O papel modulador do gene AIRE - capes

MATERIAL E MÉTODOSA plataforma R irá gerar arquivos de extensão .TAV.MOD.MEVque serão utilizados no programa TIGR MEV (The Institute for GenomicResearch MultiExperiment Viewer) (http://www.tm4.org/mev.html)que inclui o programa SAM (Significance Analysis of Microarrays)(Tusher et al, 2001) utilizado para a detecção dos genes diferencialmenteexpressos (Smyth, 2004). O programa TIGR MEV gera um heat map (mapade cores relacionado com o nível de expressão dos genes) para os valores.O heat map é composto por um código de cores a fim de facilitar aassociação visual dos níveis de expressão gênica.O programa SAM (“Significance Analysis of Microarrays”)representa uma evolução dos softwares de análise estatística para atecnologia de microarrays e encontra-se disponível no endereço(http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/). A análise baseia-se emuma série de testes-t específicos para cada gene, que são adaptados para adetecção da expressão gênica diferencial em larga escala. A partir daobservação de que as flutuações casuais são específicas para cada gene, oteste SAM é baseado na razão entre a diferença das médias das situações,como por exemplo, mTECs controles (Xc) e mTEC em presença de RNAianti-AIRE (Xp), e o desvio padrão de cada gene, calculados a partir derepetição experimental. A diferença relativa d(i) na expressão gênica éentão definida pela equação 1:[EQUAÇÃO]Xd(i)=p( i)− XS(i)+ Sc0( i)d(i) = diferença relativaXp(i) = níveis médios da expressão dos genesno timoXc(i) = níveis médios da expressão dos genesno pool de órgãosS(i) = desvio padrão de medidas repetidas deexpressãoSo = constante positiva62