Manual sobre Técnicas Moleculares - Centro Jardín Botánico de ...
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Otras regiones génicas del genoma cloroplástico muestran una tasa de mutación algo mayor que el gen rbcL. Tal es el caso del gen ndhF, situado en la región copia simple pequeña y que codifica a una NADH deshidrogenasa. La mayor tasa de variabilidad de este gen se concentra en su mitad 3’. Las mutaciones halladas en esta región del gen son suficientemente resolutivas como para clarificar la filogenia a nivel de tribu y género, y, en ciertos casos, a nivel de especie. Un ejemplo de ello lo tenemos en la filogenia de la subfamilia Pooideae de las gramíneas (Catalán et al., 1997) donde los análisis basados en la región 3’ terminal del gen ndhF permiten resolver las pautas evolutivas de las 12 tribus consideradas y de algunos de los géneros y especies muestreados (p.e. Brachypodium). Un análisis comparativo de las tasas de variabilidad y del poder informativo de los genes comentados, rbcL y ndhF, en representantes de las familias Solanaceae, Lamiae, y Scrophulariaceae (Olmstead et al., 1998) puso de manifiesto que si bien la tasa de mutación era mayor en el gen ndhF que en el gen rbcL, tomando en consideración el número de posiciones variables de las secuencias alineadas, la capacidad resolutiva de ambos se igualaba al considerar únicamente aquellas posicio nes variables que eran filogenéticamente informativas. Tanto en un gen como en otro, el mayor porcentaje de mutaciones aparecían en las terceras posiciones de los codones, sin que se diera con ello un cambio en la naturaleza de los aminoácidos codificados (mutaciones silenciosas o sin sentido). Las regiones más variables del genoma cloroplástico son, al igual que en los otros genomas vegetales, aquellas regiones no codificadoras, que no contienen genes, es decir, las regiones espaciadoras y las regiones intrónicas. Las regiones espaciadoras son fragmentos del ADN que separan unos genes de otros, mientras que las regiones intrónicas (o intrones) son fragmentos no codificadores del ADN que se encuentran intercalados entre los fragmentos codificadores (o exones) de los genes. Los genes cloroplásticos, pese a ser de origen bacteriano, y a diferencia de los genes mitocondriales y los de las bacterias, contienen 16
intrones, al igual que ocurre con los genes nucleares. Estas regiones no génicas permiten la acumulación de un mayor número de mutaciones por sustitución de nucleótidos y por delección, ya que estos procesos no afectan a ningún producto final. Las regiones espaciadoras e intrónicas se reparten a lo largo del genoma cloroplástico, varias de ellas han sido estudiadas con fines evolutivos. La región espaciadora que separa los genes rbcL y atpB, la región espaciadora de los genes trnL –trnF, y la región intrónica del gen trnL, localizadas en la región copia simple mayor, se cuentan entre los fragmentos del genoma cloroplástico más frecuentemente secuenciados entre las angiospermas en la búsqueda de posiciones informativas de grupos próximamente emparentados entre sí. Estudios más generalistas del genoma cloroplástico implican la búsqueda de marcadores en distintas partes del cromosoma, o en todo él. Pese a que el genoma cloroplástico es un genoma haploide que se transmite íntegro a la descendencia, como una unidad de ligamiento génico, estas aproximaciones presentan la ventaja, sobre la secuenciación de una única molécula cloroplástica, de explorar diversas fuentes de datos a lo largo del cromosoma, facilitando la detección de un mayor número de caracteres informativos. Los estudios generalistas del genoma cloroplástico incluyen la secuenciación de diversas regiones del cromosoma o el mapeo de lugares de restricción enzimática. Con esta última técnica se han logrado detectar mutaciones a nivel específico e infraespecífico. Estudios de mapeo de sitios de restricción conducidos en poblaciones de Plantago mayor (Plantaginaceae) europeas han permitido distinguir distintos haplotipos poblacionales; mientras la mayor parte de las poblaciones del centro y norte de Europa presentan el mismo haplotipo (expandido tras la colonización postglacial), las poblaciones del sur del 17
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intrones, al igual que ocurre con los genes nucleares. Estas regiones no génicas permiten la<br />
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espaciadoras e intrónicas se reparten a lo largo <strong>de</strong>l genoma cloroplástico, varias <strong>de</strong> ellas han<br />
sido estudiadas con fines evolutivos.<br />
La región espaciadora que separa los genes rbcL y atpB, la región espaciadora <strong>de</strong> los genes<br />
trnL –trnF, y la región intrónica <strong>de</strong>l gen trnL, localizadas en la región copia simple mayor,<br />
se cuentan entre los fragmentos <strong>de</strong>l genoma cloroplástico más frecuentemente secuenciados<br />
entre las angiospermas en la búsqueda <strong>de</strong> posiciones informativas <strong>de</strong> grupos próximamente<br />
emparentados entre sí.<br />
Estudios más generalistas <strong>de</strong>l genoma cloroplástico implican la búsqueda <strong>de</strong> marcadores en<br />
distintas partes <strong>de</strong>l cromosoma, o en todo él. Pese a que el genoma cloroplástico es un<br />
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ligamiento génico, estas aproximaciones presentan la ventaja, <strong>sobre</strong> la secuenciación <strong>de</strong> una<br />
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cromosoma, facilitando la <strong>de</strong>tección <strong>de</strong> un mayor número <strong>de</strong> caracteres informativos. Los<br />
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técnica se han logrado <strong>de</strong>tectar mutaciones a nivel específico e infraespecífico. Estudios <strong>de</strong><br />
mapeo <strong>de</strong> sitios <strong>de</strong> restricción conducidos en poblaciones <strong>de</strong> Plantago mayor<br />
(Plantaginaceae) europeas han permitido distinguir distintos haplotipos poblacionales;<br />
mientras la mayor parte <strong>de</strong> las poblaciones <strong>de</strong>l centro y norte <strong>de</strong> Europa presentan el mismo<br />
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