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Systèmes d’identification BBL Crystal Trousse pour l’identification des bactéries anaérobies COMPLEXITE CLIA : HAUTE CODES IDENTIFICATEURS DU CDC ANALYTE : 0412 SYSTEME D’ANALYSE : 07561 APPLICATION Le système BBL Crystal pour l’identification (ID) des bactéries anaérobies (ANR) est une méthode d’identification miniaturisée utilisant des substrats chromogènes, fluorogènes et conventionnels modifiés. Il a pour but d’identifier les bactéries anaérobies fréquemment isolées à partir d’échantillons cliniques.1-9 RESUME ET EXPLICATION L’emploi de microméthodes d’identification biochimique des microorganismes remonte à 1918.10 Plusieurs publications font état de l’utilisation de disques de papier imprégnés de réactifs et de micro-tubes pour différencier les entérobactéries.10-14 L’intérêt suscité par les systèmes d’identification miniaturisés a conduit à la commercialisation de plusieurs systèmes à la fin des années 60. Ces derniers avaient pour avantage d’être faciles à utiliser, de ne requérir qu’un espace de stockage restreint tout en offrant une durée de conservation prolongée et un contrôle de qualité standardisé. En général, plusieurs des tests utilisés dans les systèmes BBL Crystal ID sont des modifications de méthodes classiques. Ils comprennent des tests de fermentation, d’oxydation, de dégradation et d’hydrolyse de différents substrats. De plus, des substrats sont couplés à un chromogène ou un fluorogène, comme dans le cas des panels BBL Crystal ANR ID, afin de détecter les enzymes utilisées par les microorganismes pour métaboliser ces substrats.12,15-22 La trousse BBL Crystal ANR ID est composée (i) de couvercles pour panels BBL Crystal ANR ID, (ii) de bases BBL Crystal et (iii) de tubes de solution BBL Crystal ANR, GP, RGP, N/H ID pour l’inoculum. Le couvercle contient 29 substrats déshydratés et un contrôle fluorescent situés à l’extrémité de pointes de plastique. La base comprend 30 puits réactionnels. L’inoculum à tester est préparé à l’aide de la solution pour l’inoculum et permet de remplir la totalité des 30 puits de la base. Lorsque le couvercle est aligné avec la base et correctement emboî té, l’inoculum à tester réhydrate les substrats secs et amorce les réactions propres aux différents tests. Après une période d’incubation, les puits sont examinés afin de déceler des changements de coloration ou la présence d’une fluorescence résultant de l’activité métabolique des microorganismes. L’ensemble des résultats des 29 réactions est converti en un profil numérique de 10 chiffres servant de base à l’identification.23 Les profils réactionnels biochimiques et enzymatiques pour les 29 substrats du système BBL Crystal ANR ID obtenus pour une large gamme de microorganismes sont stockés dans la base de données BBL Crystal ANR ID. L’identification repose sur la comparaison entre les profils réactionnels obtenus avec l’isolat et ceux contenus dans la base de données. La liste taxonomique complète contenue actuellement dans la base de données est donnée au tableau 1. PRINCIPES DE LA METHODE Les panels BBL Crystal ANR ID contiennent 29 substrats biochimiques et enzymatiques déshydratés. Une suspension bactérienne contenue dans la solution pour l’inoculum est utilisée pour réhydrater les substrats. Les tests utilisés dans le système reposent sur l’utilisation et la dégradation microbienne de substrats spécifiques détectées par différents systèmes d’indicateurs. L’hydrolyse enzymatique des substrats fluorogènes contenant des dérivés coumariniques de 4-méthylumbelliferon (4MU) ou de 7-amino-4méthylcoumarin (7-AMC), résulte en une augmentation de la fluorescence facilement détectée 15-19 à l’aide d’une lampe à UV.19- 21 L’hydrolyse des substrats chromogènes entraîne des changements de coloration pouvant être détectés à l’oeil nu. De plus, les systèmes BBL Crystal ID comportent d’autres tests permettant de détecter la capacité d’un organisme à hydrolyser, dégrader, réduire ou utiliser autrement un substrat. Les réactions impliquées dans l’utilisation des différents substrats ainsi qu’une courte explication des principes sur lesquels repose le système figurent au tableau 2. La position dans les tableaux indique le rang et la colonne correspondant à l’emplacement des puits dans les panels (exemple : 1J correspond au rang 1 de la colonne J). 11 Français
Table 1 Taxonomie dans le système BBL Crystal ANR ID Bacilles Gram-négatifs Tolérant à la bile Sensible à la bile, Non-pigmenté, Groupe de Bacteroides fragilis non-pigmenté incrustant B. caccae Prevotella Bacteroides B. distasonis groupe10 P. bivia B. ureolyticus B. eggerthii P. buccae Campylobacter B. fragilis P. buccalis C. gracilis B. ovatus P. disiens Fusobacterium B. stercoris P. oralis F. gonidiaformans1,11 B. thetaiotaomicron P. oris F. mortiferum B. uniformis P. veroralis11 F. necrophorum B. vulgatus Non-pigmenté, F. nucleatum Autres: non-incrustant F. russii B. splanchnicus Bacteroides F. varium Porphyromonas levii11 B. capillosus Leptotrichia Sensible à la bile, pigmenté Tissierella L. buccalis Capnocytophaga espèce T. praeacuta Prevotella Tolérant à la bile, P. corporis non-pigmenté P. denticola Bilophila P. intermedia B. wadsworthia P. loescheii Desulfomonas P. melaninogenica D. pigra Porphyromonas Desulfovibrio espèce P. asaccharolytica Campylobacter P. endodontalis P. gingivalis C. curvus/rectus Légende : 1 = Taxon inclus seulement dans la base de données BBL Crystal, BBL Schaedler. 2 = Taxon inclus seulement dans la base de données BBL Crystal, BBL Schaedler et géloses au sang alternatives BBL Crystal. 3 = Inclut B. distasonis et B. merdae. 4 = Il existe pour ces taxons < 10 profils originaux BBL Crystal dans la base de données actuelle. Clostridia Bacilles Gram-positifs Cocci Gram-positifs Non-Sporulés Clostridium Actinomyces Gemella C. baratii A. bovis G. morbillorum C. beijerinckii A. israelii Peptostreptococcus C. bifermentans A. meyeri P. anaerobius C. botulinum A. naeslundii P. asaccharolyticus C. butyricum A. odontolyticus P. indolicus C. cadaveris A. pyogenes P. magnus C. clostridioforme A. viscosus P. micros C. difficile Atopobium P. prevotii C. glycolicum A. minutum P. tetradius C. hastiforme Bifidobacterium Ruminococcus C. histolyticum B. adolescentis R. productus11 C. innocuum B. dentium Staphylococcus C. limosum B. espéce S. saccharolyticus C. novyi A Eubacterium Streptococcus C. paraputrificum11 E. aerofaciens S. constellatus C. perfringens E. lentum S. intermedius C. putrificum1 E. limosum Cocci Gram-négatifs C. ramosum Mobiluncus Veillonella espéce C. septicum M. curtisii C. sordellii M. mulieris C. sphenoides M. espéce2,11 C. sporogenes Propionibacterium C. subterminale P. acnes C. tertium P. avidum C. tetani4 P. granulosum4 P. propionicus Lactobacillus L. acidophilus L. casei L. catenaformis L. fermentum L. jensenii L. johnsonii L. rhamnosus 12
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