Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ...
Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ... Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ...
Anotación automática: trampas y dificultades 1. Fuentes de anotaciones erróneas (falta, sobra, incorrecto) ‐> Anotación automática como “ “propuesta” ” 2. Transferencia excesiva de funciones: transferencia de anotaciones en “cis” cis (proteínas “multi‐domain”) multi domain ) y “trans” trans (procesos biológicos) ‐> Diferente impacto ORFs/Contigs, métodos homología/estructura 3. ¿Genes G parálogos ál comparten t ffunción? ió ? ‐> Contexto celular 44. Especificidad y sensibilidad de métodos (top‐blast) (top blast) bajas ‐> Los dos extremos de la balanza 5. Umbral de alineamiento relativo (BBDD, Secuencias, métodos) é d ) Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
Servidores y Software PFP Protein Analyst y GOPEP ProKnow PFPS ProFunc ProtFun PropSearch RIO FIGENIX GGoBlet Bl t Gotcha OntoBlast Basado en Homología Usa técnicas de ML Alta recuperación Poca interacción No-intensivo AAnaliza li estructuras t t 3D Recupera Funciones Predicción desde estructura No-intensivo Predicción desde motivos Recupera Funciones No-intensivo Predicción desde filogenia Secuencias protéicas No-intensvo Basado en Homología Asigna GOs del BlastHit Recupera anotaciones Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
- Page 1 and 2: Anotación Funcional de Secuencias
- Page 3 and 4: Contenido 1. Conceptos p y necesida
- Page 5 and 6: Aclaraciones sobre “anotación”
- Page 7: Sistemas terminológicos Motivos Fu
- Page 11 and 12: Conceptos de anotación funcional e
- Page 13 and 14: Anotación en Blast2GO � Término
- Page 15 and 16: Conceptos de anotación funcional d
- Page 17 and 18: Evaluación Curso Bioinformática,
- Page 19 and 20: Arquitectura Curso Bioinformática,
- Page 21 and 22: Buscar de secuencias similares con
- Page 23 and 24: Mapeo de términos GO con secuencia
- Page 25 and 26: Mapeo de términos GO con secuencia
- Page 27 and 28: Gráficas Descriptivas Anotación C
- Page 29 and 30: Anotación de KEGG pathways GO �
- Page 31 and 32: Visualización (Una secuencia) Curs
- Page 33 and 34: Visualización (Varias Secuencias)
- Page 35 and 36: Análisis estadístico (Fisher´s E
- Page 37 and 38: Blast2GO4Pipe Resultados Blast en f
- Page 39 and 40: Uso mundial del Blast2GO Especies C
- Page 41 and 42: Presesencia WWeb: b http://www.gene
- Page 43 and 44: Ejemplos de uso en “papers” (II
- Page 45 and 46: Software Demo (I) Objetivo Conocer
- Page 47: Para terminar � … os invitamos
Servidores y Software<br />
PFP<br />
Protein Analyst y<br />
GOPEP<br />
ProKnow<br />
PFPS<br />
ProFunc<br />
ProtFun<br />
PropSearch<br />
RIO<br />
FIGENIX<br />
GGoBlet Bl t<br />
Gotcha<br />
OntoBlast<br />
Basado en Homología<br />
Usa técnicas de ML<br />
Alta recuperación<br />
Poca interacción<br />
No-intensivo<br />
AAnaliza li estructuras t t 3D Recupera Funciones<br />
Predicción desde estructura No-intensivo<br />
Predicción desde motivos<br />
Recupera Funciones<br />
No-intensivo<br />
Predicción desde filogenia Secuencias protéicas<br />
No-intensvo<br />
Basado en Homología<br />
Asigna GOs del BlastHit<br />
Recupera anotaciones<br />
Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
Change language