O papel modulador do gene AIRE - capes

MATERIAL E MÉTODOSEnsaios de co-hibridação diferencial usando microarrays medem aexpressão gênica relativa de amostras emparelhadas e de uma amostrareferência, sendo que o poder da análise de microarray vem daidentificação de padrões informativos de expressão de um gene atravésdas experiências múltiplas. O cumprimento destes objetivos é facilitadousando uma amostra de referência comum para todos os experimentosque forneça uma medida da expressão base para cada gene, permitindo anormalização e a comparação de experimentos independentes.Um vasto número de linhagens celulares pode não melhorarnecessariamente a representatividade total dos genes depositados noarray, pois algumas linhagens celulares expressam significativamentemais genes do que outras e, nem todas as linhagens expressam todos osgenes em níveis semelhantes. Misturar RNA de muitas linhagenscelulares pode diluir os transcritos raros de modo que a suarepresentação no “pool” final do RNA corre o risco de ficar abaixo dolimite detectável (Yang et al. 2002).O uso de RNA de referência passou a ser uma abordagem bastanteadequada eliminando assim a necessidade de repetir as marcações deuma mesma amostra com dois corantes (dye-swap) e, conseqüentementeevitando as diferenças de incorporação.O delineamento das hibridações de microarrays consistiu em marcartodas as amostras de células mTECs em diferentes condições comfluorocromo Cy3 e combiná-los numa mesma lâmina com amostras de RNA(cDNA) de referência marcados com Cy5. Neste trabalho, o RNA dereferencia utilizado foi um pool de RNAs de timos de seis camundongos dalinhagem C57Bl/6.51