Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
<strong>Biologian</strong> <strong>koulutusohjelma</strong><br />
Opetuskieli: englanti<br />
Molekyylievoluutio 4 op / 2 ov (753327A,<br />
753627S)<br />
Tavoite: <strong>Opinto</strong>jakson suoritettuaan opiskelija<br />
ymmärtää keskeiset molekyylievoluution<br />
tutkimusmenetelmät joilla pystytään selvittämään<br />
eliökunnan historiaa ja evoluutiossa<br />
vaikuttavia mekanismeja. Opiskelija ymmärtää<br />
tärkeimmät evoluutiomekanismit jotka<br />
vaikuttavat sekä genomin rakenteeseen että<br />
sekvensseihin. Opiskelija tuntee keskeiset<br />
käsitteet ja kykenee lukemaan tieteellisiä<br />
artikkeleita molekyylievoluution alalta.<br />
Sisältö: Nukleotidikorvautumisnopeuksien<br />
estimointi perusmenetelmin, fylogeneettisten<br />
puiden rakentaminen parsimonia- ja etäisyyksiin<br />
perustuvin menetelmin. Genomin<br />
rakenteen ja koon evoluutio. Ajankohtaisia<br />
artikkeleita molekyylievoluution alalta.<br />
Työtavat: 24 h lu, 12 h laskuharj./sem, 50 h<br />
itsenäistä opiskelua, te.<br />
Oppimateriaali ja kirjallisuus: Oheiskirjallisuutta,<br />
oppikirja Graur, D. ja Li, W.-H. 1999:<br />
Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer,<br />
Massachusetts.<br />
Suoritustavat:: Kotitehtävät, tentti/kotitentti.<br />
Arviointi: 1-5 / hylätty.<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: LuK -tutkinto 2. sl BT:<br />
vaihtoeht, FM -tutkinto BTg: pak. Soveltuu<br />
hyvin kaikille biologeille ja monille muillekin,<br />
esim. biokemisteille.<br />
Opetuskieli: Suomi / englanti.<br />
Vastuuhenkilö: Helmi Kuittinen.<br />
Molekyylievoluution harjoitukset 4 op / 2<br />
ov (753622S)<br />
Tavoite: <strong>Opinto</strong>jakson suoritettuaan opiskelija<br />
osaa analysoida lajien välisiä sekvenssieroja,<br />
soveltaen aikaisemmissa opinnoissa<br />
saatuja tietoja bioinformatiikasta ja molekyylievoluutiosta.<br />
Opiskelija osaa hakea tietoa<br />
sekvenssi- ym. tietokannoista, karakterisoida<br />
sekvenssejä, arvioida nukleotidikorvautumisia,<br />
tehdä sekvenssien rinnastuksia, rakentaa<br />
fylogeneettisia puita ja arvioida niiden<br />
luotettavuutta. Opiskelija osaa tehdä molekyylievoluutioon<br />
liittyvän tieteellisen kysymyksenasettelun<br />
ja testata sitä sekvenssiaineistoa<br />
käyttäen.<br />
Sisältö: Sekvenssitietokannat, menetelmät ja<br />
tietokoneohjelmat joilla käsitellään ja analysoidaan<br />
tietokannoista haettavia DNA- tai<br />
aminohapposekvenssejä, sekä ajankohtaiset<br />
tieteelliset artikkelit. Työ tehdään valtaosin<br />
tietokoneluokassa.<br />
Työtavat: 48 h harj., dem, itsenäistä laboratoriotyöskentelyä<br />
sisältäen kotitehtävät ja<br />
raportit.<br />
Suoritustavat: raportoitu harjoitustyö, kotitehtävät<br />
Arviointi: 1-5 / hylätty.<br />
Yhteys muihin opintojaksoihin: Edeltävinä<br />
opintoina Bioinformatiikka (753629S) ja<br />
Molekyylievoluutio (753327A).<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: FM -tutkinto 1. kl,<br />
BTg, mieluiten samana lukukautena kuin<br />
Bioinformatiikan luennot (753629S).<br />
Opetuskieli: Suomi/englanti.<br />
Vastuuhenkilö: Helmi Kuittinen.<br />
Molekyylimenetelmien harjoitukset I 4 op /<br />
2 ov (750364A)<br />
Tavoite: <strong>Opinto</strong>jakson suoritettuaan opiskelija<br />
hallitsee DNA-työskentelyn perusmenetelmiä:<br />
Opiskelija osaa eristää DNA:ta eri<br />
eliöistä, arvioida DNA:n laatua ja määrää,<br />
monistaa DNA-jaksoja PCR-menetelmällä,<br />
suunnitella PCR-alukkeita, sekvensoida<br />
DNA- jaksoja sekä tehdä fragmenttianalyysiä.<br />
Opiskelija pystyy jossain määrin arvioimaan<br />
työnsä onnistumista ja optimoimaan<br />
laboratoriomenetelmiä.<br />
Sisältö: Genomisen DNA:n eristys, DNAjaksojen<br />
monistaminen (PCR), alukkeiden<br />
suunnittelu, DNA:n sekvensointi Sangerin<br />
dideoksimenetelmällä ja fragmenttianalyysi<br />
(esim. mikrosatelliitit), sekä sekvenssien<br />
käsittelyyn ja fragmenttianalyysiin tarvittavat<br />
tietokoneohjelmat.<br />
Työtavat: 48 h dem ja harj., 50 h itsenäistä<br />
työskentelyä sisältäen kotitehtävät ja raportit.<br />
Yhteys muihin opintojaksoihin: Edeltävänä<br />
opintona Genetiikan perusteiden harjoitukset<br />
(753104).<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: LuK -tutkinto 2. kl.<br />
BT: pak, FM -tutkinto 1. kl sopii EKO, jotka<br />
suuntautuvat populaatio- tai evoluutioekologiaan.<br />
Suoritustavat: Raportoidut harjoitustyöt.<br />
Arviointi: 1-5 / hylätty.<br />
Opetuskieli: Suomi / englanti.<br />
Vastuuhenkilö: Helmi Kuittinen.<br />
Molekyylimenetelmien harjoitukset II 4 op<br />
/ 3 ov (750365A)<br />
Tavoite: Opiskelija osaa tutkia geenien<br />
toimintaa eri tasoilla (transkriptio, translaatio)<br />
ja ymmärtää eri menetelmien edut ja rajoitukset.<br />
66
Change language