PyMOL的应用简介Brief-instruction of PyMOL - abc

PyMOL 的 应 用 简 介Brief-instruction of PyMOL报 告 人 : 王 帅组 员 : 孙 亮 、 高 明 、 李 倩 倩 、 王 帅 ( 组 长 )单 位 :CAAS.G13研 究 所 : 哈 尔 滨 兽 医 研 究 所2012/7/3 1

目 录• PyMOL 的 概 述• PyMOL 的 界 面 介 绍• PyMOL 的 基 本 界 面 操 作• PyMOL 对 蛋 白 质 实 例 解 析• PyMOL 命 令 操 作 简 介2012/7/3 2

PyMOL 的 概 述• PyMol 是 一 款 多 平 台 分 子 三 维 图 像 显 示 软 件 , 由 WarrenLyford DeLano 编 写 , 被 用 来 创 作 高 品 质 的 分 子 ( 特 别 是 生物 大 分 子 如 蛋 白 质 ) 三 维 结 构 。Pymol 名 字 的 来 源 :“Py”表 示 该 软 件 基 于 python 这 个 计 算 机 语 言 ,“Mol” 则 是 英文 分 子 (molucule) 的 缩 写 , 表 示 该 软 件 用 来 显 示 分 子 结构 。 据 软 件 作 者 宣 称 , 在 所 有 正 式 发 表 的 科 学 论 文 中 的 蛋白 质 结 构 图 像 中 , 有 四 分 之 一 是 使 用 Pymol 来 制 作 的 。2012/7/3 3

PyMOL 的 界 面 介 绍• PyMOL 界 面 分 为 2 个 窗 口 , 外部 GUI 窗 口 (External GUI) 和Viewer Window。• Viewer Window 又 分 为 左 右 两块 , 左 边 用 来 显 示 结 构 图 像 的(Viewer), 右 边 则 是 一 个 内部 GUI 窗 口 (Internal GUI)。• Viewer 自 身 包 含 一 个 命 令 行( 如 图 中 左 下 方 的 PyMOL> 提示 符 ), 可 以 用 来 输 入 Pymol 命令 ; 在 Inernal GUI 中 则 可 以 选定 一 些 特 定 的 对 象 并 完 成 一 些操 作 。• External GUI 则 包 含 一 个 标 准 菜单 、 一 个 输 出 区 、 一 个 命 令 行输 入 区 以 及 右 边 的 一 些 常 用 命令 按 钮 。2012/7/3 4

PyMOL 的 界 面 介 绍• PyMOL 界 面 分 为 2 个 窗 口 , 外部 GUI 窗 口 (External GUI) 和Viewer Window。• Viewer Window 又 分 为 左 右 两块 , 左 边 用 来 显 示 结 构 图 像 的(Viewer), 右 边 则 是 一 个 内部 GUI 窗 口 (Internal GUI)。• Viewer 自 身 包 含 一 个 命 令 行( 如 图 中 左 下 方 的 PyMOL> 提示 符 ), 可 以 用 来 输 入 Pymol 命令 ; 在 Inernal GUI 中 则 可 以 选定 一 些 特 定 的 对 象 并 完 成 一 些操 作 。• External GUI 则 包 含 一 个 标 准 菜单 、 一 个 输 出 区 、 一 个 命 令 行输 入 区 以 及 右 边 的 一 些 常 用 命令 按 钮 。2012/7/3 5

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PyMOL 基 本 界 面 操 作• Pymol 的 基 本 操 作 , 包 括 窗 口 菜 单 、 加 载 文 件 、 图 像 的 基本 鼠 标 操 作 等 等 。• 标 准 的 “ 复 制 、 剪 切 和 粘 贴 ” 操 作 只 能 在 External GUI 中完 成 , 并 且 必 须 使 用 “Ctrl+C、Ctrl+X 以 及 Ctrl+V” 来完 成 , 这 也 是 这 个 所 谓 的 外 部 GUI 的 最 重 要 的 优 点 。• 在 PyMOL 中 , 鼠 标 是 主 要 的 控 制 设 备 , 键 盘 的 修 饰 按 键(SHIFT,CTRL,SHFIT+CTRL) 在 调 整 按 钮 操 作 时 使 用 。键 盘 鼠 标 左 键 中 键 右 键旋 转 图 像 ( 虚 拟 滚动 球 rotate)在 XY 上 移 动 图 像(translate 平 移 )在 Z 上 移 动 图 像(zoom 变 焦 )Shift移 动 截 面Ctrl2012/7/3 7Shift+Ctrl回 到 旋 转 起 始

PyMOL 基 本 界 面 操 作• PyMol 可 以 同 时 打 开 多 个 PDB 文 件 , 或 者 将 复 杂 的PDB 文 件 分 解 成 几 个 单 独 成 分 。 每 一 个 打 开 的 PDB文 件 在 “Names Panel” 中 显 示 其 名 称 。 第 一 个名 字 总 是 “all”。 点 击 名 称 会 显 示 其 对 应 的 蛋 白质 分 子 构 型 。• ASHLC 菜 单 是 Action、Show、Hide、Lable、Color 的 简 称 。2012/7/3 8

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PyMOL 基 本 界 面 操 作PyMol 对 象 的 操 控 既 可 用 鼠 标 , 也 可 用 命 令 。2012/7/3 10

PyMOL 基 本 界 面 操 作PyMOL 提 供 的 可 用 图 形 画 面 包 括 以 下 几 种 :•Pymol> showrepresentation•Pymol> hiderepresentation• 其 中 representation 可以 为 :cartoon, ribbon,dots, spheres, surface和 mesh。2012/7/3 11

PyMOL 基 本 界 面 操 作立 体 画 面 :2012/7/3 12

wall-eye stereoQuad-Buffered Stereo2012/7/3 13cross-eye stereoAnaglyph stereo

PyMOL 对 蛋 白 质 实 例 解 析在 PDB 数 据 库 中 下 载 编 号 为 1REI、2QSQ 两 蛋 白 序 列 , 并 应 用 PyMOL 软 件 进 行 分 析 。2012/7/3 14

演 示 Cartoon 图 像1. 点 击 S, 选 择 cartoon。图 像 中 显 示 出 cartoon 和线 框 , 结 果 如 上 图 。2. 去 除 线 框 : 点 击 H,选 择 lines, 结 果 如 下 图 。注 :S 和 H 是 两 个相 反 的 功 能 , 一 个是 显 示 相 关 属 性 ,另 一 个 则 是 关 闭 该属 性 。2012/7/3 15

• 在 外 部 GUI 窗 口 (External GUI) 中 , 我 们 可 以 点 击 “setting”下 拉 菜 单 , 选 择 “cartoon” 对 其 进 行 显 示 设 置 。 其 它 许 多 选项 也 可 通 过 该 下 拉 菜 单 进 行 自 定 义 设 置 。• 很 容 易 对 图 像 中 的 alphahelices、belta-sheets、loops 的 显 示 样 式 进 行 更 改 。• 举 例 : 使 所 有 alpha-helices 显示 柱 状 ; 简 化 图 像 。1. 点 击 “setting”, 选 择Cartoon > Cylindrical Helices。重 复 该 操 作 即 可 删 除 该 显 示 效果 。2. 点 击 “setting”, 选 择Cartoon > Smooth Loops, 即可 简 化 图 像 。2012/7/3 16

• 黑 色 背 景 适 于 屏 幕 上 观 看 图 像 , 但并 不 适 于 打 印 出 来 作 为 文 章 打 印 图 ,将 背 景 改 为 白 色 将 更 为 适 用 些 :• 在 External GUI 界 面 中 , 点 击“Display” 菜 单 , 该 菜 单 包 含 大 部 分PyMol viewer 图 像 显 示 选 项 。• 改 变 背 景 色 为 白 色 的 步 骤 :Display > Background > White1. 改 变 条 带 显 示 的 颜 色 : 在 “Internal GUI” 中 的 1REI菜 单 框 中 的 C 菜 单 中 进 行 如 下 操 作 :1REI> C >chain。2. 我 们 也 可 以 通 过 另 一 种 方 式 来 对 该 蛋 白 质 构 像 的二 级 结 构 进 行 加 色 , 其 操 作 步 骤 如 下 : 1REI> C >by ss > Helix Sheet Loop2012/7/3 17

• 显 示 该 蛋 白 质 构 象 的 所 有 配 位 体 , 操 作 步 骤 :1REI> S > spheresCartoon 图显 示 所 有 配 位 体 图注 : 在 右 图 中 , 鼠 标 单 击 任 意 一 个 圆 球 体 , 即 表 示 选 中 该 配 位 体 , 再 次 单 击 可 取 消 选 中 。2012/7/3 18

• 若 想 改 变 配 位 体 中 CHON 等 各 原 子 显 示 的 颜 色 , 我 们 可 以通 过 如 下 操 作 实 现 :(sele) >C > by element > CHNOS….结 果 显 示 如 下 :2012/7/3 19

• 图 片 最 终 保 存 , 其 操 作 步 骤 :File > Save Image…• 然 而 此 时 获 得 的 图 像 的 分 辨 率 和清 晰 度 较 粗 糙 ;PyMOL 提 供 了“ray tracer” , 可 形 成 高 质 量 的 画面 , 适 用 于 发 表 。 其 操 作 步 骤 :点 击 “external GUI” 右 上 角 的“Ray” 按 钮 , 或 者 在 PyMOL>line command 中 输 入 “ray 2000,2000”, 即 可 得 到 最 终 的 高 质 量的 “ray tracer” 图 像 了 。2012/7/3 20

Preset 菜 单 : 从 默 认 到 复 杂Preset 菜 单 是 用 于 调 整 蛋 白 质 构 象 外 貌 的 属 性 。 其操 作 步 骤 :1REI > A > preset > default注 :Preset 选 项 可 以 对 图 像 进 行特 定 参 数 设 定 , 并 可 进 一 步 绘 图 。可 以 通 过 如 下 操 作 解 除 Preset 的原 有 设 置 :A>preset>default,并 可 通 过 preset 下 拉 菜 单 重 新 进行 参 数 设 置 。2012/7/3 21

Preset 菜 单 : 从 默 认 到 复 杂• 举 例 :Simple操 作 步 骤 :1REI > A > preset > simple详 见 下 图2012/7/3 22

Preset 菜 单 : 从 默 认 到 复 杂• 举 例 :Ligand Sites操 作 步 骤 :2QSQ > A > preset > LigandSites> Transprant(better)/solidsurface/dot surface 详 见 下 图2012/7/3 23

PyMOL 命 令 操 作 简 介1. 记 录 结 果• 当 在 PYMOL 上 操 作 时 , 如 果 想 记 录 下 完 成的 操 作 步 骤 , 可 创 建 一 个 日 志 文 件 (logfile):• 语 法log_open log-file-name例 如PyMOL> log_open log1.pml2012/7/3 24

2. 载 入 数 据• 从 文 件 中 载 入 PDB, 命 令 如 下语 法load data-file-name例 如PyMOL>load$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb命 令 输 入 后 ,PYMOL 会 打 开 读 “pept.pdb”,创 建 并 命 名 相 应 的 对 象 , 在 Viewer 中 显 示图 像 并 在 控 制 板 中 添 加 对 象 。2012/7/3 25

2. 载 入 数 据• 重 命 名 对 象 :语 法 : load data-file-name,object-name例 如 :PyMOL>load$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb # 对 象 命名 为 “pept”# 文 件 扩 展 名 不 会 出 现 在 对 象 名 中• PyMOL>load$PyMOL_path/test/dat/pept.pdb,test # 对 象 命 名 为 “test”(“#” 是 注释 标 志 , 在 命 令 行 中 ,# 后 输 入 任 何 信 息 都不 会 被 PYMOL 读 取 )2012/7/3 26

3. 操 控 对 象 (manipulating object)• 对 象 的 操 控 既 可 用 鼠 标 , 也 可 用 命 令 。 例 如 , 改 变 默 认 的表 示 形 式 (representation)lines 到 sticks, 首 先 删 除 lines然 后 显 示 sticks:• 语 法• hide representation• hide representation• 例 如• PyMOL>hide lines # 以 lines 显 示 的 对 象 消 失• PyMOL>show sticks # 以 sticks 显 示 的 对 象 出 现• 其 他 的 表 示 形 式 还 有cartoon,ribbons,dots,spheres,meshes 和 surfaces 等2012/7/3 27

1) 原 子 选 择• 原 子 选 择 (atom selections) 可 以 操 控 分 子 中 一 部 分 原 子 或 化 学 键 。PyMOL精 于 对 原 子 或 残 基 的 选 择 、 分 组 和 命 名 。 你 可 以 只 用 一 次 选 择 , 也 可 以 重 命名 以 便 再 次 使 用 。• 首 先 , 命 名 选 择 :• 语 法• select selection-name,selection-expression• 例 如• PyMOL>select boy007,resi 1-10 # 选 择 残 基 并 命 名 为 “boy007”• 然 后 使 用 这 个 名 称 :• 语 法• zoom selection-name• hide representation,selection-name• show representation,selection-name• 例 如• PyMOL>zoom boy007• PyMOL>hide everything,boy0072012/7/3 28• PyMOL>show spheres,boy007

2) 对 象 和 选 择 的 着 色• 语 法• color color-name # 整 个 object 被 着 色• color color-name,selection-expression #selection 被 着 色• 例 如• PyMOL>color white• PyMOL>color orange,pept• PyMOL>color green,resi 50+35+56• PyMOL>color yellow,resi 24-35• PyMOL>color blue,boy007• PyMOL>color red,ss h• PyMOL>color red,ss s• PyMOL>color green,ss l+’’• 最 后 三 个 例 子 中 ss 是 二 级 结 构 的 选 择 符 ,h 表 示 helix,s 表 示beta sheet,l+’‘ 表 示 loops 和 非 特 定 结 构 。2012/7/3 29

3) 对 象 和 选 择 的 on/off• PYMOL 可 同 时 呈 现 多 个 对 象 。disable 和 enable 命 令 可 以消 除 对 象 的 显 示 , 但 仍 能 够 通 过 命 令 控 制 它 的 属 性 。• 语 法• enable object-name• 例 如• PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/fc.pdb• PyMOL>load $PyMOL_path/test/dat/pept.pdb• PyMOL>disable pept中 消 失#pept 完 全 从 viewer• PyMOL>color yellow,name c+o+n+ca # 在 fc 和 pept中 的 主 链 原 子 都 被 着 为 黄 色 , 但 是 pept 的 原 子 仍 然 是 不 可见 的 。• PyMOL>enable pept显 示 为 黄 色#pept 原 子 可 见 了 并2012/7/3 30

4. 改 变 视 点• Zoom( 变 焦 ) 命 令 可 使 对 象 或 选 择 在 视 野 中 央 显示 : 如 果 对 象 或 选 择 没 显 示 在 当 前 的 视 野 , 命 令会 使 它 显 示 ; 如 果 当 前 视 野 仅 显 示 了 一 小 部 分 ,命 令 会 使 它 充 满 视 野 。• 语 法• zoom selection-expression• 当 你 想 重 新 查 看 分 子 时 ,Orient 命 令 是 十 分 有 用的 。 它 会 调 整 对 象 或 选 择 , 使 其 最 大 维 度 水 平 显示 , 次 最 大 维 度 垂 直 显 示 :• 语 法 orient selection-expression2012/7/3 31

5. 保 存 工 作• PyMOL 保 存 工 作 的 种 种 过 程 :1. 在 给 出 一系 列 命 令 前 , 启 动 进 程 把 命 令 记 录 在 纯 文本 日 志 中 , 并 作 为 脚 本 使 用 。2. 在 会 话 的 任何 时 候 , 都 可 以 创 建 一 个 会 话 文 件 保 存 程序 的 内 存 状 态 , 供 以 后 调 用 此 状 态 。3. 创 建图 形 文 件 保 存 viewer 中 的 图 像 。2012/7/3 32

1) 脚 本 和 日 志 文 件• 一 旦 你 创 建 了 日 志 文 件 ,PyMOL 将 会 记 录 保 存 所 有 的 命 令 信息 , 不 论 是 输 入 的 命 令 还 是 点 击 的 按 钮 。• Windows 系 统 下 , 可 以 双 击 脚 本 图 标 , 点 击 “File” 菜 单 的“Run” 选 项 或 者 输 入 命 令 ”@” 打 开 一 个 脚 本 :• 语 法• @scripe-file-name• 例 如• PyMOL>@my_script.pml• 通 过 命 令 启 动 PyMOL 时 可 同 时 打 开 目 标 脚 本 ( 在 “ 运 行 ” 或“ 命 令 提 示 符 ” 中 )• 语 法• PyMOL scipt-file-name• 例 如 (Windows)• C:\>PyMOL.exe my_script.pml2012/7/3 33

2) 图 像 文 件• 当 你 想 保 存 图 片 时 , 最 好 先 光 线 追 踪 进 行 渲 染 来 提 高 图 片 的质 量 。 光 线 追 踪 (ray tracing) 显 示 了 在 三 维 世 界 中 光 线 是如 何 反 射 和 影 子 是 如 何 形 成 的 。 关 键 词 ray 要 求 PyMOL 在viewer 中 重 绘 (redraw) 和 显 示 图 片 。• 保 存 图 片 到 文 件 , 可 点 击 “File” 中 的 “Save image” 或 输入 png 命 令 :• 语 法• png file-name• 例 如• PyMOL>png pep # 图 片 pep.png 被 保 存 在 PyMOL 安 装默 认 的 文 件 夹 中 。• PyMOL>png d:/boy/pep # 图 片 pep.png 被 保 存 在 d 盘 的boy 文 件 夹 里 。• Png 格 式 的 图 片 还 可 通 过 ImageMagick 等 软 件 转 换 成 其 他 格式 。2012/7/3 34

3) 会 话 文 件• 如 果 想 返 回 到 PyMOL 当 前 的 状 态 , 可 通 过创 建 会 话 文 件 实 现 ( 点 击 File 菜 单 中 的 SaveSession, 命 名 以 “.pse” 为 扩 展 名 的 文件 )。PyMOL 的 会 话 文 件 是 对 PyMOL 存 储状 态 的 符 号 记 录 , 包 括 载 入 或 创 建 的 对 象 、创 建 的 选 择 和 viewer 中 的 显 示 。• 当 打 开 保 存 的 会 话 文 件 ,PyMOL 会 返 回 到保 存 的 状 态 。2012/7/3 35

会 话 文 件 和 日 志 文 件 或 脚 本 的 差 异• 日 志 文 件 必 须 在 你 想 保 存 给 出 的 命 令 前 创建 , 而 会 话 文 件 可 以 在 任 何 时 候 创 建 。• 会 话 文 件 通 过 File 菜 单 的 Open 选 项 调 用 ,而 日 志 文 件 被 作 为 脚 本 通 过 Run 选 项 启 动 。• 会 话 文 件 不 能 被 人 工 编 辑 , 而 日 志 文 件 和脚 本 却 可 以 。2012/7/3 36

6. 命 令 行 快 捷 键1) 用 TAB 键 完 成 命 令• 输 入 命 令 的 前 几 个 字 母 然 后 按 Tab 键 ,PyMOL 就 会 自 动 完成 命 令 或 列 出 符 合 语 法 的 命 令 表 , 例 如 :PyMOL>sel• # 按 Tab 键 就 会 出 现 下 面 的 显 示 :PyMOL>select• 如 果 不 输 入 命 令 直 接 按 Tab 键 , 那 么 PyMOL 会 输 出 全 部 命令 的 列 表 。2) 用 TAB 键 完 成 文 件 名• 一 些 要 载 入 的 文 件 有 非 常 长 的 路 径 和 文 件 名 , 当 你 按 Tab键 ,PyMOL 会 自 动 完 成 明 确 的 路 径 和 文 件 名 , 例 如 :PyMOL>load cry# 如 果 cystal.pdb 存 在 于 当 前 工 作 目 录 中 , 按 Tab 键 就 会 产生 下 面 的 命 令 行 :PyMOL>load cystal.pdb• 如 果 文 件 名 含 糊 不 清 ,PyMOL 就 会 自 动 匹 配 并 输 出 目 录中 匹 配 的 文 件 名 , 然 后 选 择 一 个 输 入 。2012/7/3 37

7. 其 他 命 令 和 帮 助• 在 PyMOL 中 可 输 入 help 按 回 车 查 看 全 部 关键 词 (keyword) 的 列 表 , 如 果 想 查 看 某 个命 令 的 帮 助 :• 语 法• help keyword• 例 如• PyMOL>help load• PyMOL 将 会 在 外 部 GUI 脚 本 语 言 和 viewer中 显 示 命 令 指 南 。2012/7/3 38

8. 单 字 选 择 符• PyMOL>color blue,all• PyMOL>color blue,* # 所 有 原 子 变 成 蓝 色•• PyMOL>hide hydro• PyMOL>hide h. # 所 有 的 氢 原 子 的 表 示 形 式 被 隐 藏•• PyMOL>show cartoon,hetatm #PDB 输 入 文 件 中 被定 义 为 HETATM 的• PyMOL>show cartoon,het # 所 有 原 子 显 示 为cartoon2012/7/3 39

属 性 选 择 符 缩 略 形 式 标 识 符 和 举 例symbol e. Chemical-symbol-list9. 属 性 选 择 符单 字 母 或 双 字 母 的 化 学 元 素 符 号PyMOL>select polar,symbol o+nname n. Atom-name-list蛋 白 和 核 酸 中 至 多 4 字 母 的 原 子 符 号PyMOL>select carbons,name ca+cb+cgresn r. Residue-name-list3 字 母 的 氨 基 酸 符 号PyMOL>select aas,resn asp+glu+asn+gln或 至 多 2 字 母 的 核 苷 酸 符 号PyMOL>select bases,resn a+gresi i. Residue-identifier-list至 多 4 位 数 的 残 基 号PyMOL>select boy,resi 1+10+100+1000Residue-identifier-rangePyMOL>select boy,resi 1-10chain c. Chain-identifier-list单 字 母 或 有 时 是 数 字PyMOL>select 007,chain ass ss Secondary-structure-type单 字 母PyMOL>select allstrs,ss h+s+l+’‘2012/7/3 40

10. 选 择 代 数运 算 符 缩 略 形 式 效 果not s1 ! s1 选 择 不 在 s1 中 的 原 子PyMOL>select sidechains,! bbs1 and s2 s1 & s2 选 择 s1 和 s2 中 共 有 的 原 子PyMOL>select far_bb,bb&farfrm_tens1 or s2 s1—s2 选 择 s1 和 s2 中 的 所 有 原 子PyMOL>select all_prot,bb—sidechains1 in s2 s1 in s2 选 择 s1 中 标 识 符 name,resi,resn,chain,segi 全 匹 配 s2 的 原 子PyMOL>select same_atms,pept in prots1 around x s1 a. x 选 择 中 心 在 以 s1 任 何 原 子 为 中 心 , 以 x 埃 为 半 径 的 范 围 内 的 所 有 原 子PyMOL>select near_ten,resi 10 around 5s1 expand x s1 e. x 通 过 在 以 s1 任 何 原 子 为 中 心 , 以 x 埃 为 半 径 的 范 围 内 的 所 有 原 子 扩 充 s1PyMOL>select near_ten_x,near 10 expand 3s1 within x of s2s1 w. x ofs2选 择 s1 中 在 s2 x 埃 范 围 内 的 原 子PyMOL>select bbnearten,bb w. 4 of resi 10byres s1 br. s1 扩 充 s1 到 残 基PyMOL>select complete_res,br. bbnear10byobject s1 bo. s1 扩 充 s1 到 对 象PyMOL>select near_obj,bo. Near_resneighbor s1 nbr.s1 选 择 直 接 以 化 学 键 连 接 s1 的 原 子PyMOL>select vicions,neighbor resi 102012/7/3 41虚 设 的 变 量 s1 和 s2 代 表 selection-expressions.

10. 选 择 代 数• 逻 辑 选 择 可 被 组 合 。 例 如 , 你 可 以 选 择 部分 链 a 的 原 子 , 但 不 包 括 残 基 125:• PyMOL>select 007,chain a and (not resi125)• 逻 辑 运 算 像 算 术 运 算 一 样 是 有 顺 序 的 , 为确 保 操 作 正 确 执 行 , 必 要 时 使 用 括 号 :• Byres((chain a or (chain b and (not resi125))) around 5)• PyMOL 是 从 最 内 的 括 号 向 外 逻 辑 选 择 的 。2012/7/3 42

11. 宏 指 令• 宏 指 令 使 表 达 长 复 杂 语 句 的 原 子 选 择 成 为 可 能 , 如 :• PyMOL>select boy,pept and segi lig and chain b andresi 142 and name ca• 用 精 简 方 式 表 示 :• PyMOL>select boy, /pept/lig/b/142/ca• 宏 指 令 用 正 斜 杠 来 界 定 标 识 符 。• 宏 指 令 通 过 布 尔 算 符 “and” 选 择 原 子 , 也 就 是 说 , 选 择的 原 子 必 须 全 部 匹 配 标 识 符 :• /object-name/segi-identifier/chian-identifier/resiidentifier/name-identifier• PyMOL 将 宏 指 令 当 做 一 个 词 来 识 别 , 所 以 宏 指 令 中 不 能有 空 格 。2012/7/3 43

12. 光 线 追 踪 (ray tracing)• 光 线 追 踪 能 制 作 出 最 高 质 量 的 分 子 图 像 。PyMOL 是 第 一 个 拥 有高 速 光 线 追 踪 器 的 全 功 能 分 子 图 像 程 序 。• 通 过 ray 命 令 或 点 击 “Ray Trace” 按 钮 , 可 以 光 线 追 踪 PyMOL内 的 任 意 图 像 。 内 置 的 光 线 追 踪 器 也 使 组 配 高 质 量 的 动 画 成 为 可能 。2012/7/3 44

12. 光 线 追 踪 (ray tracing)• 所 有 的 图 片 都 能 保 存 为 PNG 格 式 , 通 过 "png" 命 令 或 "File"菜 单 的 "Save Image" 选 项 。 图 片 通 常 被 保 存 为 和 viewer 窗口 一 样 的 大 小 :• ray• png my_image.png•• 通 过 下 面 的 命 令 可 改 变 图 片 大 小 :• 语 法• ray width,height # 宽 和 高 都 必 须 是 整 数 , 它 们 的 默认 是 零 或 当 前 窗 口 大 小• 例 如• ray 1024,4802012/7/3 45

13. 立 体 效 果• PyMOL 能 够 支 持 几 种 不 同 的 立 体 图 形 模 式 。Crosseye stereo• Walleye stereo• Hardware stereo• Geowall stereo• Sidebyside stereo• Quadbuffer stereo• stereo on # 开 启 立 体 效 果• stereo off # 关 闭 立 体 效 果• stereo crosseye # 开 启 crosseye 立 体 模 式 ,2012/7/3 46

参 考 文 献• PyMol user's Guide. Warren L. DeLano.2012/7/3 47

致 谢• 感 谢 亲 爱 的 罗 老 师 的 谆 谆 教 导 !• 感 谢 本 组 所 有 成 员 的 精 诚 合 作 !• 感 谢 在 学 习 过 程 中 给 予 我 们 帮 助 的 所有 同 学 !2012/7/3 48

谢 谢 !