O papel modulador do gene AIRE - capes

MATERIAL E MÉTODOSO limiar (∆) determina dois cortes horizontais, ou seja, o menor valor ded(i) indica que o gene seja considerado significantemente induzido(hiperexpresso), e o valor menos negativo de d(i) indica que o gene estásignificantemente reprimido (hipoexpresso).A porcentagem de genes identificados por mudanças aleatórias échamada de Freqüência de Descobertas Falsas (FDR), um métodoinicialmente idealizado por Benjamini & Hochberg (1995) e definidocomo a proporção esperada de rejeições falsas. O cálculo de FDR e onúmero de genes com mudanças significativas estão intimamenterelacionados com o limiar ∆. À medida que o valor de ∆ diminui, onúmero de genes significantemente alterados aumenta à custa de umaumento de um FDR. Essa determinação do nível de significância pelolimiar providencia cortes assimétricos para genes induzidos e genesreprimidos. Essa assimetria é desejável, posto que os genes induzidos egenes reprimidos podem se comportar de maneira diferente em algunsexperimentos. Ao utilizar o SAM, o usuário pode escolher o limiar ∆ maisconveniente com base no nível de significância estimado pelo FDR e nonúmero de genes com os quais se pretende trabalhar.O programa SAM estabelece automaticamente uma ligação entre onúmero de acesso das seqüências utilizadas com as páginas deinformações sobre o clone em questão, situados no banco de dadosS.O.U.R.C.E. (“Stanford Online Universal Resource for Clones and ESTs”)(http://source.stanford.edu/cgi-bin/source/sourceSearch).OS.O.U.R.C.E. compila informações de vários bancos de dados públicos(UniGene, dbEST, Swiss-Prot, GeneMap99, RHdb, GeneCards e LocusLink) eas disponibilizam de maneira a facilitar a identificação dos genesdiferencialmente expressos.64