Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ...
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Anotación automática: trampas y dificultades 1. Fuentes de anotaciones erróneas (falta, sobra, incorrecto) ‐> Anotación automática como “ “propuesta” ” 2. Transferencia excesiva de funciones: transferencia de anotaciones en “cis” cis (proteínas “multi‐domain”) multi domain ) y “trans” trans (procesos biológicos) ‐> Diferente impacto ORFs/Contigs, métodos homología/estructura 3. ¿Genes G parálogos ál comparten t ffunción? ió ? ‐> Contexto celular 44. Especificidad y sensibilidad de métodos (top‐blast) (top blast) bajas ‐> Los dos extremos de la balanza 5. Umbral de alineamiento relativo (BBDD, Secuencias, métodos) é d ) Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
Servidores y Software PFP Protein Analyst y GOPEP ProKnow PFPS ProFunc ProtFun PropSearch RIO FIGENIX GGoBlet Bl t Gotcha OntoBlast Basado en Homología Usa técnicas de ML Alta recuperación Poca interacción No-intensivo AAnaliza li estructuras t t 3D Recupera Funciones Predicción desde estructura No-intensivo Predicción desde motivos Recupera Funciones No-intensivo Predicción desde filogenia Secuencias protéicas No-intensvo Basado en Homología Asigna GOs del BlastHit Recupera anotaciones Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
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<strong>Anotación</strong> automática: trampas y dificultades<br />
1. Fuentes de anotaciones erróneas (falta, sobra, incorrecto)<br />
‐> <strong>Anotación</strong> automática como “ “propuesta” ”<br />
2. Transferencia excesiva de funciones: transferencia de<br />
anotaciones en “cis” cis (proteínas “multi‐domain”) multi domain ) y “trans” trans<br />
(procesos biológicos)<br />
‐> Diferente impacto ORFs/Contigs, métodos homología/estructura<br />
3. ¿Genes G parálogos ál comparten t ffunción? ió ?<br />
‐> Contexto celular<br />
44. Especificidad y sensibilidad de métodos (top‐blast) (top blast) bajas<br />
‐> Los dos extremos de la balanza<br />
5. Umbral de alineamiento rel<strong>at</strong>ivo (BBDD, Secuencias,<br />
métodos) é d )<br />
Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
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