Manual sobre Técnicas Moleculares - Centro Jardín Botánico de ...

Los problemas relacionados con la homología de los alelos RAPD son debidos a la
comigración de bandas correspondientes a fragmentos heterólogos de distintos taxones. A
priori se asume que las bandas RAPD procedentes de muestras distintas que emigran a una
misma altura del gel, y tienen por tanto el mismo peso molecular, corresponden a
fragmentos amplificados que son homólogos. Sin embargo, puesto que los alelos RAPD
son inespecíficos y se desconoce su procedencia, pudiera llegar a ocurrir que distintas
regiones genómicas de muestras diferentes produjesen bandas amplificadas del mismo peso
molecular que emigrarían a la misma altura del gel sin ser homólogas. Esta circunstancia
convertiría en inservibles a estos marcadores. La heterología de fragmentos comigrantes es
muy poco frecuente cuando se trata de poblaciones de la misma especie o de especies
próximamente emparentadas entre sí, puesto que presentan genomas más similares, sin
embargo su proporción aumenta cuanto menos emparentados están los taxones en estudio,
ya que, al poseer genomas menos parecidos, aumenta la probabilidad de que se den
amplificaciones heterólogas del mismo peso molecular. En general, el uso de los alelos
RAPD se restringe a niveles taxonómicos de especie e infraespecie, y se desaconseja su uso
a nivel genérico o superior.
Un problema añadido de la técnica RAPD es su mayor facilidad en sufrir los efectos de la
contaminación y en que esta contaminación pueda pasar desapercibida. Al tratarse de
fragmentos inespecíficos, las bandas contaminantes que pudieran aparecer entre los
productos finales de la amplificación, cuyo origen no correspondiese al genoma en estudio,
no podrían separarse de las bandas propias de ese organismo. Para evitar esto, se
recomienda trabajar en condiciones de esterilidad máxima a la hora de preparar las
reacciones RAPD. Además, cuando se analizan los alelos RAPD en muestras de ADN total
de los individuos, parte de esos fragmentos amplificados pueden corresponder a los
genomas cloroplástico o mitocondrial de los individuos, si bien sus porcentajes siempre
serán significativamente menores que los de los alelos del genoma nuclear,
considerablemente más voluminoso y por tanto probabilísticamente mayoritariamente
amplificado. El porcentaje de alelos RAPD organulares amplificados se desprecia por
nimio, por ello las bandas RAPD se atribuyen generalmente a fragmentos del genoma
nuclear y se considera que se heredan biparentalmente de forma mendeliana.
Pese a los inconvenientes de la tecnología RAPD, estos marcadores se han utilizado
extensivamente en estudios taxonómicos y genético poblacionales de plantas, y en análisis
filogenéticos de algunos grupos de taxones recientemente evolucionados. En los estudios
cladísticos, los marcadores RAPD se codifican como caracteres binarios por su
presencia/ausencia. Los fenotipos RAPD han servido para desarrollar distintos estudios de
caracterización genética de especies, como marcadores específicos o a través de análisis
multivariantes y de reconstrucción de fenogramas. Han sido igualmente empleados para la
detección de taxones de origen híbrido.
Ejemplos de estudios de marcadores RAPD en la caracterización genética de especies y en
análisis genético poblacionales se han desarrollado en el género Borderea (Dioscoreaceae).
Los alelos RAPD han servido también para la reconstrucción de la filoge nia de las especies
del género Brachypodium (Poaceae) y para la detección de híbridos interespecíficos en el
género Festuca (Poaceae).
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