O papel modulador do gene AIRE - capes

MATERIAL E MÉTODOScanais (Cy3 e Cy5) e uma terceira imagem, agora colorida, sobrepondoCy3 e Cy5 visualizadas usando o software ImageQuant (GE Healthcare).4.11. Quantificação e normalização dos dados de microarraysApós obtenção das imagens seguiu-se à análise realizada em duasetapas.• Inicialmente, os dados contidos nas imagens foram transformados emdados numéricos, utilizando o programa Spotfinder(http://www.tigr.org/software). Esse programa, além de transformaras informações das imagens em valores numéricos, também analisa aqualidade dos pontos e calcula o "background". Dois parâmetrosforam considerados para o controle de qualidade neste programa: ospontos de boa qualidade apresentam valores superiores e/ou igual a 1valor "backgrounds" mais 1 valor desvio padrão.• Em seguida, estes dados foram normalizados. A normalização retiraos erros experimentais sistemáticos por balancear a intensidade dosdois fluorocromos. Esses erros podem ocorrer devido à diferença deincorporação dos corantes, efeitos espaciais na lâmina e diferençasdurante a aquisição das imagens nos dois canais. Para esses ajustes,utilizou-se a plataforma R (www.r-project.org), com o pacote AROMA(http://www.maths.lth.se/help/R/aroma/), que retém as funçõesnecessárias para a normalização dos dados de microarrays. Portanto,após a retirada do background pelo programa Spotfinder, os dadosforam importados para o ambiente R e transformados para o formatode dados “M versus A”, onde M é igual a log2(R/G) e A é igual a59