Presentación en cartel - VIII Reunión de SOMA - Universidad ...

VIII Reunión de la Sociedad Mexicana de Astrobiología
Cuernavaca, Morelos. 24 de agosto de 2012 101
Todas las secuencias que tuvieron ERrs y GPI fueron removidas del set inicial. El resto de
proteínas fueron anotadas con Blast2GO con los parámetros preestablecidos. A este conjunto nos
referiremos como proteínas extracelulares.
Identificación de proteínas tipo efector en Trichoderma spp.
Primero integramos una base de datos con 80 efectores reportados en la literatura con evidencia
experimental directa utilizando minería de texto con el programa Text-Presso. Identificamos después
secuencias homologas en nuestro conjunto de proteínas extracelulares utilizando BLASTp (punto de
corte 10E-5). Utilizando PERL nosotros seleccionamos los homólogos si: 1) el punto de corte es igual
o menos a 10E-5; 2) el alineamiento es igual o mayor a 50 a.a.; 3) la secuencias de referencia esta
representada en más del 50% en el alineamiento con la secuencia blanco. Un análisis similar con
INTERPRO fue realizado para identificar aquellas proteínas con una estructura de dominios similar a
los efectores con evidencia experimental.
Después identificamos en las proteínas extracelulares motivos de translocación con evidencia
experimental, tales como: RxLR, RxFLAK y algunas variaciones utilizando combinaciones de la
siguiente firma [RKH]x[LYMFYW][RKH]. Este motivo debería aparecer restringido entre los
aminoácidos 15 a 75 en las secuencias.
Todas las secuencias que fueron identificadas como extracelulares y que tienen una o más de las
características típicas de los efectores validados fueron consideradas efectores en las tres especias de
Trichoderma analizadas.
Distribución filogenética y evolución molecular de los efectores en Trichoderma spp
Una vez identificados el conjunto de efectores predichos en Trichoderma sp buscamos los
ortólogos en los tres Trichoderma usados y en Giberella zeae and Chaetomium globosum utilizando
BranchClust. Los ortológos fueron alineados con muscle e identificamos en mejor modelo usando
ProtTest. Después reconstruimos las filogenias para cada ortogrupo utilizando Phyml (100 bootstrap).
Estas filogenias fueron usadas para realizar análisis de dn/dS tanto para el modelo por ramas como
para el modelo de sitios con el programa codeml del paquete PAML.
Resultados
Identificación de proteínas extracelulares
El análisis para identificar proteínas extracelulares, nos permitió identificar 2,625 secuencias en
las tres especies, lo cual representa alrededor del 7.86% del proteoma total. La distribución de las
proteínas extracelulares entre las tres especies es relativamente similar (Ta=8.16%, Tv=7.76%,
Tr=7.69%), interesantemente T. atroviride presenta un ligero incremento en el porcentaje total, este
incremento podría estar relacionado a su habilidad como micoparásito.
Identificación de proteínas efectoras
Las búsquedas de homólogos cercanos nos permitió identificar 24 secuencias, que se
distribuyendo la siguiente manera: 3 homólogos a repetidos de LysM, 4 a serin-proteasas, 12 a ceratoplatanin,
3 a repetidos de Thioredoxina, 1 a Nep1 y 1 a RSP1. El análisis de estructura de dominios con
Pfam permitió confirmar las secuencias previamente identificadas e incremento el número de
secuencias de la misma familia, además permitió identificar la familia CFEM. Sumando en total 97
secuencias identificadas.
La búsqueda de motivos de translocación mostró ser positivo solo para la firma RxLR y algunas
posibles variantes. T. atroviride presenta 86 secuencias, 104 para T. virens y 76 para T. Reesei.
Interesantemente algunos de los dominios Pfam presentes en este grupo de proteínas son: