 70 ans et plus ?
=NB.SI(D2:D24;">=70")
le $ permet de ne pas modifier la plage de données
quand on étend ou copie la cellule

Excel : les formules simples
• Comptage spécial
– nombre d’enregistrements dans une plage de cellules qui
correspondent à des cellules non vides
• =NBVAL(plage)
• Nombre de patients dont on connaît le sexe ?
=NBVAL(E2:E24)
– nombre d’enregistrements dans une plage de cellules qui
correspondent à des valeurs numériques (utile si utilisation de
formules car celles-ci sont considérées comme non vides)
• =NB(plage)
• Nombre de patients dont on connaît l’âge ?
=NB(D2:D24)

Excel : les formules simples
• Comptage spécial (suite)
– nombre d’enregistrements dans une plage de cellules
qui correspondent à des cellules vides
• =NB.VIDE(plage)
• Nombre de patients dont on ne connaît pas le sexe ?
• La somme
=NB.VIDE(E2:E24)
– somme des valeurs de tous les enregistrements dans
une plage de cellules
• =SOMME(plage)
• Nombre total d'examens pratiqués en urgence ?
=SOMME(K2:M24)

Excel : les formules simples
• La moyenne
– donne la moyenne des valeurs de tous les enregistrements dans
une plage de cellules
• =MOYENNE(plage)
• Age moyen des patients ?
=MOYENNE(D2:D24)
• Sur le même thème
– MEDIANE(plage) : renvoie la médiane (50% des valeurs en
dessous et 50% au dessus)
– MIN(plage) : renvoie la valeur minimale
– MAX(plage) : renvoie la valeur maximale

Excel : le calcul de nouvelles variables
• La fonction Si
– permet de donner des valeurs différentes à une
variable en fonction de 2 conditions (ou plus en
imbriquant les SI)
• =SI(condition;valeur_si_vrai;valeur_si_faux)
• Nouvelle variable (colonne S) : patients de 80 ans et plus ?
=SI(D2>79;1;0)
• Nouvelle variable (colonne T) : 3 classes d'âge (1 : 0 à 60 ; 2
: 61 à 80 ; 3 : plus de 80) ?
=SI(D2

Excel : le calcul de nouvelles variables
• Attention aux cellules vides !!
– Dans le calcul de certaines fonctions, les cellules
vides peuvent être considérées comme un 0
– Exemple :
• si un âge est manquant, et qu'on applique la formule utilisée
pour les 3 classes d'âge (1:0 à 60 ; 2:61 à 80 ; 3:plus de 80)
=SI(D2

Excel : le calcul de nouvelles variables
• Les fonctions Et / Ou
– ET : toutes les conditions (2 ou plus) doivent être
remplies
• =SI(ET(condition1;condition2);valeur_si_vrai;valeur_si_faux)
• Nouvelle variable (colonne V) : hommes de 80 ans et plus ?
=SI(ET(D2>79;E2=1);1;0)
– OU : au moins une des conditions (2 ou plus) doit être
remplie
• =SI(OU(condition1;condition2);valeur_si_vrai;valeur_si_faux)
• Nouvelle variable (colonne W) : patients de moins de 60 ans
ou de plus de 80 ans ?
=SI(D2="";"";SI(OU(D280);1;0))

Excel : le calcul de nouvelles variables
• Le calcul d'un délai
– un cas simple : le délai entre 2 dates (dd/mm/yyyy)
• on soustrait les deux dates (en éliminant les cas où une des
deux dates serait manquante)
• il est parfois nécessaire de changer le format de la cellule qui
a pu se transformer en Format Date (01/01/1900 au lieu de
1) ; pour cela, on sélectionne la ou les cellules à modifier,
puis on va dans l'onglet Format, puis Cellule, et on choisit le
format Standard
• Délai en jours entre ADMISSION et TRANSFERT (colonne
X) ?
=SI(OU(F2="";N2="");"";N2-F2)

Excel : le calcul de nouvelles variables
• Le calcul d'un délai
– un cas plus complexe : le délai en minutes pour des
dates sur 3 colonnes (Date, Heure, Minutes)
• on soustrait les deux dates (multiplié par 60x24), puis les
deux heures (multiplié par 60), puis les deux minutes, et on
additionne le tout
• on pense toujours à éliminer les cas où une des six valeurs
serait manquante ; on peut éventuellement considérer que
les minutes ne sont pas essentielles et assimiler les minutes
manquantes à 0
• Délai en minutes entre ADMISSION et TRANSFERT
(colonne Y) ?
=SI(OU(F2="";G2="");"";SI(OU(N2="";O2="");"";(N2-
F2)*60*24+(O2-G2)*60+(P2-H2)))

Excel : le calcul de nouvelles variables
• Le calcul d'un délai
– calcul du délai en heures à partir du délai en minutes
• on divise le délai en minutes par 60 (colonne Z) ?
=SI(Y2="";""; Y2/60)
• on peut arrondir le chiffre des heures pour éviter des
décimales d'heures avec la formule ARRONDI
=ARRONDI(Valeur;Nombre_de_décimales_souhaitées)
• Délai arrondi en heures entre ADMISSION et TRANSFERT
(colonne AA) ?
=SI(Y2="";"";ARRONDI(Y2/60;0))

Excel : la formule magique…
• La fonction SOMMEPROD
– Elle permet de calculer le nombre d'enregistrements
vérifiant deux conditions ou plus
– Elle permet ainsi de faire des tris croisés, sans passer
par les tableaux croisés dynamiques d'Excel
=SOMMEPROD((plage=condition1)*(plage=condition2))
– Un préalable utile
• Créer une nouvelle variable "enregistrement à inclure", qui va
servir de 1 ère condition dans toutes nos formules (colonne R)
=SI(A2"";1;0)

Excel : la formule magique…
• La fonction SOMMEPROD
– Intérêt de la fonction SOMMEPROD
• On peut se placer sur une autre feuille du fichier
Excel et avoir une mise en page des résultats

Excel : la formule magique…
• La fonction SOMMEPROD : exemples
– Nombre total de patients inclus ?
=SOMMEPROD((Saisie!$R$2:$R$24=1)*(Saisie!$A$2:$A$24""))
– Proportion de patients de sexe féminin ?
=100*SOMMEPROD((Saisie!$R$2:$R$24=1)*(Saisie!$E$2:$E$24=1))/(SO
MMEPROD((Saisie!$R$2:$R$24=1)*(Saisie!$A$2:$A$24""))-
SOMMEPROD((Saisie!$R$2:$R$24=1)*(Saisie!$E$2:$E$24="")))

Excel : la formule magique…
• La fonction SOMMEPROD : exemples
– Nombre total de patients masculins de moins de 60 ans
(attention aux valeurs manquantes) ?
=SOMMEPROD((Saisie!$R$2:$R$24=1)*(Saisie!$E$2:$E$24=1)*(
Saisie!$D$2:$D$24"") *(Saisie!$D$2:$D$2460))/SOMMEPROD((Saisie!$R$2:$R$2
4=1)*(Saisie!$I$2:$I$24=1))

Excel : les formules matricielles
• Intérêt
– Utilisation des formules simples, mais avec une ou plusieurs
conditions (un peu comme SOMMEPROD)
– Formules concernées : MOYENNE, MEDIANE, SOMME, NBVAL,
NB…
– On peut imbriquer plusieurs conditions
– =FORMULE(SI(plage1=condition1;SI(plage2=condition2;plage)))
– Attention !!
• Pour que ça fonctionne, il faut être « dans » la cellule et appuyer à la fin sur
CTRL+MAJ+Entrée

Excel : les formules matricielles
• Exemples
– Délai moyen en heures entre admission et service pour les hommes
de plus de 60 ans ?
=MOYENNE(SI(Saisie!$AA$2:$AA$24"";SI(Saisie!$E$2:$E$24=1;SI(Saisie!$D$
2:$D$24>60;Saisie!$AA$2:$AA$24))))
– Nombre de patients ayant eu un scanner et un IRM chez les
patients avec AVC d’origine athéro-thrombotique ?
=NB(SI(Saisie!$A$2:$A$24"";SI(Saisie!$I$2:$I$24=1;SI(Saisie!$K$2:$K$24=1;SI
(Saisie!$M$2:$M$24=1;Saisie!$A$2:$A$24)))))