Presentación en cartel - VIII Reunión de SOMA - Universidad ...
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<strong>VIII</strong> <strong>Reunión</strong> <strong>de</strong> la Sociedad Mexicana <strong>de</strong> Astrobiología<br />
Cuernavaca, Morelos. 24 <strong>de</strong> agosto <strong>de</strong> 2012 101<br />
Todas las secu<strong>en</strong>cias que tuvieron ERrs y GPI fueron removidas <strong>de</strong>l set inicial. El resto <strong>de</strong><br />
proteínas fueron anotadas con Blast2GO con los parámetros preestablecidos. A este conjunto nos<br />
referiremos como proteínas extracelulares.<br />
Id<strong>en</strong>tificación <strong>de</strong> proteínas tipo efector <strong>en</strong> Tricho<strong>de</strong>rma spp.<br />
Primero integramos una base <strong>de</strong> datos con 80 efectores reportados <strong>en</strong> la literatura con evid<strong>en</strong>cia<br />
experim<strong>en</strong>tal directa utilizando minería <strong>de</strong> texto con el programa Text-Presso. Id<strong>en</strong>tificamos <strong>de</strong>spués<br />
secu<strong>en</strong>cias homologas <strong>en</strong> nuestro conjunto <strong>de</strong> proteínas extracelulares utilizando BLASTp (punto <strong>de</strong><br />
corte 10E-5). Utilizando PERL nosotros seleccionamos los homólogos si: 1) el punto <strong>de</strong> corte es igual<br />
o m<strong>en</strong>os a 10E-5; 2) el alineami<strong>en</strong>to es igual o mayor a 50 a.a.; 3) la secu<strong>en</strong>cias <strong>de</strong> refer<strong>en</strong>cia esta<br />
repres<strong>en</strong>tada <strong>en</strong> más <strong>de</strong>l 50% <strong>en</strong> el alineami<strong>en</strong>to con la secu<strong>en</strong>cia blanco. Un análisis similar con<br />
INTERPRO fue realizado para id<strong>en</strong>tificar aquellas proteínas con una estructura <strong>de</strong> dominios similar a<br />
los efectores con evid<strong>en</strong>cia experim<strong>en</strong>tal.<br />
Después id<strong>en</strong>tificamos <strong>en</strong> las proteínas extracelulares motivos <strong>de</strong> translocación con evid<strong>en</strong>cia<br />
experim<strong>en</strong>tal, tales como: RxLR, RxFLAK y algunas variaciones utilizando combinaciones <strong>de</strong> la<br />
sigui<strong>en</strong>te firma [RKH]x[LYMFYW][RKH]. Este motivo <strong>de</strong>bería aparecer restringido <strong>en</strong>tre los<br />
aminoácidos 15 a 75 <strong>en</strong> las secu<strong>en</strong>cias.<br />
Todas las secu<strong>en</strong>cias que fueron id<strong>en</strong>tificadas como extracelulares y que ti<strong>en</strong><strong>en</strong> una o más <strong>de</strong> las<br />
características típicas <strong>de</strong> los efectores validados fueron consi<strong>de</strong>radas efectores <strong>en</strong> las tres especias <strong>de</strong><br />
Tricho<strong>de</strong>rma analizadas.<br />
Distribución filog<strong>en</strong>ética y evolución molecular <strong>de</strong> los efectores <strong>en</strong> Tricho<strong>de</strong>rma spp<br />
Una vez id<strong>en</strong>tificados el conjunto <strong>de</strong> efectores predichos <strong>en</strong> Tricho<strong>de</strong>rma sp buscamos los<br />
ortólogos <strong>en</strong> los tres Tricho<strong>de</strong>rma usados y <strong>en</strong> Giberella zeae and Chaetomium globosum utilizando<br />
BranchClust. Los ortológos fueron alineados con muscle e id<strong>en</strong>tificamos <strong>en</strong> mejor mo<strong>de</strong>lo usando<br />
ProtTest. Después reconstruimos las filog<strong>en</strong>ias para cada ortogrupo utilizando Phyml (100 bootstrap).<br />
Estas filog<strong>en</strong>ias fueron usadas para realizar análisis <strong>de</strong> dn/dS tanto para el mo<strong>de</strong>lo por ramas como<br />
para el mo<strong>de</strong>lo <strong>de</strong> sitios con el programa co<strong>de</strong>ml <strong>de</strong>l paquete PAML.<br />
Resultados<br />
Id<strong>en</strong>tificación <strong>de</strong> proteínas extracelulares<br />
El análisis para id<strong>en</strong>tificar proteínas extracelulares, nos permitió id<strong>en</strong>tificar 2,625 secu<strong>en</strong>cias <strong>en</strong><br />
las tres especies, lo cual repres<strong>en</strong>ta alre<strong>de</strong>dor <strong>de</strong>l 7.86% <strong>de</strong>l proteoma total. La distribución <strong>de</strong> las<br />
proteínas extracelulares <strong>en</strong>tre las tres especies es relativam<strong>en</strong>te similar (Ta=8.16%, Tv=7.76%,<br />
Tr=7.69%), interesantem<strong>en</strong>te T. atroviri<strong>de</strong> pres<strong>en</strong>ta un ligero increm<strong>en</strong>to <strong>en</strong> el porc<strong>en</strong>taje total, este<br />
increm<strong>en</strong>to podría estar relacionado a su habilidad como micoparásito.<br />
Id<strong>en</strong>tificación <strong>de</strong> proteínas efectoras<br />
Las búsquedas <strong>de</strong> homólogos cercanos nos permitió id<strong>en</strong>tificar 24 secu<strong>en</strong>cias, que se<br />
distribuy<strong>en</strong>do la sigui<strong>en</strong>te manera: 3 homólogos a repetidos <strong>de</strong> LysM, 4 a serin-proteasas, 12 a ceratoplatanin,<br />
3 a repetidos <strong>de</strong> Thioredoxina, 1 a Nep1 y 1 a RSP1. El análisis <strong>de</strong> estructura <strong>de</strong> dominios con<br />
Pfam permitió confirmar las secu<strong>en</strong>cias previam<strong>en</strong>te id<strong>en</strong>tificadas e increm<strong>en</strong>to el número <strong>de</strong><br />
secu<strong>en</strong>cias <strong>de</strong> la misma familia, a<strong>de</strong>más permitió id<strong>en</strong>tificar la familia CFEM. Sumando <strong>en</strong> total 97<br />
secu<strong>en</strong>cias id<strong>en</strong>tificadas.<br />
La búsqueda <strong>de</strong> motivos <strong>de</strong> translocación mostró ser positivo solo para la firma RxLR y algunas<br />
posibles variantes. T. atroviri<strong>de</strong> pres<strong>en</strong>ta 86 secu<strong>en</strong>cias, 104 para T. vir<strong>en</strong>s y 76 para T. Reesei.<br />
Interesantem<strong>en</strong>te algunos <strong>de</strong> los dominios Pfam pres<strong>en</strong>tes <strong>en</strong> este grupo <strong>de</strong> proteínas son: