Reacción en cadena de la polimerasa (PCR) - FBMC

2. Setear Analysis Protocol para este proyecto:
a. General:
Nombre
Seq File Format: Write Standard Chromatogram Format File
b. Basecalling:
a. KB.bcp
b. POP7.BDTv3.mob
c. True Profile
d. Ending base: After 1000bp
e. Quality Threshold: Do not assign N’s to Basecalls.
c. Mixed Bases: Desactivado
d. Clear Range: Desactivado
3. Apply to all Samples Done
4. Indicar analisis de Base Calling (BC)
5. Revisar:
Raw
EPT
Annotation:
o Sample Name
o Capillary
o Bases detected
o Average Signal Intensity
o Simple Store
ANALIZAR
Sequence View: Barras de Calidad e Indice de Phred
Electropherogram View: editar bases
GUARDAR
PROYECTO 2 Y 3:
Cambiar seteo:
Base calling: Quality Threshold: Assign N’s to Basecalls.
Mixed Bases
Clear Range
Reanalizar los datos y discutir diferencias
TP N o 3: Bioinformática: búsqueda de motivos y dominios proteicos
Docentes: Paula Fernández, Guido König y Ana Distéfano Diseño: Paula Fernández- Ruth Heinz
OBJETIVOS:
Familiarizarse con el uso de programas de alineamiento múltiple de secuencias, sus bondades y limitaciones en la identificación
de regiones consenso.
Entrenarse en la búsqueda e identificación de motivos proteicos utilizando bases de datos públicas de motivos y perfiles.
Entrenarse en sistemas de búsquedas integrales de bases de datos
INTRODUCCION
Genes de resistencia especifica en plantas
Los genes de resistencia específica (R) en plantas, involucrados en la respuesta de tipo gen-por-gen, han sido identificados
en numerosas especies vegetales (Dangl y Jones 2001) y codifican proteínas que presentan dominios comunes. La mayoría
de las proteínas R caracterizadas hasta el momento presentan dos dominios característicos: uno de unión a nucleótidos
(NBS) en posición N terminal y un dominio rico en leucinas (LLR) en el extremo C terminal. Pero estas proteínas R presentan
variantes que permiten clasificarlas en dos grandes subgrupos: uno con un domino N terminal con similitud al domino
Toll/interlekin-1 receptor (TIR) y uno que carece de este domino (No TIR) en el N terminal, presentando usualmente un
dominio Coiled-coil (CC). A su vez estos dominios presentan distintos motivos, algunos compartidos por ambos subgrupos
y otros característicos de los TIR o No TIR. Por ejemplo el dominio NBS presenta diferentes motivos, algunos de ellos han
sido caracterizados por similitud a motivos descriptos en otras proteínas: P loop, kinase 2, RNBS-B, GLPL, MHDV (Meyers
y col. 2003).
En la especie modelo Arabidopsis thaliana, se han identificado 150 secuencias génicas que codifican dominios característicos
de las proteínas R, tanto de tipo TIR como No TIR Meyers y col. 2003). La Figura 1 muestra un esquema de la estructura
génica de genes R de esta especie, correspondiente a los dos subgrupos. En ella están representados los dominios y
motivos proteicos codificados por estas secuencias.
Figura 1 (adaptada de Meyers et al 2003). Organización génica de genes R y motivos proteicos codificados por ellos en Arabidopsis.
A: genes de tipo TIR, B: genes de tipo No TIR o CC
El cuadro lateralr muestra las referencias de representación
de dominios y motivos codificados por los distintos
genes. La tercer columna (# in Col-0) indica cuantos
miembros de cada secuencia génica han sido identificados
en un cultivar de esta especie y la cuarta columna
indica el numero de identificación de la secuencia en
bases de datos. En los casos de genes de función confirmada, se indica el nombre del mismo.
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