Anotación funcional - Bioinformatics and Genomics Department at ...
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Ejemplos de uso en “papers” (III) Ref.: Generación de un chip de platija ‐ Estudio de cambios en transriptoma como marcador de contaminación. ‐ B2G como herramienta de anotación y análisis funcional ‐ Identificación de categorías funcionales sobrerexpresentadas relacionadas con stress Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
Software Demo (I) Objetivo Conocer el Blast2GO como herramienta de anotación y análisis funcional. Recursos: Software via Java Web Start: http://www.blast2go.de/ DDatos: t http://www.blast2go.de/b2gdata/murcia.zip htt // bl t2 d /b2 d t / i i Desarrollo (I): • Durante este ejercicio se va a ver cómo asignar semi-automáticamente semi automáticamente funciones biológicas definido por la "Gene Ontology" a secuencias de ADN no conocidas en base a búsquedas BLAST. • Desde la página web del B2G se puede ejecutar la aplicación vía Java Web Start. Se abre el fichero (10Seqs (10Seqs.fasta) fasta) adjunto con la aplicación B2G B2G. • Blast: Búsquedas de similitudes con el NCBI Qblast (parámetros estándar) y se generan las estadísticas correspondientes con el menú “Statistics“. Revisa los resultados Blast de algunas secuencias "blasteadas“ usando el botón derecho sobre la secuencia correspondiente en la ttabla bl dde secuencias. i GGuardar d y visualizar i li el l fi fichero h .xml l • Mapping: Menu -> Mapping -> Start Mapping - correspondientes con el menú “Statistics". y se generan las estadísticas • Anotation: Menu -> Annotation -> Start Annotation - y se generan g las estadísticas correspondientes con el menú “Statistics". Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
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Software Demo (I)<br />
Objetivo<br />
Conocer el Blast2GO como herramienta de anotación y análisis <strong>funcional</strong>.<br />
Recursos:<br />
Software via Java Web Start: http://www.blast2go.de/<br />
DD<strong>at</strong>os: t http://www.blast2go.de/b2gd<strong>at</strong>a/murcia.zip<br />
htt // bl t2 d /b2 d t / i i<br />
Desarrollo (I):<br />
• Durante este ejercicio se va a ver cómo asignar semi-automáticamente semi automáticamente funciones biológicas<br />
definido por la "Gene Ontology" a secuencias de ADN no conocidas en base a búsquedas<br />
BLAST.<br />
• Desde la página web del B2G se puede ejecutar la aplicación vía Java Web Start. Se abre el<br />
fichero (10Seqs (10Seqs.fasta) fasta) adjunto con la aplicación B2G B2G.<br />
• Blast: Búsquedas de similitudes con el NCBI Qblast (parámetros estándar) y se generan las<br />
estadísticas correspondientes con el menú “St<strong>at</strong>istics“. Revisa los resultados Blast de algunas<br />
secuencias "blasteadas“ us<strong>and</strong>o el botón derecho sobre la secuencia correspondiente en la<br />
ttabla bl dde secuencias. i GGuardar d y visualizar i li el l fi fichero h .xml l<br />
• Mapping: Menu -> Mapping -> Start Mapping -<br />
correspondientes con el menú “St<strong>at</strong>istics".<br />
y se generan las estadísticas<br />
• Anot<strong>at</strong>ion: Menu -> Annot<strong>at</strong>ion -> Start Annot<strong>at</strong>ion - y se generan g las estadísticas<br />
correspondientes con el menú “St<strong>at</strong>istics".<br />
Curso Bioinformática, 19 Diciembre 2007, Universida de Alicante
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