Presentación en cartel - VIII Reunión de SOMA - Universidad ...

VIII Reunión de la Sociedad Mexicana de Astrobiología
Cuernavaca, Morelos. 24 de agosto de 2012 104
Contraste de hipótesis por el Método LRT (likelihood ratio test)
Utilizando el valor de lnL obtenido con PAML, se realizará una prueba para poder determinar
cuál es el modelo que mejor se ajusta a nuestros datos (evolución por selección natural o por mutación
y deriva genética).
Análisis de Resultados
El archivo que arroja PAML para el análisis de los resultados es el archivo rst el cual contiene los
diferentes valores de omega (número de sustituciones no sinónimas/número de sustituciones
sinónimas) para cada sitio. A partir de ahí se van a visualizar estos resultados en graficas en Excel y en
la estructura tridimensional en RASMOL. Para identificar los sitios que se sugiere se encuentran bajo
selección positiva y que son importantes en el ensamblaje de la cápside, posteriormente se mapearan
estos sitios la base de datos Viper [3].
Resultados
Hasta el momento sólo se cuenta con las reconstrucciones filogenéticas, donde se observa que a
partir de nuestro virus de interés y sus homólogos, se definió una topología del Árbol que le va a
permitir a PAML calcular la verosimilitud para los dos modelos de evolución (Figura 1).
Referencias
[1] Sosa V. 2009. El Árbol de la Vida. 1-10pp
[2] Castillo C. A. 2007. Ecología Molecular: Capitulo 1 La selección natural a nivel molecular. 25-
64 pp
[3] Carrillo-Tripp M., Shepherd C.M., Borelli I.A., Venkataraman S., Lander G., Natarajan P.,
Johnson J.E., Brooks III C.L., Reddy V.S. 2008. “VIPERdb2: an enhanced and web API
enabled relational database for structural virology”, Department of Molecular Biology,
Accepted
Figuras
Fig. 1 Muestra la reconstrucción filogenética de la proteína de la cápside del Virus del mosaico del
frijol de Sao Paulo Brasil (SBMVSPa) el cual representa el virus sujeto al análisis de selección. En la
topología del árbol se observa que este virus está emparentada con el SBMV de Japón.