Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
Opinto-opas 2009-2010, Biologian koulutusohjelma
You also want an ePaper? Increase the reach of your titles
YUMPU automatically turns print PDFs into web optimized ePapers that Google loves.
<strong>Biologian</strong> <strong>koulutusohjelma</strong><br />
evoluutiohistorian selvittäminen.<br />
Työtavat: 12 h lu, 2 h sem, 20 h harj, itsenäistä<br />
työskentelyä.<br />
Oppikirja: Mount, D.W. 2000: Bioinformatics,<br />
sequence and genome analysis. Cold Spring<br />
Harbor Laboratory Press. 564 s.<br />
Yhteys muihin opintojaksoihin: Edeltävänä<br />
opintona biologian opiskelijoilla kurssi Genetiikan<br />
perusteet (753124P), Molekyylievoluution<br />
(753327A) suorittamista edeltävänä<br />
opintona suositellaan.<br />
Suoritustavat: Raportit, seminaariesitys.<br />
Arviointi: 1-5 / hylätty.<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: LuK -tutkinto 2. vsk,<br />
kl, BT: pak, suositellaan muille suuntautumisvaihtoehdoille.<br />
Sopii myös biokemian opiskelijoille.<br />
Lisätiedot: Edeltävänä opintona suositellaan<br />
biologian opiskelijoilla Genetiikan perusteet<br />
(753124P) ja Molekyylievoluution (753327A)<br />
suorittamista<br />
Opetuskieli: Suomi / englanti.<br />
Vastuuhenkilö: Minna Ruokonen.<br />
Bioinformatiikka 4 op / 2 ov (753629S)<br />
Tavoite: Opiskelija on perehtynyt genomien<br />
ja geenisekvenssien analyysin laskennallisiin<br />
menetelmiin genetiikan näkökulmasta.<br />
Sisältö: Genomien sisällön analysoinnin<br />
bioinformaattiset menetelmät, sekvenssien<br />
evoluution tutkimusmenetelmät, uusien<br />
sekvensointimenetelmien aineistojen analysointi.<br />
Kurssi liittyy kiinteästi kurssiin Molekyylievoluution<br />
harjoitukset.<br />
Työtavat: 24 h lu, 12 h seminaari, itsenäistä<br />
työskentelyä 60 h, te tai oppimispäiväkirjan<br />
laatiminen.<br />
Yhteys muihin opintojaksoihin: Edeltävinä<br />
opintoina kurssien Molekyylievoluutio<br />
(753327A) ja Bioinformatiikan perusteet<br />
(750340A) suoritus. Edellytyksenä kurssille<br />
Molekyylievoluution harjoitukset (753622S)<br />
osallistumiselle.<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: FM-tutkinto 1. vsk, kl,<br />
BTg, mieluiten samana lukukautena kuin<br />
Molekyylievoluution harjoitukset (753622S).<br />
Vastuuhenkilö: Outi Savolainen.<br />
<strong>Biologian</strong> torstaiseminaari 2 op / 1 ov<br />
(750618S)<br />
Tavoite: Opiskelijat saavat tietoa biologian<br />
eri alojen uusimmista tutkimustuloksista ja<br />
teorioista.<br />
Sisältö: Torstaisin klo 12-13 Kuusamonsalissa<br />
(YB210) erillisen ilmoituksen mukaan.<br />
<strong>Biologian</strong> laitoksen englanninkielinen tutkijaseminaari,<br />
jossa esitelmöijinä tutkijoita Suomesta<br />
ja ulkomailta. Sopii hyvin maisterivaiheeseen<br />
ja jatkokoulutettaville.<br />
Työtavat: 10 osallistumista raportteineen 2<br />
op.<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: FM -tutkinto 1.-2. vsk,<br />
jatko-opiskelijat.<br />
Vastuuhenkilö: Esa Hohtola.<br />
Seminaariohjelma lukukausittain osoitteessa:<br />
http://cc.oulu.fi/~ehohtola/tose.htm<br />
DNA:n populaatiogeneettinen analyysi<br />
4 op / 2 ov (753616S) luennot<br />
Tavoite: Opiskelija tuntee populaatiogenetiikan<br />
syvennettyä teoriaa ja siihen perustuvia<br />
populaatiogeneettisten aineistojen analyysimenetelmiä.<br />
Sisältö: Koalesenssiteorian perusteet, tärkeimmät<br />
populaatiogeneettiset sekvenssien<br />
analyysimenetelmät, populaation rakenteen<br />
tutkimus.<br />
Työtavat: 24 h lu, 12 h sem ja laskuharj,<br />
itsenäistä työskentelyä 60 h, te<br />
Yhteys muihin opintojaksoihin: Edellyttää<br />
kurssin Populaatiogenetiikan perusteet<br />
(753x14A/S) suorittamista. Muodostaa teoriataustan<br />
harjoitustyökurssille DNA:n populaatiogeneettinen<br />
analyysi.<br />
Ajoitus ja kohderyhmä: FM -tutkinto 1. vsk,<br />
kl, BTg: pak.<br />
Vastuuhenkilö: Outi Savolainen.<br />
DNA:n populaatiogeneettinen analyysi<br />
6 op / 3 ov (753631S) harjoitukset<br />
Tavoite: <strong>Opinto</strong>jakson suoritettuaan opiskelija<br />
osaa analysoida tuman ja mitokondrioiden<br />
sekvenssi- ja merkkigeenimuuntelua populaatiogeneettisin<br />
menetelmin tietokoneohjelmia<br />
käyttäen. Opiskelija osaa kuvata muuntelun<br />
määrää ja kytkentäepätasapainoa,<br />
sekä tunnistaa sellaiset piirteet aineistosta<br />
jotka voivat olla seurausta lisääntymissysteemistä,<br />
erilaisista valinnan muodoista,<br />
populaatiokoon muutoksista tai populaatiorakenteesta.<br />
Opiskelija osaa testata nollahypoteesia<br />
(panmiktinen, neutraali, vakaa populaatio)<br />
asianmukaisilla testeillä sekä koalesenssisimulaatioilla.<br />
Sisältö: Menetelmät ja tietokoneohjelmat,<br />
joita käytetään sekvenssi- ja genotyyppiaineistojen<br />
analysointiin. Työ tehdään valtaosin<br />
tietokoneluokassa.<br />
Työtavat: 12 h dem, 6 h sem, 80 h harj,<br />
itsenäistä työskentelyä.<br />
42
Change language