PhyloAlpes - Échantillonnage systématique de la biodiversité végétale
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important travail <strong>de</strong> séquençage génétique <strong>de</strong> masse afin d’é<strong>la</strong>borer une banque <strong>de</strong><br />
séquences ADN pour toute <strong>la</strong> flore alpine. Ces données génétiques serviront ensuite à :<br />
(i) inférer les re<strong>la</strong>tions phylogénétiques <strong>de</strong> l’ensemble <strong>de</strong>s espèces <strong>de</strong> <strong>la</strong> flore alpine et<br />
donc <strong>de</strong> retracer son histoire <strong>de</strong> diversification évolutive ; et,<br />
(ii) développer un co<strong>de</strong> barre ADN pour les espèces <strong>végétale</strong>s <strong>de</strong> <strong>la</strong> zone d’étu<strong>de</strong>, utile<br />
pour l’évaluation standardisée et le monitoring <strong>de</strong> <strong>la</strong> <strong>biodiversité</strong> <strong>végétale</strong>.<br />
Ce projet implique non seulement <strong>de</strong>s partenaires français (Parcs Nationaux alpins,<br />
Conservatoires Botaniques Nationaux alpin et méditerranéen) mais aussi <strong>de</strong>s partenaires<br />
étrangers pour étendre l’échantillonnage à l’ensemble <strong>de</strong> l’Arc Alpin.<br />
9. Approches/métho<strong>de</strong>s: quelques lignes<br />
Le projet se base sur <strong>la</strong> liste <strong>de</strong> taxons reconnus vali<strong>de</strong>s par le CBNA (et mise en<br />
re<strong>la</strong>tion avec <strong>la</strong> délimitation taxonomique <strong>de</strong> Flora Alpina), ce qui équivaut à environ 3,000<br />
espèces pour le seul domaine alpin français. Chaque espèce est échantillonnée dans<br />
<strong>de</strong>ux popu<strong>la</strong>tions distinctes et les échantillons conservés dans du silicagel. Chaque<br />
échantillon d’espèce est aussi accompagné d’un échantillon d’herbier, qui pourra par<br />
ailleurs être conservé par le CBNA pour <strong>la</strong> confection d’un herbier <strong>de</strong> référence.<br />
Ces échantillons sont ensuite utilisés pour, après extraction <strong>de</strong> l’ADN, réaliser un<br />
séquençage massif (pyroséquençage, technologie So<strong>de</strong>xa ou prochaine génération) sur<br />
<strong>de</strong>s régions cibles du génôme nucléaire et/ou chlorop<strong>la</strong>stique. Ces données <strong>de</strong> séquence<br />
seront ensuite utilisées pour développer :<br />
- <strong>de</strong>s analyses phylogénétiques : nous utiliserons une approche mixte entre supermatrice<br />
et super-arbre, ou les recherches heuristiques (métho<strong>de</strong> bayésienne)<br />
seront contraintes par les re<strong>la</strong>tions phylogénétiques connues (et <strong>la</strong>rgement<br />
vraisemb<strong>la</strong>bles) entre grands c<strong>la</strong><strong>de</strong>s angiospermes.<br />
- <strong>de</strong>s co<strong>de</strong>s barres ADD qui seront dans <strong>la</strong> mesure du possible spécifique <strong>de</strong> chaque<br />
espèce <strong>de</strong> <strong>la</strong> région d’étu<strong>de</strong>.<br />
10. Résultats attendus: 1/2 page environ<br />
Les résultats auront <strong>de</strong>s implications à <strong>la</strong> fois appliquées et fondamentales.<br />
(i) Du point <strong>de</strong> vue appliqué, les résultats permettront le développement <strong>de</strong> nouvelles<br />
métriques <strong>de</strong> <strong>biodiversité</strong> prenant en compte l’histoire évolutive <strong>de</strong>s espèces. Ces<br />
métriques pourront être utilisées pour caractériser <strong>la</strong> distribution actuelle et future <strong>de</strong> <strong>la</strong><br />
<strong>biodiversité</strong> dans un contexte <strong>de</strong>s changements globaux. Ce projet servira aussi au<br />
développement <strong>de</strong> techniques <strong>de</strong> mesures standardisées <strong>de</strong> a <strong>biodiversité</strong>, notamment via<br />
le développement e co<strong>de</strong> barres spécifiques, permettant l’évaluation rapi<strong>de</strong> <strong>de</strong>s espèces<br />
présentes dans un milieu donné.<br />
(ii) Du point <strong>de</strong> vue fondamental, les résultats <strong>de</strong> ce projet permettront aussi <strong>de</strong><br />
comprendre quels mécanismes évolutifs ont permis l’émergence et <strong>la</strong> diversification <strong>de</strong> <strong>la</strong><br />
flore alpine, c’est à dire l’émergence d’espèces adaptées aux milieux alpins. On s’attendra<br />
notamment à ce que l’évolution <strong>de</strong> traits fonctionnels permettant une adaptation aux<br />
conditions climatiques stressantes aient constitué <strong>de</strong>s adaptations clefs pour <strong>la</strong><br />
colonisation <strong>de</strong>s milieux alpins, et l’émergence du biome alpin. Cette histoire évolutive <strong>de</strong><br />
<strong>la</strong> flore alpine pourrait aussi influencer <strong>la</strong> structure <strong>de</strong>s communautés <strong>végétale</strong>s actuelles,<br />
avec notamment certaines communautés composées d’espèces phylogénétiquement plus<br />
proches (phylogenetic clustering) dans les milieux très stressants (donc impliquant un filtre<br />
sélectif important). Ceci pourrait aussi jouer un rôle très important dans <strong>la</strong> réponse <strong>de</strong>s<br />
communautés alpines aux changements climatiques.