Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ...
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Software Demo (II) Desarrollo (II): • Ampliar las anotaciones usando la herramienta “Annex” Annex en el menú “Annotation” Annotation y observa los resultados en “Application Messages”. • Complementar/cambiar la anotación de la secuencia no.3 manualmente usando enlaces al NCBI y Amigo, "The Gene Ontology Web Browser" (www.geneontology.org) • PPara conseguir i eso se abre b el l menú ú ddel l contexto t t dde esa secuencia i (b (botón tó dderecho) h ) y se abre b los resultados blast, las descripciones GO y el grafo de la anotación de las 3 categorías de esta secuencia. • Busca en el Amigo los términos biológicos más frecuentes del resultado blast (ubiquitin) y compara los resultados con las anotaciones hechas por el B2G. Con el menú ítem: "Change annotation and description" añade esa nueva anotación encontrado en el Amigo (protein ubiquitination). • Vuelve a generar g el ggrafo de esa anotación ppara ver el cambio. • Visualización: Visualizar la anotación de esta secuencia y generar un "Combined Graph" del conjunto de secuencias/anotaciones del grafo "molecular function". Repetir cambiando Node Score Filter a 1. • Fisher Fisher. Hacer un análisis de enriquecimiento y visualizar datos datos. Utilizar ficheros reference.annot y test.txt. Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
Para terminar � … os invitamos a probarlo en www.blast2go.de �� Y nos alegramos siempre de recibir “feedback” feedback � ¿Más preguntas? Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
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Software Demo (II)<br />
Desarrollo (II):<br />
• Ampliar las anotaciones us<strong>and</strong>o la herramienta “Annex” Annex en el menú “Annot<strong>at</strong>ion” Annot<strong>at</strong>ion y observa los<br />
resultados en “Applic<strong>at</strong>ion Messages”.<br />
• Complementar/cambiar la anotación de la secuencia no.3 manualmente us<strong>and</strong>o enlaces al<br />
NCBI y Amigo, "The Gene Ontology Web Browser" (www.geneontology.org)<br />
• PPara conseguir i eso se abre b el l menú ú ddel l contexto t t dde esa secuencia i (b (botón tó dderecho) h ) y se abre b<br />
los resultados blast, las descripciones GO y el grafo de la anotación de las 3 c<strong>at</strong>egorías de<br />
esta secuencia.<br />
• Busca en el Amigo los términos biológicos más frecuentes del resultado blast (ubiquitin) y<br />
compara los resultados con las anotaciones hechas por el B2G. Con el menú ítem: "Change<br />
annot<strong>at</strong>ion <strong>and</strong> description" añade esa nueva anotación encontrado en el Amigo (protein<br />
ubiquitin<strong>at</strong>ion).<br />
• Vuelve a generar g el ggrafo de esa anotación ppara<br />
ver el cambio.<br />
• Visualización: Visualizar la anotación de esta secuencia y generar un "Combined Graph" del<br />
conjunto de secuencias/anotaciones del grafo "molecular function". Repetir cambi<strong>and</strong>o Node<br />
Score Filter a 1.<br />
• Fisher Fisher. Hacer un análisis de enriquecimiento y visualizar d<strong>at</strong>os d<strong>at</strong>os. Utilizar ficheros<br />
reference.annot y test.txt.<br />
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