PACT_Práctica2 - CCG-UNAM

denota por ('N'). Cada 'Y' indica un elemento igual con el cladograma plantilla previo y éstos secombinan.Cladograma 1+2(A(B(CD))) – YA – Y B(CD) – N(A(CD)) – NB – N CD – YA – Y CD – YC – Y D – YC – Y D – YCladograma 3En este caso, cada elemento el Cladograma 3 tiene una ‘Y’, de tal forma que se puede combinarcon los Cladogramas 1+ 2. Sin embargo, hay una incongruencia, la ausencia del área B en elcldograma 3. De cualquier forma no puede haber conflicto con la posición de B, ya que no afecta latopología al combinarlos.A B C DFig. 9. Cladograma de áreas resultante de la combinación del Cladograma 1+2 y 3.e) Se adiciona un nuevo Cladograma (Cladograma 4) y se repite el procedimiento para compararCladogramas.Cladograma 1+2+3(A(B(CD))) – YA – Y B(CD) – YB – Y CD – YC – Y D – Y(A(B(CD)))(A(B(CD)))) – N(A(B(CD))) – YCladograma 4(A(B(CD))) – YA -Y (B(CD)) – Y A -Y (B(CD)) – YB –Y CD – Y B –Y CD – YC – Y D – YC – Y D – YEn este caso el Cladograma nuevo contiene dos representaciones idénticas del cladogramaplantilla (Cladogramas 1+2+3). La única ‘N’ del análisis es la del cladogramas de áreas completo ydesaparece cuando se desglosa el cladograma 4 en sus componentes. Por lo tanto el cladogramageneral de áreas es el mismo que el cladograma plantilla.5

A(B(C(DA)))) – NA – Y (B(C(DA))) – NB – Y (C(DA)) – NC – Y DA – ND – Y A – NCladograma 6La principal diferencia entre los dos Cladogramas radica en al A que es el área hermana de D.Recordemos que la ausencia de E en el Cladograma 6 no representa problema (ver paso d). Por lotanto se incorpora dicha área se incorpora al Cladograma plantilla, resultando el siguientecladograma.A B E C D AFig. 12. Cladograma de áreas resultante de la combinación del Cladograma 1+2+3+4+5 y 6.h) Cuando se han incorporado todos los cladogramas de áreas individuales, el cladograma generalde áreas es el de arriba.2.- Obtener un cladograma general de áreas empleando el programa PACT 2.0.a) El programa PACT 2.0 lo puedes obtener solicitándolo directamente a los autores.b) Obtener un cladograma general de áreas empleando método “análisis filogenético paracomparar árboles” (PACT), como se describe a continuación:1) Crea un archivo con formato de texto en un block de notas “.txt” y captura la informaciónúnicamente de los cladogramas taxonómicos de las áreas a analizar (en notación parentética) yguárdalo en la carpeta de PACT2.0 (entrada.txt):(A(B(CD)))(A(B(CD)))(A(CD))((A(B(CD)))(A(B(CD))))(A((BE)(CD)))(A(B(C(DA))))7

2) Se abre el programa PACT 2.0 donde se obtendrá el archivo de texto elaborado, al seleccionar elicono de “Open Input File”.3) Se selecciona el nombre del archivo (entrada.txt). Abajo se encuentra la pantalla tal como se ve alabrir el programa.4) Una vezabierto el archivo de texto en el programa PACT 2.0, aparecerá la siguiente pantalla.5) Se corre el programa seleccionado el icono “Start PACT” y aparecerá la siguiente pantalla,donde en la sección de Status, aparece la palabra “Success” indicando que obtuvo el cladogramageneral de áreas. Para observarlo se pica el icono “Save Output As…”,.8

6) Aparece la siguiente pantalla y en el renglón de “Nombre de archivo:” se la da el nombre (porejemplo “Salida.txt”.7) El archivo de salida de lo puedes leer como archivo de texto, el resultado del cladogramageneral de áreas esta desplegado en notación parentética.(((BE)(C(DA)))A)8) Si se desea realizar otro ejercicio, se selecciona el icono de “Reset PACT”, y elimina lainformación realizada con anterioridad.9