Manual sobre Técnicas Moleculares - Centro Jardín Botánico de ...

Los cebadores RAPD se caracterizan por ser oligómeros decámeros (10 nucleótidos), con
una composición en G+C igual o superior al 60% y con una secuencia de nucleótidos no
palindrómica. Su pequeño tamaño los convierte en cebadores inespecíficos, que pueden
encontrar fácilmente distintos lugares de apareamiento a lo largo de las hebras de ADN.
Esto los distingue de los cebadores PCR convencionales, que son más largos y específicos,
y que han sido diseñados para aparearse con una única región genómica.
La capacidad de los oligómeros RAPD de encontrar diversos lugares de apareamiento en
las hebras del ADN hace que puedan amplificar regiones tanto de ADN copia simple o baja
copia, como regiones de ADN repetitivo. Estas últimas regiones, al ser altamente variables,
proporcionan alelos RAPD hipervariables que pueden llegar a ser característicos de
población e incluso de individuo.
Los protocolos de preparación de las reacciones RAPD y la programación de los ciclos de
amplificación se adjuntan en el Anexo V. Las mezclas de reactivos de las reacciones RAPD
son similares a los de las reacciones PCR convencionales, con la salvedad de que utilizan
un solo cebador en lugar de dos. Los parámetros de amplificación de los ciclos presentan
temperaturas de apareamiento inferiores, al tratarse de oligómeros de secuencia muy corta,
y ésta ronda los 40C. Los productos de la amplificación RAPD se resuelven por
electroforesis en geles de agarosa y se detectan con tinción de bromuro de etidio en un
transiluminador de luz ultravioleta.
Los marcadores RAPD son alelos dominantes del genoma nuclear ya que la presencia de
una banda se debe a la existencia de dos lugares de apareamiento (directa y reversa) del
cebador en una determinada región del genoma nuclear; la desaparición de uno cualquiera
de esos dos lugares de apareamiento evita la amplificación de ese fragmento genómico y
causa por lo tanto la ausencia de la banda correspondiente. La dominancia se debe al hecho
de que el fenotipo dominante (presencia de una banda) impide distinguir el genotipo del
individuo, que podría ser tanto homocigoto como heterocigoto. El carácter dominante de
los alelos RAPD hace necesario un mayor tamaño muestral de las poblaciones para poder
obtener parámetros genético poblacionales consistentes, equivalentes en cuanto a su
fiabilidad a los conseguidos con alelos codominantes en esas mismas poblaciones con un
menor tamaño de muestra.
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