Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

Identificación y caracterización bioinformática de secuencias desconocidas
Alineamiento múltiple
Una de las maneras más frecuentes de obtener información sobre una secuencia o un grupo de secuencias incógnitas,
es mediante la búsqueda comparativa utilizando la información depositada en distintas bases de datos.
La búsqueda comparativa puede realizarse comparando secuencias de a pares o comparando secuencias múltiples.
El alineamiento múltiple de secuencias juega un papel importante a partir de la necesidad de procesamiento de la información
proveniente de los proyectos genómicos de secuenciación masiva. Tanto la anotación funcional de dichas
secuencias como las herramientas de análisis dependen de alineamientos múltiples adecuados. El análisis de familias
proteicas, la identificación de dominios y motivos, la predicción de su estructura secundaria, la estimación de los diferentes
tipos de plegamientos así como la detección de homólogos entre especies distantes como pasos intermedios en
la construcción de árboles filogenéticos, se han constituido en principales objetivos de este tipo de alineamiento.
El alineamiento múltiple de secuencias puede ser visto como una generalización del alineamiento de pares de secuencias,
donde la complejidad de esta aproximación crece exponencialmente con el número de secuencias que intervienen.
El alineamiento múltiple puede dividirse en dos categorías principales: aquellos métodos de alineamiento de secuencias
en toda su extensión (globales) y aquellos métodos que alinean regiones con alta similitud (locales). Tradicionalmente,
se ha focalizado en los métodos globales, que son aplicables a casos en los que las secuencias comparadas
tienen extensiones similares. Sin embargo más recientemente se ha puesto mayor interés en los métodos de alineamiento
múltiple local para el alineamientos de secuencias derivadas de proyectos geonómicos que sólo alinean
secuencias parcialmente (Paniego y col. 2004).
En los métodos de alineamiento global, la solución clásica se basa en la formación de agrupamientos (“clusters”) de
secuencias, los cuales se resuelven progresivamente. Para ello, dada una medida de similitud entre dos secuencias, se
elige aquel par correspondiente al valor más alto y se alinean y agrupan entre sí para formar un único grupo o cluster
de secuencias. A partir de este momento este cluster será tratado como una sola secuencia, y el proceso se repetirá
hasta tener un solo cluster con todas las secuencias que intervenían en el alineamiento múltiple. El programa más difundido
de este tipo es el CLUSTALW en su última versión (Thompson y col.994). La calidad de los alineamientos es
aceptable, y permite alinear algunos pocos cientos de secuencias. En contraste, los algoritmos de comparación múltiple
local, alinean segmentos completos en vez de residuos simples, como el DIALIGN (Morgenstern B 1999). Otros
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