O papel modulador do gene AIRE - capes

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MATERIAL E MÉTODOSSpotfinderQuantificação das imagens de microarraysConfecção de gradesFiltragem do background(1x o desvio-padrão)Filtragem de valoresnegativos e nulosArmazenamento dos dados em tabelasde texto tabuladas (.tav)Plataforma RNormalização dos dadosNormalização intra-slides(Printtip Lowess)Normalização inter-slides(valor de MAD)Armazenamento dos dados emarquivos .mevMultiExperimentViewerAnálise estatística dos dados(SAM - Significant Analysis of Microarrays)Construção do heat mape dendogramaAgrupamento hierárquicoArquivos tabulados (.txt)Análise dos dados geradosPGE e GeneNetworkFigura 10. “Pipeline” utilizado na análise de dados de microarrays em lâminas de vidro.61
MATERIAL E MÉTODOSA plataforma R irá gerar arquivos de extensão .TAV.MOD.MEVque serão utilizados no programa TIGR MEV (The Institute for GenomicResearch MultiExperiment Viewer) (http://www.tm4.org/mev.html)que inclui o programa SAM (Significance Analysis of Microarrays)(Tusher et al, 2001) utilizado para a detecção dos genes diferencialmenteexpressos (Smyth, 2004). O programa TIGR MEV gera um heat map (mapade cores relacionado com o nível de expressão dos genes) para os valores.O heat map é composto por um código de cores a fim de facilitar aassociação visual dos níveis de expressão gênica.O programa SAM (“Significance Analysis of Microarrays”)representa uma evolução dos softwares de análise estatística para atecnologia de microarrays e encontra-se disponível no endereço(http://www-stat.stanford.edu/~tibs/SAM/). A análise baseia-se emuma série de testes-t específicos para cada gene, que são adaptados para adetecção da expressão gênica diferencial em larga escala. A partir daobservação de que as flutuações casuais são específicas para cada gene, oteste SAM é baseado na razão entre a diferença das médias das situações,como por exemplo, mTECs controles (Xc) e mTEC em presença de RNAianti-AIRE (Xp), e o desvio padrão de cada gene, calculados a partir derepetição experimental. A diferença relativa d(i) na expressão gênica éentão definida pela equação 1:[EQUAÇÃO]Xd(i)=p( i)− XS(i)+ Sc0( i)d(i) = diferença relativaXp(i) = níveis médios da expressão dos genesno timoXc(i) = níveis médios da expressão dos genesno pool de órgãosS(i) = desvio padrão de medidas repetidas deexpressãoSo = constante positiva62
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Universidade de São PauloFaculdade
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Macedo, ClaudiaO papel modulador do
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Dedico Especialmente este TrabalhoM
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AgradecimentosAgradeço do fundo do
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ÍndiceRESUMO .....................
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INDICE DE FIGURASFigura 1. Desenvol
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Promiscuous gene expression in medu
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INTRODUÇÃO1. INTRODUÇÃO1.1. A m
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INTRODUÇÃORecentemente surgiram e
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INTRODUÇÃOmigram para a região s
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INTRODUÇÃOCD4 + CD8 + , e Ccl21 (
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REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICASof thym
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Anexo I123
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ANEXO IEST IMAGE:582370 Expressed s
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ANEXO IDhps IMAGE:583332 Deoxyhypus
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ANEXO IMapkapk2 IMAGE:572979 MAP ki
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ANEXO IGm608 IMAGE:583350 Gene mode
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ANEXO ICcdc72 IMAGE:640628 Coiled-c
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ANEXO ITranscribed locusTranscribed
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ANEXO ITranscribed locusTranscribed
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ANEXO Irepair deficiency, complemen
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ANEXO Imember 1EST IMAGE:583824 Exp
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ANEXO ITranscribed locus IMAGE:5830
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ANEXO ITfdp1 IMAGE:640119 Transcrib
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ANEXO I2410022M11Rik IMAGE:640727 R
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ANEXO Icontaining 1Kif14 IMAGE:5836
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ANEXO Imember 3In multiple clusters
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ANEXO IAnkrd10 IMAGE:583740 Ankyrin
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ANEXO IVcam1 IMAGE:576563 Vascular
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ANEXO ITegt IMAGE:639877 Testis enh
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ANEXO I3Ehmt2Euchromatic histone ly
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ANEXO I20 homolog (yeast)Ube1c IMAG
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ANEXO IRasa3 IMAGE:582174 RAS p21 p
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ANEXO I4930566A11Rik IMAGE:583433 R
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Anexo II
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ANEXO II1500002B03RikIMAGE:1330385
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ANEXO IIEST IMAGE:640173 Expressed
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ANEXO IICnot10 IMAGE:576406 CCR4-NO
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ANEXO IIEST IMAGE:576142 Expressed
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Anexo III
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ANEXO III197Ifit1RelaIMAGE:575632Gr
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ANEXO III199Nde1Nol5aIMAGE:640341Rp
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Manuscrito da Tese
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MANUSCRITOAbstractThe expression of
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MANUSCRITOdominated the scenario in
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MANUSCRITOserum autoantibodies, all
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MANUSCRITOwere transfected with 10
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MANUSCRITOwere analyzed using the M
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MANUSCRITOpurified from ex vivo mou
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MANUSCRITOinformation theory as ARA
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MANUSCRITOKyewski B, Derbinski J, G
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MANUSCRITOBruno R, Sabater L, Tolos
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MANUSCRITOFigure 3. The gene expres
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MANUSCRITOABFigure 5. Genetics netw
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ESTÁGIO NO EXTERIORSÚMULA• Labo
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SÚMULAlinhagens isogênicas de cam
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SÚMULABOLSAS DE ESTUDO• Bolsa de
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T cell signaling gene networks duri
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IntroductionThe thymus is an import
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ontogeny using such technology has
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laboratory using a Generation III A
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cDNA microarray data analysisStatis
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Gene networksAs previously mentione
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cells, including human herpesvirus-
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gene was mostly indirectly positive
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4) Finally, Prrg2 was also identifi
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14. Kishimoto H, Sprent J (2000) Th
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proliferation of a rat astrocyte ce
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IMMUNOLOGYORIGINAL ARTICLEOnset of
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Promiscuous gene expression in muri
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R.S. Cardoso et al. / Molecular Imm
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Molecular Immunology 42 (2005) 1043
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Molecular and Cellular Biochemistry
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225Table 1. Target cDNA sequences a
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227coincided (CBA/J) with expressio
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